林启认为：“居今日而图治，以培养人才为第一义。居今日而育材，以讲求实学为第一义。”

林启建议浙江巡抚廖寿丰利用籍没的、位于杭州蒲场巷的普慈寺寺屋兴办新式学堂，取名求是书院；书院“以讲求实学为第一义”。求是书院后发展为中国著名的浙江大学。时廖寿丰任命林启为“求是书院”总办，负责确定章程、延聘师资、招收学生等事宜。林启每逢望日（每月十六日）亲临书院课学，命题阅卷，督促甚勤。书院开设了数学、物理、化学、史地、博物、音乐、英语、日语等现代课程，购置了教学仪器和图书；浙江和杭州的近代高等教育自此开始。书院聘请美国人王令赓担任总教习，请两位具有革新思想的学者任教习，成为当时传播新知识、新思想的场所，邵裴子曾说求是书院“为浙江革命思想重要源泉之一。求是书院成立不过三年而校内革命思想已蓬勃发展，后来参加革命的亦有其人，成为本省及全国革命史上不可或缺之一部分”。

林启与蚕学馆

林启十分关注蚕桑，在任衢州知府时，就大力提倡发展蚕桑。调任杭州知府后，他看到由于蚕桑技术落后等原因，“蚕病蚕窳而丝劣”，蚕丝生产衰退，农民养蚕歉收，就兴办了注重课堂教学与实习的蚕学馆（现浙江理工大学），目的在于除去蚕微粒子病，选育佳种，把优良的饲养技术传授给学生，然后推广到民间。蚕学馆在金沙港一带择30多亩地为馆址，经费由布政司拨给。蚕学馆设有动植物、理学、蚕体生理、病理、解剖、气候、土壤、饲育、植桑、缫丝、采种等课程，并在杭州城内和湖州设置了试验场。蚕学馆学制为两年，学生多为秀才，向全国招生。蚕学馆不仅供给伙食，还给每个学生3块钱零用钱。林启自兼总办，请在法国留学时学过选种的江生金任总教习，聘请了日本蚕学家轰木长子、前岛次郎、西德德太郎等为教习。还派毕业生去日本学习养蚕和制丝技术。蚕学馆的兴办，对全国蚕桑丝绸业的发展作出了重要贡献。

清光绪二十五年(公元1899年)，林启又在大方伯原圆通寺建立了养正书塾。这圆通寺里原有和尚，但这些和尚不守清规，倚仗官势，做了许多坏事，被百姓告发。林启对此事进行了调查，掌握确凿证据后，查封了寺庙，并挫败了在寺院旁办广济医院的英国人梅藤更想要霸占寺院的企图。当时由于维新派刚失败，清朝廷下令各省停止办学，因此林启只能使用“书塾”的旧名来应付朝廷。而实际上，养正书塾是一所中等学校，开设了许多现代课程，培养适应时代发展、能为社会所用的人才，设置的课程有国文、小学、经学、修身、算术、历史、地理、物理、体操、英文、音乐等。教师中有陈叔通、汪希和常为林纾口译英文小说的魏易等。

1901年11月，养正书塾改为杭州府中学堂。辛亥革命以后，改称浙江省立第一中学校。1923年，和省立第一师范学合并。1927年，和浙江省立女子中学（今杭州第十四中学前身）合并，并开始高初中分置，高中称为省立杭州高级中学（今杭州高级中学前身），初中称为省立杭州初级中学（今杭州第四中学前身）。林启为杭州中等学校的创办开了先河。以后，杭州一些中等学校陆续开办起来。

作为文化人，林启十分仰慕隐居孤山的林和靖（林逋被后人称为和靖先生）。随着时间的流逝，到林启所在的时代，孤山的梅树已减少了许多。为了表达对林和靖的敬意，恢复林和靖当时隐居的环境，林启在孤山补种了百株梅树，让梅香永飘孤山，永伴林逋。

1900年4月24日，林启在杭州去世，享年62岁。

林启去世后，其后人欲将其遗体运回家乡福建安葬，杭州人民则要求把他安葬在西湖旁，双方争执不休。最后，还是因为林启生前有“为我名山留片席，看人宦海渡云帆”的诗句，林家子孙才同意将林启安葬于孤山北麓。林启墓的墓门做成石牌坊，墓旁为林社。

林社又称“林启纪念馆”。

林社位于杭州市西湖区后孤山路1号，坐落在放鹤亭东面，这是一座中西结合、飞檐翘角的小楼。

1900年林启病逝后，杭人邵章、陈敬第、何燮侯等为永志思念，谕准以孤山民产四分之厘为社基，倡议建林社设祭，初建时为砖木结构的中式平房。1925年，陈叔通等又筹资扩建林社。抗日战争期间，林社遭破坏，社宇渐就倾圮。1946年，浙江大学等复员回杭，复发起重建林社。直到1948年，工程渐次建成，但房却未结顶，张宗祥撰写“重建林社碑记”刻石，均因筹资不继而暂停。1951年春，始卒其工。为楼三楹，宏于旧宇。小楼坐南朝北，占地面积206平方米，建筑面积约250平方米。林社一度用于浙江科技报社办公，2004年进行了恢复修葺，并在林社边增设了林启塑像。

为我湖山留片席；看人宦海度云帆。

——吴鸿宾题林社

教育及蚕桑，三载贤劳襄太守；

追随有梅鹤，一龛香火共孤山。

——陆元鼎题林社

林下有宗风，终古梅花两知己；

薛庐共明水，吾杭太守一传人。

——杨临题林社

风流儒雅亦吾师，好作祠堂旁修竹；

神清骨冷无由俗，一生知己是梅花。

——李恂集句题林社

官余长物，冷树千株，胜地平分高士席；

眼底旧都，炊烟万户，苍生来往我公心。

——邵章题林社

树谷一年，树木十年，树人百年，两浙无两；

处士千古，少尉千古，太守千古，孤山不孤。

——佚名题林社

债课蚕丝，担簦趋太守仁风，乐土更宏衣被利；

封崇马鬣，酻酒对西湖明月，梅花永荐墓门馨。

——佚名题林社

旧枝新干，晨夕写梅，欲从山外青山，常长双峰撑劲节；

诗梦酒痕，苔芩结契，争羡阁边高阁，永留丰壁起层峦。

——吴廷康题林社

清福几生修，伴逋仙高隐，少尉孤忠，一岭梅花寻冷趣；

遗风三代上，继白傅呼宾，苏公判事，两堤杨柳系讴思。

——周锡蕃题林社

一片土本属逋家，尚友古人，继绝世高踪，曾为补梅写韵；

八百年预留此席，流水今日，想入林把臂，应偕舞鹤同归。

——程钟瑞题林社