杨蓁曾加入中国同盟会，辛亥革命时参加云南重九起义。后历任护国军支队长、靖国联军总参谋长、滇军第三卫戌司令、中华民国军政府陆海军大本营高级参谋和秘书等职。

1916年12月20日北京政府陆军部授予陆军少将。

1917年任靖国联军总司令部总参谋长，靖国联军重庆行营参谋长，晋级陆军中将。

1918年奉派赴日本考察和学习，返回昆明后，任滇军第三卫戌区司令部司令官。

1923年4月4日任孙中山大元帅大本营高级参谋，4月18日任大本营秘书。

1925年春，奉孙中山之命，赴范石生军任总指挥，率师入桂讨伐叛军，同年6月，在广西遇刺身亡。