1933年1月与宋庆龄、蔡元培、鲁迅等组织成立中国民权保障同盟，任执行委员兼总干事，主持该同盟的日常工作。先后组织并亲自参加了营救罗登贤、廖承志、陈赓等共产党员和许德琦、丁玲、潘梓年等教授作家的活动，公开发表谈话揭露国民党当局镇压人民抗日爱国运动的罪行，成为著名的坚定的爱国民主斗士。

1933年6月18日在上海亚尔培路遭国民党特务暗杀，不幸牺牲。

杨杏佛生性耿直、刚正不阿，从两件事即可看出其鲜明的性格特点。1912年南北议和后，如果他见风使舵，完全可以在袁世凯政府中谋求较好的职位，但他却远赴美利坚留学，可谓有骨气。1925年孙中山先生逝世，国民党斥资白银80余万两兴建中山陵，杨杏佛被推为治丧筹备处总干事，掌握极大的决定权。当工程招标时，许多建筑公司纷纷送礼贿赂，杨杏佛照单全收，却将礼品存放在陈列室中，供人参观。

1932年底，蔡元培和宋庆龄有感于外籍人士牛兰夫妇绝食抗议、陈独秀被捕等一系列政治事件，成立了中国民权保障同盟，专门营救被政治迫害的文化名流，争取言论、出版、集会等自由。同盟办公地设在上海法租界亚尔培路331号中央研究院国际出版物交换处，杨杏佛任同盟的总干事，成为自由与人权的坚决维护和实践者。傅国涌先生曾言：“如果说宋庆龄、蔡元培是民权保障同盟的精神领袖或者说灵魂人物，那么杨杏佛就是同盟的实干领袖，是实干家。”如果缺了杨杏佛这样执著精干的人物，民权保障同盟就不会有如此大的作为。

1933年初，在九一八事变和一二八事变之后的动荡中，杨杏佛曾赴华北呼吁全国统一抗日，蒋介石对此非常气恼。杨杏佛从中国民权保障同盟筹备工作之日起，就一再遭到国民党当局的威胁恐吓。1933年5月间，特务又给杨杏佛寄去一封装有子弹的恐吓信，要他立即退出同盟，否则将采取强硬手段。杨杏佛早已将生命置之度外，对此不予理睬，蒋介石决意除掉杨杏佛。

戴笠奉命杀杨是在1933年四五月间，当时杨从北平回上海不久，戴立即开始布置。特务们先侦察了杨的每日行踪，了解到杨本人住在中央研究院楼上，爱好骑马，在大西路养了两匹骏马，早上有空便去大西路、中山路一带骑马驰骋一两小时。特务们认为在这个时候这个地段对杨进行狙击机会最多也最有把握。特务们正进行狙击杨的准备时，蒋介石表示坚持一定要在法租界宋的寓所附近执行。戴笠只好改变计划，在中央研究院附近进行布置，准备趁杨外出散步或去宋寓所途中执行。

戴笠于6月初亲往上海指挥布置，他的寓所就在法租界枫林桥附近。负责执行暗杀的是华东区行动组组长赵理君。参加这次行动的凶手六人，事前宣誓，要做到“不成功即成仁’，如不幸被捕，应即自杀，否则将遭到严厉惩罚。

特务们原打算在17日早晨行动，当他们到达中研院附近即遇上法巡捕房的巡逻警车，又有一队巡捕经过，所以没敢动手。18日早上6点多，赵理君亲自带着李阿大、过得诚、施芸之等前往，汽车停在亚尔培路、马斯南路转角处。赵自己坐在汽车上，李阿大、过得诚等四人分散等候在中研院附近。约8时左右，当杨杏佛带着长子杨小佛走到院中准备登车时，特务们便走近门前准备动手。但杨上车后又走了下来，特务们以为杨已发觉，正想冲入时，杨领着儿子上了另一辆汽车。当汽车驶出大门时，四支手枪同时朝着车内射击。

杨杏佛听到枪声，便知是冲他而来。生死关头，他立即用身体保护儿子。特务们连开十几枪只将杨和司机打死，小佛仅腿部中了一弹而幸免于难。

凶犯们见已成功，便奔向停在附近已发动的汽车。过得诚慌乱中跑错了方向，等折回来再追时，车已离得很远。赵理君一看他还差好几丈，而这时法租界警笛狂鸣，便顾不得再停车等候，又怕他被捕后泄漏机密，立刻向他开了一枪，便开车逃遁。凶手过得诚受伤后被闻声追来的巡捕抓获。巡捕立刻将其与杨氏父子一同送往广慈医院抢救，杨杏佛不久便因无法救治而逝世。

杨杏佛是近代中国科学与民主精神的极力追求和力行实践者，曾任孙中山秘书，备受孙及国民党左派所赏识。欲行独裁的蒋介石视其为眼中钉，恨之入骨，必欲除之而后快。作为中国民权保障同盟的总干事，杨杏佛为人权和民主奋力奔走呼吁，终令蒋杀机顿起，决定用暗箭铲除异己。关于他的死因，长期以来似已成为定论：“杀杨儆宋”，即杀杨杏佛是为了警告宋庆龄。真是如此么？

廖大伟教授在《“杀杨儆宋”：杨杏佛被刺问题中的一个误解》一文中提出了不同的观点，认为“杀杨是必然的，此举并非冲着警告宋庆龄、蔡元培而来，长期流行的‘杀杨儆宋’说不符合历史事实”。

蒋介石杀杨杏佛的主要目的是扼杀民权保障同盟，一举扫除专制道路上的障碍。蒋介石杀杨是经过深思熟虑的，并非一时心血来潮。将枪口对准杨杏佛，既有杨个人的因素，也有对民权保障同盟的整体考虑。在民权保障同盟成立前，他就已“离经叛道”，不顾禁令如实报道苏区，令蒋恼羞成怒；民权保障同盟成立后，杨任总干事，更是不遗余力，到处营救政治犯，做了许多共产党想做而做不到的事情，是一大祸害。若除掉杨，民权保障同盟便陷于瘫痪，不能发挥作用了。

杨杏佛被杀后，宋庆龄发表了激动人心的讲话：

这些人和他们雇来的打手们以为靠武力、绑架、施刑和谋杀，他们可以粉碎争取自由的斗争……但是，斗争不仅远远没有被粉碎，而且我们应当更坚定地斗争，因为杨铨为了自由而失去了他的生命。我们必须加倍努力直至实现我们的目标。

杨杏佛遇害后，鲁迅极度悲伤，写下了传诵一时的悼诗：

悼杨铨

岂有豪情似旧时，

花开花落两由之。

何期泪洒江南雨，

又为斯民哭健儿。

1908年，杨杏佛入上海吴淞中国公学就读，接受进步思想。武昌起义时，他以同盟会会员身份赶往武昌，亲历辛亥革命，后来在孙中山组建的中华民国临时政府中任总统府秘书处的收发组长。1912年南北议和，袁世凯窃取了革命成果。此时，如果杨杏佛见风使舵，自然会获得很好的职位。但以他耿直的性格，痛感时局不可为后，毅然放弃优厚的待遇，远赴美国求学。杨杏佛先在康奈尔大学选读机械专业，接着在哈佛大学商学院商业管理学院攻读硕士学位。他希望汲取到世界最先进的思想和营养，为祖国效力。

杨杏佛很早就怀有科学救国、实业救国的理想，赴美后，美国先进的科学与中国落后的面貌形成巨大的反差，刺激着杨杏佛和他的同伴。1914年夏，美国康乃尔大学的几个中国留学生决定创办《科学》月刊，他们认为：中国最缺的莫过于科学，《科学》月刊就是专门向中国介绍科学的杂志。他们说干就干，迅速筹备，促使《科学》月刊第一期很快在美国编辑成功，1915年1月即在上海由商务印书馆印行。《科学》月刊是中国第一份综合性科学杂志。在《科学》月刊上签名的“缘起”人有：胡明复、赵元任、杨杏佛、任鸿隽等。从《科学》创刊到1921年，杨杏佛任编辑长达7年之久，共主编6卷69期杂志。他不仅约稿、组稿、审稿，而且经常自己写稿、译稿。

杨杏佛将最先进的科学成果介绍到中国，例如，《科学美国人》杂志在1921年2月5日刊登《爱因斯坦相对说》一文后，杨杏佛马上意识到“相对论”的重要价值，仅一个多月时间，他就将此文译成中文并发表在《科学》月刊上。这是国内介绍相对论最早的文章之一。杨杏佛在宣传科学精神的同时，还注重将科学与实业、科学与救国联系起来，激发国人的爱国热情。他也意识到了榜样的非凡力量，非常重视科学家传记的写作。例如，他自己便写过《牛顿传》、《詹天佑传》等文章。在《詹天佑传》一文的末尾，杨杏佛还这样评论：“综氏（指詹天佑）一生，未尝离工程事业。其为官，不过邮传部候补丞参，民国不过交通部技监，无赫赫之位，炙手之势，及其逝也，举国识与不识咸兴人亡国瘁之悲。呜呼！其感人抑何深耶！夫以氏之学识经验，使充其能，所成就者又岂仅京张数百里之路已哉。乃频年干戈，政争不已，卒至赍志以殁，不能如史第芬森、瓦特辈目睹所业跻国富强，此岂个人之不幸哉，吾为中国惜也。”

在这样的感叹声中，杨杏佛当然能意识到：国家富强，需要科学。但仅有科学还是不够的，还需要政治、民主、实业、教育，更需要民众的觉醒……

杨杏佛一直认为：“在现今世界，假如没有科学，几乎无以立国。”怀着科学救国的抱负，杨杏佛还与胡明复、赵元任、任鸿隽等留美同学发起成立中国第一个学术团体——中国科学社，他们出版书刊，建立图书馆和生物研究所，创办中国图书仪器发行公司……满怀热情地传播着科学的火种。

杨杏佛一直有一个“梦想”：“我梦想中的未来中国，应当是一个物质与精神并重的大同社会。”他相信自己的梦想会成为现实。

怀着这样的抱负和理想，杨杏佛于1918年获得哈佛大学工商管理硕士学位后，迅速回国。先后担任汉阳铁厂会计处成本科科长、南京高等师范学校教授、东南大学工学院院长。他满怀报效祖国的热情，投入到教育救国、实业救国的实践当中，但黑暗的现实迫使杨杏佛作深刻的思考。经过长时间的观察与思考，他意识到：“今之投身教育实业者，大抵皆一国最优秀之分子，其志则鄙政治而不为，又不愿任改革之责；其力则藉教育实业为保障，足以糊口安心，武人政客之黠者知其不能为祸，且足以消磨反抗人才，亦虚与委蛇以博贤名，而教育实业遂成中国超治乱无是非之特殊社会。所余者乃为水深火热受压迫无首领之民众，与专横无耻窃政权攘私利之武人政客，一则但能作恶，一则但知受祸，而此中立之教育与实业，且作壁上观，如秦人之视越人，中华民国之祸乱，又安得而不延长至十余年乃至数十年哉？”鉴于此严峻之现实，杨杏佛力呼各界人士勇敢地行动起来，担起救国的责任。

1924年，孙中山主持中国国民党改组，实现了第一次国共合作。杨杏佛与陈去病等人在东南大学成立国共合作的地下组织，从事革命活动。他的举动受到东大校长郭秉文的敌视，工科被取消。杨杏佛辞去教育界的职务，回到孙中山身边，担任孙中山的秘书。同年年底，孙中山应冯玉祥之邀北上，共商国是，杨杏佛随往。1925年3月12日，孙中山病逝于北京。杨杏佛陪伴孙先生走过其生命最后的时光，深受孙中山精神所鼓舞，深得孙中山思想之精髓。

此时，杨杏佛自然仍未忘记“科学救国”的鸿志。但他已深刻地意识到：在当时的乱世，当然更需要革命。同一年，杨杏佛专门写了《科学与革命》的文章，呼吁：“惟有科学与革命合作是救国的不二法门。换句话说，便是革命家须有科学的知识，科学家须有革命的精神，共同努力去研究社会问题，以及人生一切的切身问题，中国才有救药，世界上才有光明。”这已化为杨杏佛的坚定信念，他为此奋不顾身地站到了救国的最前线，直至1933年6月18日被特务暗杀。

2008年4月，“杨杏佛生平展”在上海举行，解密的文物史料包括杨杏佛日记、诗词、手稿、友人来函、家信、肖像照片、藏书等，其中以十七封宋庆龄来函最为珍贵。一九二九年宋庆龄致信杨杏佛，委托其在上海报章刊登“不再参加国民党工作”的英语声明稿及信函原件，也首次公之于众。

杨杏佛之子、九旬高龄的杨小佛表示，几经战火劫难，父亲的一部分遗物仍保存完好，堪称奇迹。他说，将文物捐赠给相关机构，比留在私人家中，更利于保护与研究。

历史专家则披露，研究发现这批宋庆龄来函等珍贵文物之所以传奇般地保存至今，与杨杏佛、赵志道夫妇的婚姻纠葛有关。众多文本实物系由赵志道女士于抗战初期带离上海，才避开战乱纷扰。

杨氏遗物从一个侧面展示了诸多民国人物鲜为人知的交友细节。胡适、任鸿隽、王云五、竺可桢等人与杨的通信原件、合影等，也随《杨杏佛遗迹录》一并影印出版，且均附有编纂说明。

杨杏佛的“诗人生活”也首次曝光。例如，徐志摩在遭遇空难前一晚，求访杨杏佛并留下的一张便条，被视为“徐志摩致友人绝笔”。