松殿师家的母亲是与和后白河法皇、平清盛两股势力都有紧密联系的太政大臣花山院忠雅的女儿花山院忠子。因此，松殿师家虽然是松殿基房的第三子，但实际上被当做嫡子看待。治承3年（1179年），年仅8岁的松殿师家便升任权中纳言。这个来自后白河法皇任命使得希望由名义上的外孙近卫基通任中纳言的平清盛对和法皇及法皇身边的近臣的关系产生了极度的不信任感，于是在同年，这件事成为平清盛发动了“治承三年之变”的契机之一。政变的结果是松殿师家和其父松殿基房一并被罢官，松殿基房被流放。有平清盛支持的近卫基通代松殿基房为关白。

4年后的寿永2年（1183年），平家被木曾义仲的军队逼离京都，义仲军进驻京都。松殿师家的父亲松殿基房开始积极争取木曾义仲的支持来挽回政治地位。在松殿基房将松殿师家的姐妹（一说名为藤原伊子）献给木曾义仲做正室夫人后，同年11月，年仅12岁的松殿师家即获得从二位的高位，并得任摄政和内大臣以及获得藤原氏长者的身份。松殿家从近卫家抢回了摄关家的主导权。