柯琴博学多闻，能诗、古文辞。弃举子业，矢志医学。家贫，游吴，栖息于虞山，不以医自鸣，当世亦鲜知者。他一生潜心研究岐黄之术，平实低调，清贫度日。读《内经》、《伤寒论》颇具心得。著医书及整理注释之典籍颇丰。撰《内经合璧》，已佚。另有《伤寒论注》、《伤寒论翼》、《伤寒附翼》。《伤寒论注》四卷、《伤寒论翼》二卷、《伤寒附翼》二卷，合称《伤寒来苏集》，为学习和研究《伤寒论》的范本之一。尝谓：“（张）仲景之六经为百病立法，不专为伤寒一科；伤寒杂病，治无二理，咸归六经之节制，六经各有伤寒，非伤寒中独有六经。”因而采用六经分篇，以证分类，以类分方之方法，对伤寒及杂症，据六经加以分类注释，使辨证论治之法更切实用，且说理明晰，条理清楚，是继元·王好古之后采用六经分类归纳某些杂症有独特见解之医家。对后世有较大影响。