松殿基房为关白藤原忠通的次男。其兄长近卫基实于1166年去世，基实子基通年幼，因而基房有机会接替兄长成为藤原氏的领袖。然而当时基实的岳父平清盛则将基实原先之庄园资产，多留给基通，基房所得有限。此外清盛孙资盛，某次遇基房（时为摄政）而不下车致意，因而遭受到基房的随从羞辱；清盛听闻此事大怒，待基房出外时，命人打坏其车，并断其侍从发髻，以为报复。因此基房与清盛有嫌隙。

1179年，松殿基房与后白河法皇联合，将清盛请求授与近卫基通的权中纳言一职，授与基房子师家；清盛子重盛去世，基房又与法皇图谋收回重盛领地越前。因此触怒了清盛。清盛率兵从福原入京，罢免基房及其他反平家的贵族，贬基房为太宰权帅，预备流放太宰府，并且幽禁法皇于鸟羽殿，是为治承三年之变。稍后基房出家，因之流放地改为备前。次年（1180年）基房返回京都。