6、《台湾研究新跨越·历史研究》（主编）　 　 九州出版社2010年

1、《中国农民负担史》（第二卷）　中国财政经济出版社1994年

2、《台湾历史纲要》　 　九洲图书出版社1996年

3、《福建移民史》　 　方志出版社2005年

4、《<认识台湾>教科书评析》　 　 九洲图书出版社1999年

1、尹士俍《台湾志略》　九州出版社2003年

2、张嗣昌、尹士俍《巡台录·台湾志略》　香港人民出版社2005年

3、季麒光《蓉洲诗文稿选辑·东宁政事集》　香港人民出版社2006年

4、蒋毓英：《台湾府志》（参与整理）　厦门大学出版社1985年

1、论外国商业地台湾贸易的控制（1860－1894）　《台湾研究集刊》1985年第3期

2、论清代台湾经济中心的北移　《台湾研究集刊》1987年第2期

3、近代台湾对外贸易对地方社会经济之影响

《对外经济关系与中国近代化国际学术研讨会论文集》 华中师范大学出版社，1989年

4、清代巡台御史制度研究　《台湾研究集刊》1989年第1期

5、清代台湾边疆移垦社会之特点与妈祖信仰　《台湾研究集刊》1990年2/3期

6、清代前期台湾的田园赋则　《台湾研究集刊》1991年第2期

7、清代台湾之官庄（上）、（下）　 　《台湾研究集刊》1992年 第3期、第4期

8、道光二十三年台湾田赋改折考　《台湾研究集刊》1993年第1期

9、清代台湾地方之赋役与农民负担　《台湾史研究论文集》华艺出版社　1994年

10、城隍信仰与台湾历史　《台湾研究集刊》1995年第1期

11、清代台湾行政区划的变迁与台湾历史　《中国方域》1995年第1期

12、晚清台湾社会的转型及其特征　《厦门大学学报》1996年第4期

13、丘逢甲乙未抗日若干问题之我见　《台湾研究集刊》1996年第4期

14、施琅在清初对台湾的经营与治理　《台湾研究》1997年第4期

15、论丘逢甲的生平思想与时代潮流　《丘逢甲研究》广东人民出版社 1997年

16、台湾光复初期的经济问题　《台湾研究集刊》1998年第4期

17、战血台澎心未死，寒笳残角海天云

――丘逢甲乙未内渡后思想事迹述论　《台湾研究》1998年第2期

18、论《三国演义》与关帝信仰　《厦门大学学报》1998年第4期

19、不容青史尽成灰

――对台湾国民中学教科书《认识台湾》（历史篇）、（社会篇）“去中国化”倾向的批判

《认识台湾》教科书评析

九洲图书出版社1999年

20、论清政府对台湾少数民族的政策

――兼驳所谓的“放任”论 　《认识台湾》教科书评析

九洲图书出版社1999年

21、还历史以本来面目

――读陈著《台湾历史与两岸关系》　《台湾研究集刊》1999年第4期

22、《禹贡》岛夷“卉服”、“织贝”新解　《光明日报》理论版

2000年6月30日

23、台湾――明代中国的海防要地　《光明日报》理论版

2000年9月1日

24、施与清初大陆移民渡台之政策　《历史月刊》2000年第10期

2001年3月3日 、6日

25、陈第、沈有容与《东番记》　《台湾研究集刊》2001年第1期

26、论清代移民台湾之政策

――兼评曹著《中国移民史》第六卷第八章“台湾的移民垦殖”

《历史研究》2001年第3期

27、论清代政府的治台政策　《台湾研究》2001年第3期

2002年5月28日 、 6月4日

28、清代台湾的开发与岛上对外交通　《台湾研究集刊》2002年第2期

2003年1月18日

29、周婴《东番记》研究　《台湾研究集刊》2003年第1期

30、尹士俍与《台湾志略》　《台湾研究》2003年第3期

31、从荷兰史料看明天启年间中国军民的抗荷斗争　《郑成功与台湾》

厦门大学出版社2003年

32、论闽南地区的重商倾向与海外贸易　《第九届明史国际学术研讨会论文集》厦门大学出版社2003年

33、论尹士俍《台湾志略》史料价值

――以社会经济史为例　《台湾文献》2003年12月

34、论沈葆桢与清政府治台政策的转变　《台湾研究》2004年第3期

35、大陆移民渡台的原因与类型分析　《台湾研究集刊》2004年第3期

36、从尹著《台湾志略》看清初台湾移民社会的若干问题

《两岸史学――海峡两岸关系史与台湾史学术研讨会论文集》湖北人民出版社2005年

37、季麒光与清初台湾的妈祖信仰　《台湾研究》2005年第4期

38、台湾建省的历史进程　《人民日报》海外版

2005年10月12日

39、大陆馆藏台湾早期方志的发掘与整理

――以蒋毓英《台湾府志》和尹士俍《台湾志略》为例

《2004地方文献国际学术研讨会论文集》北京图书馆出版社2006年

40、论迁台移民与福建祖籍原乡、原族之关系　《谱牒学研究》山西古籍出版社2006年

41、早期台湾移垦之环境与保生大帝信仰　《台湾研究》2006年第6期

42、若使甲兵真可洗，与君同上决天河

――记“二·二八”前后的闽台建设协进会论文　《台湾研究》2007年第3期

43、分巡台湾道“兼督船政”考　《台湾研究》2007年第6期

44、台湾知府方传穟与“圣迹益彰”匾　《中华妈祖》2007年第6期

45、台湾光复初期的经济政策与经济问题　《割让与回归――台湾光复六十周年暨海峡两岸关系学术研讨会论文集》台海出版社2008年

46、大陆台湾史研究三十年的回顾与感想　《台湾研究》2009年第1期

47、论雍正年间台湾“番”地开垦政策的变化

――以《巡台录》为中心　《台湾研究集刊》2010年第3期

48、乾隆二年妈祖加封“天后”辨误　《台湾研究集刊》2010年第6期

49、冒籍：清代台湾的科举移民　《厦门大学学报》2011年第1期

50、晚清台湾电报的创办及割台后中日间之交涉　《福建师范大学学报》2011年第4期

1、福建社科研究“十五”规划项目：《福建向台湾移民史研究》 　2001.08

2、教育部人文社科研究“十五”规划课题：《祖国大陆向台湾移民史研究》　2001.12

3、全国高校古籍整理研究委员会2003年度资助项目：尹士俍《台湾志略》标点、校注　2004.01

4、教育部人文社会科学研究重点研究基地重大项目：《台湾通史》六卷本　2005.06

5、2011年度国家社会科学基金项目：《社会转型、抗击外侮与近代化建设――晚清台湾历史映像（1840－1895）》2011.07

1、国家清史编纂委员会委托项目：《清史》纂修工程“台湾志”　 　 2004.07

2、教育部人文社会科学研究重点研究基地重大项目：《闽粤移民与台湾社会历史发展研究》　2008.12

3、教育部人文社会科学研究重点研究基地重大项目：《台湾史与“台独史观”批判》

2011.01

4、2011年度国家社会科学基金项目：《清代文献中的台湾形象》　2011.07