1938年（中华民国二十七年），学校再迁至上海，加入了华东区基督教15所学校合办的联合中学。

1939年（中华民国二十八年），与弘道女子中学、嘉兴秀州中学、绍兴越光中学等校设联合中学分校于绍兴。

1941年（中华民国三十年），日军攻占绍兴，联合中学绍兴分校与上海华东区基督教联合中学先后停办。

1943年（中华民国三十二年），学校停办。

1945年（中华民国三十四年）10月，学校复校，与杭州私立弘道女子中学联合招生。

1939年（中华民国二十八年）8月，竺可桢在浙江大学西迁途中提出创办实验学校，并应兼办中学。

1941年（中华民国三十年），学校更名为国立浙江大学附属中学。

1942年（中华民国三十一年）春，学校更名为国立浙江大学师范学院附属中学。

1945年（中华民国三十四年）秋，学校复名国立浙江大学附属中学。

1945年，学校随浙江大学回迁杭州。

1949年9月，在东街路吉生布厂大院设立分部。

1950年10月，学校由原浙江大学领导改属于浙江省文教厅。

1951年8月1日，蕙兰中学与国立浙江大学附属中学合并，在蕙兰中学原址成立杭州第二中学。

1953年，杭州第二中学被定为杭州市重点中学。

1963年，又被浙江省教育厅定为直属实验中学。

1966年，受文化大革命影响，学校停课。

1968年，学校复课。

1969年5月，学校改名为“杭州玻璃厂五·七学校”。

1971年12月，学校恢复“浙江省杭州第二中学”校名。

1978年，学校取消“革委会”，实行校长领导体制，杭州第二中学再次被列为省、市重点学校。

1980年，杭州第二中学被定为浙江省首批办好的十八所重点中学之一。

1995年9月，经浙江省教育委员会评估，杭州第二中学被认定为首批浙江省一级重点中学。

2000年6月，成立国有民办性质的杭州第二中学分校。

2001年4月，杭州第二中学搬迁至新建的滨江校区。

2001年9月，杭州第二中学国际部正式开学，上课地点暂设箴华音乐厅。

2003年1月，杭州第二中学国际部建成并投入使用。

2003年9月，创办杭州二中树兰实验学校。

2004年10月，经杭州市教育局批准，成立“杭州二中教育集团”，是杭州市首批市属教育集团。

2005年4月，创办杭州江南实验学校。

2010年4月，国有民办性质的杭州第二中学分部撤销，并入公办的杭州第二中学。

2014年4月，浙江省杭州第二中学被确认为首批浙江省一级普通高中特色示范学校。

截至2016年4月，浙江省杭州第二中学共拥有两个校区（滨江校区、东河校区），其中滨江校区占地85052平方米，建筑面积45990平方米；东河校区占地面积28211.67平方米，建筑面积17867.67平方米；共有教学班60余个，学生2891人。

此外，浙江省杭州第二中学建立了以自身为龙头学校，由杭州第二中学国际部（杭州国际学校）、杭州二中树兰实验学校、杭州二中白马湖学校、杭州江南实验学校、浙江省桐庐中学组成的“杭州二中教育集团”。

浙江省杭州第二中学教育教学设施均按一流标准配置，每个教室均实现数字化的多媒体网络显示终端组合，教学楼全部实现智能化。

校园网

据2016年4月学校网站显示，校园网主干带宽1000兆，每位教师的办公桌或校园内部信息点都有百兆的接口。校园网连接校内教学大楼、行政楼、实验楼、图书馆、音乐厅、体育馆、游泳馆、食堂、学生宿舍。

实验室

据2016年4月学校网站显示，学校共有理、化、生90平方米实验教室13个，准备室5个，仪器室5个，药品室2个，标本陈列室1个，物理创新实验室1个，理化生三科教学实验仪器设备按国家一类标准配置，此外学校还为学生自主学习配备了一些大学仪器和设备。其中化学仪器大约有150种2000件；物理仪器320种6000余件；生物仪器350种1000余件。

图书馆

据2016年4月学校网站显示，学校图书馆共有藏书10万余册，其中线装古籍书近4000册，期刊精装合订本300多册，现刊555种，各类报纸62种，图书馆全面实现数字化管理，并用WEB查询系统与校园网连接，使读者可以在学校的任一信息点检索藏书，并进行图书预约。电子阅览室共有56台电脑，备有千余张各类电影、电视及知识光盘。

体育设施

据2016年4月学校网站显示，学校建有多功能体育场馆，建筑面积达3018平方米，配有400米塑胶跑道标准田径场、标准足球场，室外塑胶篮球场12个，排球场7个，网球场2个，羽毛球场4个，健美操专项训练室1间，力量房1间，室内乒乓球台12台以及游泳馆，所有体育器械均按教育部中学体育器材一类标准配备。

寝室

据2016年4月学校网站显示，学生宿舍区每个寝室按6人配置，每人有独立的书桌、书架、衣柜；室内配有独立的洗手间，每日供应热水；每个寝室都配备有有线广播和可通全国各地的程控电话；各寝室配有可通因特网的端口。

硬件设施信息参考资料：

截至2016年4月，浙江省杭州第二中学共有教职员工283人，其中高级教师141名，正教授级高级教师3名，全国教育系统劳动模范1人，浙江省功勋教师2人，浙江省特级教师9人（也有13人之说法），浙江省教坛新秀14人，杭州市教坛新秀43名；有杭州市第一批一、二层次跨世纪学科带头人17名；杭州市第二批名师3名，学科带头人11名；有全国先进教育工作者3名，全国优秀教师、杭州市“十佳校长”、“十佳杰出青年”各1名。

全国优秀教师（1人）：林肃浩

正教授级高级教师（3人）：刘向东、林肃浩、金永生

全国教育系统劳动模范（1人）：徐承楠

浙江省功勋教师（2人）：徐承楠、叶翠微

浙江省特级教师（13人）：徐承楠、刘向东、楼肇庆、金功发、钱增兴、张永久、金永生、斯理炯、王发高、陈婕、钟小平、陈欢、林肃浩

浙江省教坛新秀（14人，不全）：黄燕明、黄宏亮、张焕标、徐晓红、黄怀球、叶加群、陈洁、黄镇宇、朱文博、胡克元

学科竞赛

素质成绩

校徽

浙江省杭州第二中学校徽以兰之经典形态为元素，挖掘兰之神韵，体现百年二中“蕙质兰心”、“树人树德”之精髓。校徽中心图案是正当开放的兰花，积极向上，灵动又不失沉稳。周围环以“浙江省杭州第二中学”的中英文字样，造型优美、对称。色彩采用翠绿色与金色相搭配，和谐优雅，凸显浙江省杭州第二中学的历史悠久、文化厚重。

校训

私立蕙兰中学时期校训

“诚、勤、爱”

现校训

“立志、努力、为公”

立志、努力、为公是原国立浙大附中校长竺可桢在1940年提出，强调的是“高、正、实”的精神状态，二中人从精神层面上认准了自己的追求方向——“高”（高目标，高境界）、“正”（树正气、走正道）、“实”（说实话、做实事）。

校歌

日常活动

浙江省杭州第二中学学生课余生活丰富，学校每年均开展各项活动，例如1月岗位体验活动、寻访校友活动，3月读书节、植树节，4月社团文化节、校篮球赛、生活技能节、心理周、英语节，5月红五月艺术节、校园文化节，6月女生节，7月红色之旅、海外之旅，9月小球比赛、游泳比赛、诗歌节，10月寝室装饰大赛、体育文化节，11月排球联赛、足球联赛，12月成人节、新年音乐季等。

社团组织

截至2011年9月，浙江省杭州第二中学共建有学生社团30个，体育俱乐部15个。