父副都统柯汝极卒，袭一等轻车都尉，任兵部郎中兼参领。遇恩诏晋爵三等男。

顺治十年（1653），擢镶红旗汉军副都统。顺治十二年（1655），兼任户部侍郎。

顺治十三年（1656），擢本旗都统。同宁海大将军伊尔德征盘踞在浙江的南明鲁王朱以海，由宁波乘舟趋定海，伪伯阮进、伪总兵胡自庆等率众列舰于衡水洋。清军进击敌军，柯永蓁跃入贼舰，斩胡自庆，余贼望风披靡。诸军并进，斩阮进及伪总制陈六御等遂定舟山。

顺治十四年（1657），追论在户部时赦免员外郎朱世德亏缺税银坐徇私，降世职一等轻车都尉。不久叙平舟山功，仍复三等男。

康熙元年（1661），同靖东将军济什哈征山东叛贼于七，贼纠党据栖霞县岠嵎山，乘夜劫营。柯永蓁射毙三十余人，贼窜遁，复追射毙九十五人，于七窜入海。