到了刘彧登位，更受宠幸，待遇更优厚，与阮佃夫、道隆、李道儿等同掌重权要职，逐渐提升为员外散骑侍郎，南平昌太守。泰始七年，杨运长入东宫侍奉太子。

后废帝登位，杨运长与阮佃夫都兼通事舍人，加龙骧将军，转给事中。由于平息桂阳王刘休范有功，封南城县食邑八百户。元徽三年，从安成王车骑中兵参军迁后军将军，兼舍人职位依旧不变。

杨运长为人质朴，清正廉明，不修建私人的庭院住宅，不接受别人赠送的财物。这些为人处事的风格，使得他和一般的宠臣大不相同。但他平庸浅陋，无知无识，只与出身寒门的潘智、徐文盛交情深厚，所作所为，都一定要同这两个人商量，如此才能下决定。徐文盛为奉朝请，参预平息桂阳王休范的叛乱，封为廑晋县男，食邑四百户。

宋顺帝登位，派出运长为宁朔将军、宣城太守，不久离开郡守回家。大将沈攸之身居顾命大臣，出镇荆州，见朝廷中枢主少臣强，渐怀不臣之心。萧道成废刘昱、立刘凖，沈攸之认为时机已至，起兵讨伐，与萧道成争夺天下。杨运长有响应沈攸之的意图，萧道成派骠骑司马崔文仲率军讨伐，杀死了他。