在犹他州，曼森和另外两个孩子开着他们偷来的汽车沿途盗窃加油站。因为开着偷来的汽车穿越州界而触犯联邦法律，曼森被送到了华盛顿国家培训学校（National Training School），并在那里待了四年。尽管他的智商测试平均数为109（最后一次测试是121），他仍是文盲。工作人员断定他是“反社会”。

1952年2月的Natural Bridge Honor Camp听证会近一个月前，由于精神科医生的一封信，曼森被转移到了西弗吉尼亚的Petterbury Reformatory，在那里他被视为“危险分子”，因为他曾用一把锋利的刀片抵住另外一个男孩的脖子。1952年9月，他再次被转移到俄亥俄的奇利科西（Chillicothe），那里有更严密的防卫。经过一个月的改造，曼森几乎成了“模范公民”，良好的工作习惯和较高的知识水平使他在1954年获得了一次假释。曼森和叔叔生活在西弗吉尼亚，1955年1月，曼森和一位名叫罗萨莉·简·威利斯的医院护工结了婚。根据他的说法，他那时真切感受到了婚后生活的幸福。通过打零工和偷窃，他尚可维持这个家。

10月左右，也就是曼森和他怀孕的妻子开着偷来的汽车到达洛杉矶3个月后，曼森再次被指控违法。精神评估后，他被判处5年缓刑。由于未按时出席听证会，缓刑被取消，改为3年监禁。曼森被送到了加利福尼亚的Terminal Island上服刑。

当曼森在监狱中时，罗萨莉生下了他们的孩子。她和曼森的母亲生活在一起，并于第一年一起到岛上探视过他。但在1957年，罗萨莉开始和另一个男人同居。一次听证会前，曼森逃跑未遂，被加了5年缓刑，假释被拒绝。

在“披头士”（Beatles）热潮崛起的60年代，查尔斯·曼森和当时很多的青少年一样，极度迷恋披头士的音乐，但是在吉他以外，他亦迷上了另外一样非常流行的东西——毒品。他年少时已经犯案累累，档案被标明“危险”和“永不可信任”。在保释外出期间，他曾两度结婚，如一个正常的普通人组织家庭，但两次婚姻也以失败告终。

1967年，曼森出狱后跑到旧金山。那正是嬉皮士运动如火如荼的时代，旧金山街头到处是对物质世界不感兴趣，却狂热地追求精神解放，甚至依靠毒品来寻找精神寄托的青少年。看此情景曼森很快知道自己的机会来了。很快，极具表演才赋的曼森手下就聚集了一批20岁左右的崇拜者，多数是年轻女性。后来媒体把他们统称为“曼森家族”（Manson Family）。

曼森家族并不是真的指一家人，而是一群仰慕他的追随者（多数为年轻富有的中产女性）所组成的杀人集团。到了1969年，这个组织已经有25个主要会员和60个一般党员。身为首领的他宣布进行终极计划“Helter Skelter”（披头士其中一首单曲歌名），发动末日的种族和阶级战争，并扬言只有他的信徒才可以存活下来。

曼森还在监狱时就喜欢上披头士的音乐。他经常对信徒们说自己是耶稣转世，而按《圣经》的说法，要有先知来告诉世人耶稣降临，先知就是披头士的4名成员。当披头士出版了那张著名的《白色专辑》（White Album）后，曼森立刻就宣布，一场革命就要爆发了。依照他的解释，专辑中的《革命》（Revolution）宣告了革命即将到来；《小猪们》（Piggies）则代表被打倒的统治阶级；《黑鸟》（Blackbird）预示举行起义的是黑人，等等。在这场革命中，黑人最终将打败白人，统治这个世界。而他曼森则率领一批信徒躲进一个“无底洞”中躲过这场大劫。

除了音乐和演讲，曼森还有两大法宝。一是毒品，他利用当时流行的一种致幻剂来让家族成员们进入幻觉状态，并对他们进行洗脑。第二，曼森很早就意识到了性的力量。他最喜欢结交漂亮的女孩，他让每一个新来的女孩参观自己和其他姑娘们性交，然后逼新来的人参加进来，让这些姑娘们首先在人类最隐秘的地方向他臣服。

1969年8月9日晚上，在好莱坞北面山谷中的一幢别墅里正在举行一个小小的家庭派对。屋主人名叫莎朗·塔特，是1968年编导恐怖片《魔鬼怪婴》的电影导演罗曼·波兰斯基的妻子。那天波兰斯基在欧洲拍电影，而已有8个月身孕的莎朗找了几个好朋友来家里聊天。第二天早上，洛杉矶警察局接到凶杀报警。当警察来到波兰斯基家中时，被眼前的景象惊呆了。屋里总共有4个人倒在血泊中，都是被乱刀刺死的，死者尸体上共发现102处刀伤，且均中数枪，死前极为痛苦；最惨的一人身上一共有51处刀伤；莎朗身中16刀，连同肚子里的孩子一起死于失血过多，与她的化妆师被吊在起居室内。屋子外面的一辆车里还有一个青年被手枪打死在驾驶座上。仔细搜查后还发现，屋子里几乎没有丢失任何东西，里屋的门上有凶手留下的一个字：“猪”（Pig），是用莎朗·塔特的血写成的。

就在这天晚上，离这里几十公里之外的一幢房子里又发生了一起凶杀案，死者是一对姓拉比安卡的夫妇，是加州一家大型超市连锁店的老板。两人也都是被乱刀刺死的，凶手甚至还故意留下了一把插在男主人咽喉里的餐刀。凶手用被害人的血写下了三行字：“猪猡们去死吧”（Death To Pigs）；“起义”（Rise）和“旋转滑梯”（Helter Skelter）。

两起凶杀案很快就上了所有报纸的头版。好莱坞更是人心惶惶。洛杉矶警察局动用了所有警力，把目光集中在和被害人有关系的人中间，可经过2个多月的调查，仍是一无所获。

就在警方走投无路时，案情却出现了意外转折。塔特谋杀案发生前不久，一个洛杉矶毒品贩子欣曼在家里被杀。警察抓住了一名嫌疑犯，他供出了同谋，一个名叫苏珊·阿特金斯（Susan Atkins）的女孩，她和一帮嬉皮士住在离洛杉矶不远的一处废农场里，过着公社式的群居生活。这帮人的首领是查尔斯·曼森。1966年8月16日，警察在这群嬉皮士的居所，逮捕了几乎所有的人，包括曼森。罪名是偷车。

而阿特金斯作为欣曼谋杀案的嫌疑犯被转移到洛杉矶女子监狱，和她同屋的是一个名叫龙尼的妓女。一次聊天中，阿特金斯告诉龙尼，自己就是塔特-拉比安卡谋杀案的凶手。龙尼把自己听来的话原封不动地告诉了监狱长。警方仔细调查了曼森的历史，发现他和他的这个公社确实有重大嫌疑。一位名叫文森特·巴格里奥西的律师被委以重任，他和助手检察官斯蒂芬·凯一起对曼森提起公诉。

此案经过洛杉矶警察局的努力侦破为邪教组织“曼森家族”的一男三女四名成员所为，而幕后主使者就是他们的领袖查尔斯·曼森。

通过不断地审问曼森家族成员，以及多次去死谷实地调查，巴格里奥西得出了曼森杀人的动机：想要挑起一场种族战争。

找到动机之后，巴格里奥西对曼森及其4名家族成员提起公诉。这场审判总共进行了9个半月，是当时美国历史上花钱最多的诉讼案。直到90年代这个纪录才被辛普森案打破。

整个审讯过程全部被摄像机拍了下来，向全美国播放。曼森充分展示了他演戏的天赋，每天都以一个不同的面目示人，在电视机前和观众大玩猫抓老鼠的游戏。而3名女嫌犯则更是惹眼，她们每天都打扮得漂漂亮亮，唱着歌走向法庭。而法庭外，每天都有一批“曼森家族”的成员坐在门口，异口同声地说她们爱曼森。在审讯期间曼森剃了个光头，并在前额上画了一个十字，后来又改成了纳粹标志，所有的家族成员就立刻亦步亦趋地跟着做。电视机前的观众们都不知道对曼森的所作所为到底是该恐惧，还是该惊讶。

1971年，曼森和另外4名嫌犯被陪审团认定有罪，法官判处5人死刑。可第二年美国联邦法院废除了死刑，5人自动改判为无期徒刑。他们仍然被关在监狱里，其中普遍被认为最有希望获得假释的就是莱斯丽·范豪顿。她作案时才19岁，是5人中年龄最小的一个。1971年，她的第14次假释申请仍然被拒绝。

2013年底，曼森与仰慕他的阿弗顿·伯顿准备在狱中举办婚礼结为夫妻。此事被曝光后，立即引发轩然大波。

2017年11月20日，查尔斯·曼森死于加州，终年83岁。

在曼森案以前，一般美国人觉得嬉皮士都是些迷途的小孩子，只要不来自己的社区闹事就可以不管它，但曼森事件之后，美国民众开始对嬉皮士产生了恐惧感，各大城市都出现了反嬉皮士的浪潮。曾经震动全世界的嬉皮士运动从此迅速滑坡，不出一年就从公众的视线里消失了。

有许多曼森的崇拜者为曼森建立了个人网站，宣传曼森的“思想”。曼森还是迄今为止美国历史上收信最多的监狱犯人，平均每天会收到4封崇拜者寄来的信件。

曼森在1968年录的一些歌曲小样被做成了一张名为《谎言》（Lie）的CD，一直有恒定的销量，不断有艺人翻唱他的歌曲。在美国的一个工业金属音乐艺人因其改名为玛莉莲·曼森（玛莉莲·曼森是同名乐队主唱，还有三位成员，全都以一位美女与连环杀手或变态杀人狂的名字相结合为艺名，表示美丽与恐怖共存，与崇拜查尔斯·曼森无关）。《滚石》杂志曾把曼森的照片登在了封面上，称他是“世界上活着的最危险的人”。