格列高利七世一上台就为提高教会的道德权威和建立神权君主专制政体进行斗争。长期以来，世俗君王给予教会种种特权，又用掌握主教叙任权来控制教会。凭藉这种权力，他们把神职任意出卖给亲信和其它一些世俗封建主，并利用神职出缺，把教区的收益据为己有。同样，世俗封建主对自己领地上的教堂神父也握有任命权。教会财产因神职人员结婚由其后代继承转到了世俗人员手中。尤为严重的是修道院急剧发展，日益富裕、又日趋腐化。这样教会的道德声望以及教皇权势受到严重损害。为了巩固教会组织、提高教会的威信，910年，法国南部克吕尼修道院创立。它改变过去修道院只着重于劳动、苦修的办法，突出宗教活动，反对教会世俗化。此后，西欧修道院普遍仿效，出现了以克吕尼修道院为中心的克吕尼派。到十一世纪，该派反对修道院附属于世俗政权或地方主教，极力抬高教皇地位，鼓吹整个基督教会听命于教皇并反对神职人员结婚。此后，克吕尼运动很快在西欧发展成一股强大的、有组织的政治力量。

作为克吕尼改革派教皇，格列高利七世于1074年在罗马召开会议，连发四道通谕，攻击结婚的神职人员，谴责神职买卖行为；规定神职人员必须独身，神职买卖必须停止，否则予以绝罚。但当时反对改革的阻力不仅来自世俗封建主、皇帝，而且来自教会内部世俗化的神职人员，特别是来自基层教区主教。为此，格列高利七世派出枢机、亲信教士充任“钦使”，到各基层教区游说，强令地方主教贯彻教皇改革的意旨，若有违抗者，立即解职查办。这样,格利哥里通过钦使直接控制了各个国家的每个教区。

1075年，格列高利七世发布了《教皇敕令》（二十七条），具体地阐述了教皇的地位及其权力，宣称：“唯有教皇一人具有任免主教的权力”；“唯有教皇一人有权制订新法律”；“一切君主应亲吻教皇的脚”，“教皇有权废黜皇帝”；“教皇有权解除人民对邪恶统治者效忠的誓约”，甚至宣布：“罗马教会从未犯过错误，也永远不会犯错误”；“凡不与罗马教会和谐的不得视为基督徒”；“教皇可以命令臣民控告他们的统治者”；“教皇永不受审判”等等。它是教皇建立世界统治的一个纲领性文件。《敕令》发表的第二年，格利哥里七世就狂妄地声称：上帝赐给圣彼得以天上人间的生杀予夺的权柄。

格列高利七世相信教会是上帝创造的，其目的是将全人类组织在一个单一的，执行上帝的欲望的社会中。因此教会高于任何人造的机构，尤其高于国家，而教皇作为教会的首领是上帝在人间的统治者，因此任何对他的不服从也是对上帝的不服从，也就是背离基督。但这个解释的结果是教会得消灭所有的国家。因此作为一个政治家格列高利七世不得不采取一个折中的手段。他承认国家作为一个统治机构的存在，他将教会与国家的同时存在解释为上帝的意愿并强调教会与帝国的统一的重要性。但他从未想到过将这两个势力作为平等的来看待。对他来说教会在国家之上是毫无疑问的和不可讨论的。　他希望所有的争论都在罗马决定，希望所有的请求都由他本人亲自决定，希望将教会的组织中央集权在罗马，这种做法当然会削弱主教们的权利，因此这些主教们不愿自动地放弃他们原有的权利而试图保持他们的自由。他的在任期间他经常与教会中的高级官员发生矛盾。

这些争论和斗争与他支持牧师的禁欲和反对贩卖教职是联在一起的。格列高利七世并非禁欲的创始人，但他比他的前任更积极地推动这个决定。他1074年下令人们可以不服从同意牧师结婚的主教的命令和不向他们交税。这些决定遭到了广泛的反对。

这位教皇用尽各种方法，使许多王国和地区服从教皇的权威。格列高利七世宣布对一些国家拥有占有权。科西嘉和撒丁岛被认为是教会所有。西班牙和匈牙利也被看做是教会的产业。他还试图让丹麦国王承认他是教会手下的一个领主。他宣称匈牙利王国是属于教廷的，声称匈牙利国王斯德望早就把它奉献给圣彼得；他支持西班牙反击入侵的阿拉伯人，声称西班牙是使徒圣保罗传过教的地方，应是教会领地；他根据伪“君士坦丁赠礼”和查理大帝的馈赠，自命为意大利统治者；他擅自在现南斯拉夫的土地上立王，代行统治；他甚至企图利用1075年基辅大公的内部矛盾，通过叛国的俄罗斯公爵使基辅罗斯成为教廷封地。

他坚持英王威廉要向教廷称臣，否则就说他进不了天堂；英格兰国王威廉一世对教皇对他的规劝他丝毫不介意。直接介入教会内部的事物、命名主教和修道院院长。格列高利七世毫无力量来对付威廉，最后他采取了闭眼不观的态度，而且还承认了威廉的一些做法来表示他对这些做法的主权。他要法王腓力一世不要干预教会事务，法国主教应由教廷任命；1074年似乎腓力也将被革除教籍和免除王位了，但格列高利七世决定不树立太多的敌人，因此没有对腓力采取任何行动。

格列高利七世与几乎所有的基督国家建立了一定的联系，但这些联系并没有完成他在其中寄托的希望。他与波兰、俄罗斯和波希米亚有信件往来。他与毛里塔尼亚的国王有友好的信件往来。他企图使亚美尼亚更加靠近罗马但没有成功。他尤其对东方感兴趣。罗马与拜占庭帝国的宗教分裂对他来说是一个大的打击。他努力试图重建过去的友好关系。他成功地与拜占庭皇帝迈克尔七世·杜卡斯保持联系。当阿拉伯进攻基督教圣地的消息传到罗马时格列高利七世考虑进行远征来恢复教会对东方的控制。但因不久陷入与法王亨利四世的冲突之中，这个企图才没有实现。

诺曼人的态度尤其使格列高利七世失望。尼古拉二世对诺曼人做的让步使得他们得以在意大利中部得手，但这一步没有能够保证他们的忠心和对教皇的保护。当格列高利七世受到亨利的迫害时诺曼人对此毫不关心。只有在当格列高利七世受到生命威胁时他们才出面干涉。

教皇权势的壮大严重地损害了皇权。已经成年了的德国皇帝亨利四世与格列高里七世矛盾便日益尖锐，他们终于在主教叙任权之争上发生激烈的西欧中世纪政教冲突。中世纪，主教具有宗教和世俗两种权力，其社会地位与帝国内公侯相当，在某些教区里，总主教和主教本身就有公侯爵位。因此，主教任命权直接影响皇帝和教皇的政治权力和经济收益，成为皇帝实行中央集权制和教皇建立世界神权统治的关键问题。皇帝不愿放弃任命主教的权力，教皇却力图把它从皇帝手中夺回来。于是，格利哥里七世和亨利四世揭开了罗马教廷与德国皇室历时200年的斗争的序幕。

此时的亨利四世才23岁，还没有多少经验。面对着萨克森的叛乱，不得不与教皇取得一致。1074年5月亨利四世不得不在纽伦堡在教皇使节面前强调他断绝触犯了教皇的人（包括他自己的朋友），但当1076年，即《教皇敕令》颁布的第二年，教皇格利哥里七世在罗马召开宗教会议，重申禁止皇帝、世俗王公贵族委任神职人员的命令，并把亨利四世的五位近臣以出卖神职论罪，开除教籍。这时，亨利已经镇压了萨克森暴乱,凭借着胜利的余威，对格利哥里七世的处罚嗤之以鼻，满不在乎，依然重用这些近臣。同年秋天，亨利率军进入意大利，打击教会改革派，并在米兰、斯波莱托和菲尔摩地区委派新主教。同时试图联合意大利南部的诺尔曼人。12月8日格列高利七世写了一封信给亨利四世责怪他背信弃义，同时他派人恐吓亨利，说他的罪过不但足以使他被革除教籍，而且足以使他丧失他的王位。但在这年的圣诞节，亨利就指派罗马贵族占奇尤斯劫持正在做弥撒的格利哥里七世。后因一批教皇的支持者包围了占奇尤斯的城堡，劫持者们才被迫释放这位教皇。格利哥里对亨利的这一行径极为恼怒，斥责这种行为是“兽行”。亨利四世也针锋相对，于1076年1月24日匆忙在沃尔姆斯召集了一次帝国大会，指控格利哥里七世雇佣凶手，企图暗杀皇帝，还以“一位不靠篡权而是奉上帝之命的国王亨利”的名义写信给“不是教皇而是假僧侣的希尔德布兰”，指责他用狡猾手段爬上教皇宝座。亨利派专人把此信送至罗马，责令教皇“立即从圣彼得的宝座上滚下来”。格利哥里七世也毫不示弱，声称要革除亨利四世的教籍，废黜其帝位。

此时，日耳曼境内的克吕尼派大肆活动，反对亨利；原来被亨利镇压下去的萨克森人也再次暴乱；德国反亨利的贵族们也推波助澜，他们在1076年10月召开会议，限定亨利四世在一年内向教皇伏罪，求得宽恕后皇位才可保住。对亨利来说别无他路可以选择。亨利首先派了一个使者去见教皇要求恢复他的教籍，但格列高利拒绝了他的请求。因此他决定亲自去意大利。格列高利此时正在去曼图亚的路上，虽然他上路前德国贵族答应保护他，但他们的保护军却没有来。亨利在他去意大利的路上经过勃艮第，他在那里受到巨大的欢迎，但他还是决定采取慊悔的方式来获得他的教籍。1077年1月，亨利四世冒着严寒，带着全家赶到教皇所在的意大利马第尔达伯爵夫人的卡诺莎城堡。他与妻儿一道蓬头赤足，身着忏罪服，立于城堡第二层院子屋前的冰雪中，等了三天三夜，1月28日，在马第尔达伯爵夫人以及克吕尼修道院院长的求情下，教皇格列高里七世这位出身低微的手工匠的儿子直到让亨利四世受尽了精神上的侮辱后才恩赐给这位忏悔者一个赦罪的吻。

一位皇帝向教皇请罪，这在中世纪史上是前所未有的,但它又不是偶然的现象，首先是教会势力发展的必然结果。几个世纪以来，封建统治者为了利用基督教把大量土地拨赠给教会。教会本身又通过种种手段迫使小农、小土地所有者破产，不断取得新土地。因此教会领地越来越大，到了十一世纪，总数已占西欧耕地面积的三分之一。教会成为经济力量十分雄厚的封建主。其次，通过克吕尼改革，提倡僧侣独身，禁止圣职买卖，教会在信徒中，一方面逐步恢复了“贞洁”的声誉和神圣的形象，另一方面由于反对僧侣结婚，避免了把教会的土地转移到世俗人士手中，杜绝了教会财产分散。再次，十一世纪正是封建领主的势力继续增长的时候，他们为了自身的利益常常支持教皇，反对中央集权的皇帝。正是在这种背景下，格利哥里七世在同皇权的斗争中才首次告捷。

亨利四世自卡诺莎返回德国后，德意志地区反对亨利的势力并不以此罢休，仍宣布废黜亨利，另立鲁道夫为皇帝，德国陷入三年内战之中。格利哥里七世以调停为名，等待时机。1080年1月，鲁道夫在一次战役中击败亨利，格利哥里以为德国政局已定，便再次废黜亨利，加封鲁道夫为神圣罗马帝国皇帝。这使亨利及其支持者大为恼火。1080年6月，拥护亨利的势力在意大利布列克森举行会议，宣布废黜格利哥里七世，另立拉温那大主教吉伯特为教皇，取名克莱门特三世。

1080年10月，鲁道夫在埃尔斯特战役中阵亡,形势急转直下。1081年春，亨利率军越过阿尔卑斯山，围困罗马城。1084年3月21日，罗马城被攻破，格利哥里不得不逃到罗马城西北角梵蒂冈天神堡避难。10天后，克莱门特三世在圣彼得大教堂正式加冕就位，并又把亨利四世加冕为皇帝。第二年，与格利哥里七世结盟的意大利南部的诺曼人向罗马进军，救出了这位教皇，但因诺曼人在罗马城内进行了大肆抢劫，放火烧毁了1/3的城池，使格利哥里大失人心。因此在诺曼人撤走时，他不得不随之南下。不久，便死于萨莱诺城（1085年5月25日）。

格利哥里七世生前曾显赫一时，但最后却逃难死于异乡。他的遭遇既标志着罗马教皇权势虽开始走向顶峰，还没有足以强大到能战胜世俗君权的程度。但在开创克吕尼改革运动中，他是一个有作为的教皇。