时值吴三桂引清兵入关，林忠联合永春郑世雄、郑世英、林兴珠等投郑成功麾下抗清复明。郑成功封林忠为平定伯。隆武二年(1646年)，唐王朱聿键死，林忠遂退守德化双坑寨。清顺治四年(1647年)，提督马得功率兵围攻，不下。次年（1648年）副将王满韩又重兵攻寨，林忠突围，占据南埕天平城(在今南埕垅边)。顺治十一年（1654年），林忠率部攻占德化县城。翌年（1655年），清兵又犯，战于螺坑(雷峰)，提标后营千总王世爵被林忠所杀。闽浙总督李率泰在其揭帖中称：林忠“盘踞于万山叠岭之中，路过五府，梗化十年，与海逆(郑成功)相为表里”。林忠抗清转战于德化、永春、永福(永泰)、大田、尤溪等县，“义旗一举，远近咸归”。十四年（1657年）夏，朝廷下诏书招安，林忠命中营林兴珠“诣阙投降”，自引天平城战将103员、兵士六千余人归顺。林忠受招降后，领其弟林暹(纸四)克闽安镇，顺治十六年（1659年）进兵浙江，十八年（1661年）平温、台，擒获海盗洪赣二等29人。康熙二年(1663年)，林忠奉旨进京，受命为陕西总兵，镇守陕西阶州，兼辖洮民、巩秦、文西等处。十三年（1674年），受命征讨吴三桂；十八年（1679年），攻占四川成都。吴三桂覆灭后，林忠受封为一品荣禄大夫、控制西陲的总兵都督。十九年归退，赐朝服还乡。今南安金陶莲峰林氏家庙仍悬挂“元帅”、“都督”和“四世一品”匾额。林忠拓基德化南埕垅边置“大宇堂”，康熙三十二年(1693年)卒，年75岁。