万历二十二年（1594年）十月，董一元代替尤继担任统帅。时泰宁速把亥被官军杀死了，他的次子把兔儿老是想报仇。他的叔叔炒花和女婿花大帮助他，势力日益强大。西部的卜言台周，是原插汉土蛮的后代，有部众十余万人，跟把兔儿一西一东，遥相呼应，互相依靠，多次侵犯边境。到这时卜言联合一克灰正、脑毛大各部，声称要进犯广宁。

而把兔儿利用炒花、花大、暖兔、相言儿的力量来营造旧辽阳，将要入侵镇武、锦、义。董一元跟巡抚李化龙商量说：“卜言人数虽然很多，但离边境较远，我军最担心只不过是把兔儿和炒花罢了。现在他们的人数不过万把骑兵，打败了他们，西部的卜言将不战而退。

”于是派遣副将孙守廉驰奔右屯防御西部敌人，董一元亲率大军隐藏到镇武的外边，空出大本营等待贼军。贼军骑兵驰入营房，纵声大笑，以为董一元胆怯，于是深入前进。官军忽然从阵中出击，高喊着冲锋陷阵，奋勇杀敌，从午时直到酉时。

贼军全线溃逃，追击逃敌七十多里，到达白沙埚。俘虏和斩首共五百四十多人，缴获牛马骆驼二千头。伯言儿中箭身亡，把兔儿也受了伤，其余的人跑了一整夜，天亮时停住马围在一起痛哭。第二天，卜言台周进入右屯，攻打了五昼夜。孙守廉等人固守，卜言台周于是引兵离去了。

捷报传到朝廷，万历皇帝非常高兴。在郊庙祭天告祖，宣布捷报论功行赏，提升董一元为左都督，加封太子太保，荫封世代为本卫指挥使。兵部尚书石星以下的官员也各有不同程度的提升。

把兔儿、炒花和卜言台周、瓜兔儿、歹青又在边境放牧，企图在正月侵略辽阳、沈阳东西一带。董一元担心时间晚了不加防备，将被贼军乘虚而入，于是先西巡来遏制敌人的锋芒。李化龙也将弱卒留守广宁，多次向西派兵来迷惑贼军。董一元率领精兵强将，踏冰渡河，监军杨镐跟他同行。

翻过墨山，天降大雪，将士的斗志更加旺盛。行军四百里，三天三夜后才抵达敌人的老巢。斩首一百二十级，缴获牛马及兵器不计其数，部队完整地回来了。

把兔儿因在镇武受重伤不久就死了，他的部属全都作鸟兽散，其他各部也都远远地逃走了。董一元因军功被增加二级官，世世代代荫袭。很久之后，因病回家，命令王保代替他。

万历二十五年（1597年），第二次抗倭援朝战争爆发，明朝下诏董一元隶属为总督邢玠的部下，担任军事参赞。

万历二十六年（1598年），董一元代替李如梅担任御倭总兵官。当时兵分四路，董一元在中路，在泗州防御岛津义弘，先攻取晋州，占领望晋，乘胜渡江，接连平毁永春、昆阳二座敌寨。日军退守泗州老营，攻占敌老营，游击卢得功阵亡。前进直逼新寨。新寨三面临江，一面与陆地相连，引海水做濠沟，停泊在寨下的海船数以千计，修筑金海、固城作为左右的屏障。

董一元分派步、骑兵夹击。步兵游击彭信古用大棒攻击寨，打破了很多地方。大军进逼日军城壕，烧毁栅栏。忽然军中大炮爆裂，火焰冲天。

日军乘机冲击，固城的援敌也到。骑兵各将先逃跑了，董一元也回到晋州。消息传来，万历皇帝下诏斩游击马呈文、郝三聘，降彭信古等人的官职，充当事官，董一元也被剥夺了宫保，降了三级官阶。时逢丰臣秀吉去世，倭寇撤退，岛津义弘被陈璘歼灭了，董一元得以恢复了原官级，万历皇帝赏赐他银币。

万历二十七年（1599年）三月，董一元班师回朝。很久之后，董一元去世。

《明史·卷二百三十九·列传第一百一十七》

董一元任辽东总兵官时巧用计谋铲除了边疆的把兔儿等隐患，俘斩贼军540余人，获得马驼2000余匹，在董一元的奇袭之下，把兔儿战死，其部属全都作鸟兽散，其他各部也都远远地逃走了，辽东得到了暂时的安宁，维护了明王朝边境的治安，万历二十五年（1597年），第二次抗倭援朝战争中，董一元接连平毁永春、昆阳二座敌寨。

《明史》：①一元历镇冲边，并著劳绩。与麻贵、张臣、杜桐、达云为边将选云。②董一元白沙埚、墨山之捷，奇伟不下王越。③一元勇如兄，而智略过之。

先祖：董仲舒，汉代巨儒。

八世祖：董承宣，朝鲜荣川君。

父亲：董旸，嘉靖年间担任宣府游击将军。俺答进犯滴水崖，奋力作战，阵亡。

哥哥：董一奎，是都督佥事。先后镇守山西、延绥、宁夏三处边地，以勇敢著称。