1938年8月22日，代号为Kreuzer J的重巡洋舰在基尔下水，并正式命名为“欧根亲王”号。前奥匈帝国海军上将、匈牙利摄政霍尔蒂的妻子玛格达·冯·霍尔蒂参加了下水和命名仪式，并为这艘重巡洋舰打碎了酒瓶。

1940年7月2日，欧根亲王号重巡洋舰在基尔船厂遭到英国皇家空军的飞机轰炸，两枚炸弹击中军舰造成轻微损伤。

1941年4月，欧根亲王号重巡洋舰船体完成试航，进行了系统调试和测试。

1941年8月22日，欧根亲王号重巡洋舰全面竣工、正式服役，加入了德国海军。

欧根亲王号重型巡洋舰设计要兼顾三个方面：火力能与法国海军的“阿尔及尔”号重型巡洋舰匹敌，航速比法国海军的“敦克尔刻”级战列巡洋舰快，续航力能满足大西洋作战的要求。在决定设计重型巡洋舰后，德国海军在主炮选择上最初考虑了两种方案，一是采用12门150毫米主炮，二是装备8门203.2毫米主炮。但海军司令雷德尔海军上将很快就倾向于采用大口径的主炮，而作为折中提出的采用190毫米主炮的方案未能获得通过。因为装备203.2毫米主炮需要增大舰体尺度，所以原设计很快进行了大幅度的修改。虽然主要指标仍然停留在条约型重型巡洋舰的框架内，但已超过国外同型舰的要求标准。在推进动力装置方面存在着多种选择，由于德国在柴油机技术及高压蒸汽锅炉的发展上有优势，因此这两种推进动力方案都提到讨论桌上。德国最终决定采用203.2毫米主炮以及高压蒸汽涡轮机，最初设计的10700吨排水量在重量上分配2140吨用于装甲防护、1980吨用于机械动力，舷装甲厚度达85毫米。

舰型

欧根亲王号重型巡洋舰为高干舷平甲板型舰。该舰服役时，德国海军意识到沙恩霍斯特级战列巡洋舰与该级舰采用的直平舰艏在恶劣海况时上浪严重，影响航行性能。为此，在服役不久就开始改装为大西洋舰艏，也称为飞剪型舰艏。事实证明，这种舰艏比较适于北海和大西洋环境，这也成了德国大型战舰的外观标志。该舰建造时，由于焊接技术已有很大发展，因此德国人大量采用了焊接方法建造。焊接比铆接节省了不少舰体重量，而且有利于采用高强度钢，提高了整舰的防护强度。

装甲防护

欧根亲王号重型巡洋舰的装甲配置为：中部水线80毫米，舰尾水线70毫米，舰首水线40毫米；双层装甲甲板，上装甲甲板25~30毫米，主装甲甲板30~80毫米（布置在第三甲板位置，与主舷侧装甲一同重叠在弹道上）炮塔正面165毫米，顶部70毫米、侧面70毫米、背面150毫米，炮座150毫米；指挥塔150毫米双层防雷装甲，每层20毫米。

欧根亲王号重型巡洋舰是在特别强调军舰速度的情况下设计的，因此，对推进装置的功率要求很大。最初的方案是采用柴油机，因为柴油机耗油低、续航力大。但是，柴油机动力却很难获得30节以上的高航速，而且在舰上占有的空间太大。最后，根据前两艘大型战舰的建造级使用经验，德国人最终决定采用高压、高温蒸汽轮机。每舰安装3台蒸汽轮机，12台锅炉。锅炉效率较高，最大功率达到137500马力，航速达到32.2节。为了保持高航速，该舰使用了蒸汽轮机而没有采用柴油机，因而航程短的问题就成为该级舰最大的弱点。尽管它们成功地对同盟国的运输线进行了攻击，但燃油不足却始终是困忧德国海军的一个问题，该舰在战争期间还将部分压水舱改为燃油舱。同时，德国海军使用的高压蒸汽轮机装置的性能也不稳定，经常出现机构故障。尽管如此，其的高航速仍对盟军构成了极大威胁。

主炮

欧根亲王号重型巡洋舰在舰艏、舰艉各有两座双联装主炮塔，炮塔全重250~260吨，炮身俯仰速度为8度/秒，炮塔的回旋速度为6度/秒呈背负式设计，共装有八门SKC/34（L60）型203.2毫米主炮，备弹量960至1280发，炮身全长12.5米、连同炮座部分共重20.7吨，最大射程33.5千米、弹重122千克。根据弹种的不同，弹长为800~900毫米，可发射穿甲弹和榴弹，使用分装式弹药，主装弹药一般为48千克，可另加装20千克的增程装药量，初速920米/秒（穿甲弹）。在舰桥和后主桅后有两座供主炮用的大型测距仪。德国海军还在该级舰装备了试用型舰载雷达提供有限的对海搜索能力。1941年在与英国舰队战列舰对射时，显示了该炮的巨大威力。德国还将订货但取消建造计划的后两艘舰的主炮转给岸防铁道炮兵使用，称为203.2毫米K（E）型列车炮，配备在法国西北部，该炮的其他性能与舰炮相同，但仰角提升为47度，最大射程提高至36.4千米。

高炮

欧根亲王号除了标准的203.2毫米主炮之外，还装备了重型防空武器，在两舷各有三座双装105毫米高炮。这是德国海军巡洋舰以上大型军舰上使用的标准中型高炮，型号SKC/32（L60）型105毫米双联高炮。该炮有一个复杂的高仰角火控系统，半自动闭锁，使用整装式弹药，全弹重27.35千克（弹头重15.1千克），初速900米/秒，最大射程17.7千米，仰角85度、俯角8度，射速15发/分，对中近距离目标相当有效，但不能提供远程防护。这是第二次世界大战中最优秀的中型舰载高炮之一。战后苏联海军斯维尔德诺夫级巡洋舰上装备的SM.5型100毫米L/70平高两用炮就是从该炮发展而来的。

在轻型防空炮方面，该舰比国外的同类舰只要强，因为装有大量半自动37毫米双联以及20毫米高炮。轻型防空武器德国人从一开始就采用了博福斯设计（只是以37毫米口径取代40毫米口径）和20毫米高炮，这比同盟国使用的时间要早得多。该级舰建成时装备八座SK C30/（L83）型双联37毫米高炮用于近程防护。弹重745克，初速1000米/秒，俯仰角-10度~80度、有效射高2000米、最大射程6750米，射速30~40发/分。该级舰还大量装备了单管、双联和四联装的20毫米轻型高炮，该炮为64倍口径、弹重0.132千克、初速900米/秒、射程4800米、仰角90度。至于20毫米轻型高炮的数量，由于战时的战况变化而在战争时期不断增加，达到28~32门。

鱼雷

欧根亲王号在两舷舯部前后装有四座三联装533毫米鱼雷发射管，使用G7a蒸汽动力鱼雷，备雷10枚（后三舰备雷12枚）。

水上飞机

欧根亲王号舰舯部烟囱和后主桅之间设有航空设备，包括一座弹射器和一个机库，舷侧有两个用于起吊飞机的起重机，后三舰有两个机库，备有Ar-196水上飞机三架，用以侦察、校射和联络。

1941年5月，与俾斯麦号战列舰参加著名的丹麦海峡海战，协助俾斯麦号战列舰击沉英国皇家海军胡德号战列巡洋舰，击伤威尔士亲王号战列舰。

1941年5月31日，返回布列斯特整修。

1942年2月11日，参加“瑟布鲁斯-雷霆”行动。

1942年3月，被英国潜艇击伤，进入挪威的峡湾修理。

1942年5月16日，返回基尔港，行动代号为“魔笛”。

1943年1月，再次前往挪威失败。

1944年6月，与吕佐夫（德意志）号袖珍战列舰和第六驱逐舰队组成第二特遣舰队，前往支援波罗的海沿岸德国陆军的作战。6月19日，和两艘鱼雷艇一道前往芬兰湾，支援芬兰前线的防御，于27日返回格丁尼亚。

1944年8月19日，突入里加湾参战；10月15日撤往格丁尼亚。

1944年11月20日，支援困守瑟尔韦半岛（位于萨列马岛南端）的德军战线。

1944年12月，进厂改装（加装28门40毫米和20毫米高炮）。

1945年5月7日，在哥本哈根投降，后被转入美国海军服役。

1946年7月1日，被美国海军用作马绍尔群岛比基尼岛原子弹试验的靶舰；7月25日参加第二次原子弹试验。

1946年8月29日，该舰退役。

1946年12月22日，沉没于夸贾林环礁埃努布吉礁附近。

欧根亲王号重巡洋舰与该级前两艘相比，作了一些改进，包括舰体延长4.5米、舰首改为飞剪式、增加两座对空射击指挥仪、改变烟囱罩的外形等。这些改进使该舰的船台周期比它的前两艘姐妹舰多了半年，建造时间也延长了半年。

欧根亲王号重巡洋舰在基尔附近训练和试航，随后欧根亲王号被派往基本在德国控制下的波罗的海执行巡逻任务（这里没有英国轰炸机的骚扰，可以同时作进一步的训练）。不断的训练和试航提高了战舰的作战水平。1941年4月，欧根亲王号受命从波罗的海返回基尔，准备和俾斯麦号战列舰一起执行“莱因演习”行动，袭击盟国的大西洋运输线。

1941年4月22日，欧根亲王号从基尔出发，前往格丁尼亚与俾斯麦号会合，第二天它就撞上了一颗磁性水雷，虽然对舰体没有造成太大损害，但主炮射击指挥仪的光学部分和测距仪都被震坏，不得不折返基尔修理。“莱茵演习”行动也只能随之推迟。

由于损坏并不严重，10天之后欧根亲王号再次出航到达格丁尼亚，与俾斯麦号战列舰会合。

1941年5月5日，希特勒亲自来到这里，视察即将执行第一次作战任务的两艘战舰。5月18日，两舰拔锚启航，缓缓驶出港口。两舰出航的当天，英国皇家海军派出的重巡洋舰萨福克号开始在丹麦海峡的巡逻，它的姊妹舰诺福克号随后也加入了巡逻的行列。

1941年5月20日，从格丁尼亚出航两天以后，德国战舰编队在扫雷艇和驱逐舰的护卫下航行在这条波罗的海和北海之间的必经之路上。编队司令根特尔·吕特晏斯海军中将指望能悄悄通过这条危险的海峡，但他的计划在这一天落空了。下午一时，瑞典的巡逻飞机从编队上空飞过，正在巡逻的瑞典布雷巡洋舰哥特兰号军舰从德国军舰附近驶过，确认德国军舰。瑞典情报官员很快把这一情报通报给英国大使馆，几小时后英国海军就已经知道，两艘战斗力强大的德国军舰已进入北海。本土舰队司令约翰·托维上将命令舰队准备出击，同时密切关注德国军舰的动向。

从遭遇瑞典军舰开始，德国舰队开始以“之”字线航行，以防遭到英国潜艇的攻击。第二天清晨（5月21日）6时45分，就在离卑尔根不远的地方，海军司令部给吕特晏斯发来一份破译的英军无线电报，这是一份英国空军通信站在前一天下午6时8分发给所有巡逻飞机的命令：注意，两艘德国战列舰和三艘驱逐舰正朝北航行。

吕特晏斯决定在挪威的峡湾中休整一段时间，以躲避英国人的侦察。这天上午7时9分，德国舰队驶进卑尔根以南的科尔斯峡湾，其中俾斯麦号停泊于其中的格里姆斯塔湾，欧根亲王号和驱逐舰Z10号、Z16号和Z23号停泊于卡尔瓦尼斯湾。中午，旗舰俾斯麦号给欧根亲王号用旗语发来21日至22日的行动指示：

1、任务：今晚继续向北进发。

2、20时，俾斯麦号和欧根亲王号从卡尔瓦尼斯湾南口出航。

3、警戒：22时起，全舰对空火炮保持战时警戒；23时起，副炮也进入战时警戒；主炮于明晨根据情况决定是否进入战时警戒。

4、航行途中，全舰于22时前保持2级战备，之后进入1级战备；22时前，蒸汽烧满，保持20节航速，之后加速至27节。

接到命令后，欧根亲王号在峡湾内下锚，开始加油，同时舰员忙于在军舰舷外涂上更适合北大西洋的灰色迷彩。英国侦察机从25000英尺的高空飞过，照相机拍到了这两艘大舰。托维上将从侦察机和间谍的情报判定，停在科尔斯峡湾的就是俾斯麦号和欧根亲王号，并初步推断他们可能准备从丹麦海峡或法罗群岛两侧溜进大西洋。

夜晚，德国军舰陆续起航。第6驱逐舰中队在前，俾斯麦号和欧根亲王号保持2级战备，以20节航速跟随出发。22时17分，欧根亲王号驶出峡湾，进入外海，编队走“之”字反潜航线，航向290度。23时48分，编队改走直线，航向正北（0度）。

在德国战舰出航的时候，英国人也出动了。托维上将把他的兵力分为两个编队：一个以战列舰威尔士亲王号、胡德号战列巡洋舰为核心，由霍兰中将指挥，旗舰胡德号；另一个以战列舰乔治五世号、战列巡洋舰反击号为核心，托维亲自坐镇旗舰乔治五世号。同时，霍兰中将的分舰队驶出斯卡帕湾，准备前往冰岛加油，然后在冰岛—格陵兰岛和冰岛—法罗群岛之间巡逻。托维的分舰队则在斯卡帕湾待机。

5月22日，多云，北海北部刮着4级西南风。英国侦察机顶风起飞，前往科尔斯峡湾监视敌人动静。7时45分，侦察机发送消息：峡湾空了。德国人显然借着夜色的掩护偷偷离开了锚泊地，整个皇家海军和皇家空军立即忙乱起来，大批侦察机被派往挪威和北海北部，力图找到德国战舰的去向。

英国人的情报送到吕特晏斯的手上是10时53分，这时护航的驱逐舰分队已经返航，俾斯麦号和欧根亲王号早已驶过特隆赫姆所在的纬度。看到情报，吕特晏斯认为已成功地使德国军舰在没被发觉的情况下踏上了征途。正午时分，德舰编队驶达方位北纬65度53分、东经3度38分，航向转为324度（西北偏北），向丹麦海峡进发，吕特晏斯向欧根亲王号重巡洋舰发来下一步行动指示：

1、任务：12时起开始穿越坐标AF 1675，1155，AE 3313，2257区域（即丹麦海峡水域）。如果当前的好天气变糟则进入“白色区域”。

2、全舰戒备，随时准备战斗。如果天气变坏将另行发布命令。

3、二级战备巡航，航速增至24节。从5月23日4：00时起，进入一级战备巡航，航速增加到27节。

4、明天13:00时，所有钟表时间向后拨一小时。（由于跨越了一个时区）

德国战舰继续前行。德国海军北方集群13时12分发来的电报更加增加了编队的乐观情绪：由于天气原因，对斯卡帕湾的照相侦察无法进行，但根据侦察机的目视观察，斯卡帕湾内至少有四艘大型舰只。看起来，英国人根本没有发现德舰的行动。

在斯卡帕湾，经过了一天后，英国人仍然没能确定德国军舰的去向，托维决定作两手准备。他一方面命令霍兰中将的分舰队在冰岛西面和西南方向巡逻，一方面率领自己的分舰队出海，准备在法罗群岛至冰岛之间拦截敌舰队。22时45分，乔治五世号战列舰、胜利号航空母舰以及四艘巡洋舰、六艘驱逐舰组成的庞大编队离开斯卡帕湾；第二天7时10分，战列巡洋舰反击号率领三艘驱逐舰从克莱德湾赶来，与托维在外赫布里底群岛附近会合。

两艘德国战舰编队仍然保持着24节的航速，挪威海低垂的夜幕和漫天乌云隐蔽了战舰的行踪，也给编队航行带来了不少麻烦。欧根亲王号几乎完全看不见前面俾斯麦号，只能跟着旗舰的尾迹航行，两舰隔一段时间就用闪光灯和小探照灯互相联络一次，以确认彼此的位置。对德国人来说，这样的天气正适合突破英国海军的防守。欧根亲王号的随舰气象员预测这种天气将一直持续到他们航行至格陵兰岛南端。23时09分，北方集群给吕特晏斯又发来一份电报，在通报了丹麦海峡的军情：5月18日在普利茅斯发现一艘战列舰、四艘重巡洋舰，德军北方集群据此认为英国人没有发现德国海军的行动。吕特晏斯率领编队转至266度航向，进入丹麦海峡。

决定性的5月23日很快来到。欧根亲王号紧跟俾斯麦号，全舰保持战斗准备，沿着丹麦海峡的浮冰线小心翼翼前行。18时11分，欧根亲王号发出警报：右舷发现不明船只！德国舰队如临大敌，炮口全部指向该方向。10分钟后警报解除：一座冰山让人虚惊了一场。但1小时后，真正的敌人来了。俾斯麦号发现340度方向有船只阴影，距离大约7海里，那条船很快就躲进远处的薄雾之中，看起来很像一艘辅助巡洋舰。俾斯麦号向那艘可疑的军舰进行了5次齐射，但无一击中。跟在后面的欧根亲王号倒是从那艘船巨大的上层建筑和三个烟囱上判断出，他们的对手是一艘重巡洋舰。布林克曼是对的，那就是在丹麦海峡巡逻了三天的皇家海军重巡洋舰胡德号。

5月24日5时53分，丹麦海峡之战打响。此战中，欧根亲王号共发射179发203毫米炮弹和56发105毫米炮弹，而自己毫发无伤。在胡德号被击沉之前，欧根亲王号至少命中胡德号一发炮弹；随后又命中威尔士亲王号四发203毫米炮弹（其中3发未爆），105毫米炮弹则无一命中。

由于俾斯麦号在炮战中受伤，无法继续执行任务，吕特晏斯决定让欧根亲王号单独前往大西洋袭击同盟国运输线，自己则率俾斯麦号返回法国港口修理。

5月24日14时20分，吕特晏斯给布林克曼发来命令：利用暴雨掩护，俾斯麦号将转向西方航行，欧根亲王号则保持目前的航向和航速，除非遭遇敌人，否则航行3小时后寻找油船贝尔辛号或洛特林根号加油。之后独立执行巡逻破交任务。执行任务的命令是“胡德”。

15时40分，俾斯麦号发来命令：“胡德”。随后转向右舷，消失在欧根亲王号上水兵们的视野之外。

欧根亲王号从困守布列斯特到海峡突破与俾斯麦号分开后，独自向南，一开始还能在遥远的水平线上看见追踪的英国军舰身影，间或有一两架不明身份的飞机掠过。但是从24日19时37分开始，英国皇家海军的情况报告里面再也没有提到欧根亲王号，约翰牛的注意力全部被俾斯麦号这个巨大而美味的猎物吸引过去了。

布林克曼上校的军舰形单影只地在北大西洋巡游。26日清晨，欧根亲王号终于找到德国海军西部集群的油船斯比舍恩号（Spichern），这时欧根亲王号的油舱只剩250吨燃油。加满油后，欧根亲王号取西南航向，驶向大西洋中部。

但从26日至29日，在北大西洋广阔海域里巡航的欧根亲王号居然一艘敌人船只都没有碰到过。当其他大型水面舰只因种种原因无法攻击盟军海上运输线时，德国海军最有战斗力的战舰之一居然无所作为。5月29日，欧根亲王号发动机出现问题，于5月31日返回布列斯特。

希特勒对俾斯麦号被击沉的结局大为不满，而海军大型水面舰只的不佳表现更加令他光火，他干脆命令雷德尔不要再往大西洋上派出任何大型舰只。于是，当大西洋上潜艇战进行得如火如荼的时候，汇集在布列斯特的欧根亲王号重巡洋舰、沙恩霍斯特号战列巡洋舰和格奈森瑙号战列巡洋舰只能停在港口。雷德尔希望这三艘大舰的存在能够牵制英国舰队的一部分力量，减轻潜艇部队的一些压力。

整个1941年剩下的时光里，除了定期光顾的英国轰炸机，德国战舰无所作为。欧根亲王号于7月2日被英国飞机炸弹击中，被移至干船坞维修一直待到12月15日。

由于希特勒“直觉”判断盟军将在挪威发动进攻，于是海军得到命令：把布列斯特港的三艘大舰调往挪威。在路线选择上，希特勒亲自确定了穿越英吉利的海峡的方案。

1942年2月11日，“瑟布鲁斯-雷霆”行动开始执行。该行动是执行希特勒命令的第一步：首先把三艘军舰调回德国本土。该方案由海军代号“瑟布鲁斯”的海峡突破行动和空军代号“雷霆”的掩护行动组成。这一大胆的而又出人意料的方案同样也出乎英国人的意料，皇家海军和空军事先对这一方案一无所知，行动过程中也几乎没对德国舰队造成什么危害。

欧根亲王号试航完成后仅4天就参加了这次行动，该舰排在旗舰沙恩霍斯特号和格奈森瑙号之后组成主编队，6艘驱逐舰和14艘鱼雷艇侧翼掩护，整个舰队由海军中将奥托·西里亚克斯指挥。负责空中掩护的是在德国空军战斗机总监阿道夫·加兰德指挥下的250架战斗机。

德国战舰在2月11日23时45分出发，到天亮的时候已经绕过科唐坦半岛的阿格角，进入英吉利海峡。这一天海峡上空云层低垂、大风不断，阻碍了皇家海军和空军的侦察。10时14分，德国舰队驶过塞纳河口，接近多佛尔海峡，海峡对岸仍然毫无动静。

对德国人来说，第一次考验来自10时42分的一架英国轰炸机，这架“博福特”式飞机从舰队上空掠过，进行了一次失败的投弹攻击，并向基地报告了自己的发现。但英军基地根本不相信这份报告，给了德国人更多的时间。直到11时20分接到另一架飞机的报告，才让英国人猛醒：德国舰队已经在近前。

而德舰队已驶入多佛尔海峡雷区，是德国舰队最危险的时候：由于在雷区中无法机动，如果遭到攻击，将处于非常被动的状态。但英国人的攻击来得太迟，12时，德国舰队驶出雷区20分钟后遭到第一次攻击，5艘英国鱼雷艇在烟雾掩护下冲向对手，但却无一能突破驱逐舰和鱼雷艇的屏障；12时18分，多佛尔炮台的岸炮也开火了，却只能在离德舰很远的地方制造一些巨大的水柱；13时25分，6架“剑鱼”式鱼雷机试图攻击德舰，但全军覆没，无一成功（领队的E·埃斯蒙德少校后来被追授维多利亚十字勋章）；此后几个小时内，皇家空军出动了多达550架次的轰炸机，但在德国海空军的凶猛火力面前没有战果；16时43分，一个英国驱逐舰中队（包括5艘驱逐舰）在鹿特丹外海再次试图攻击德舰，但德国舰队凶猛的火力驱散了它们，欧根亲王号的203毫米主炮和105毫米副炮击中了敌方的沃斯特号，该舰起火，但仍凭借自己的动力挣扎返回母港，英国驱逐舰仓促间施放的鱼雷则全部失的。

激烈的海空战一直持续到18时天完全黑下来，德国舰队趁着夜色加速航行，终于在午夜时分进入德国海域。眼看这次“海峡突破”就要获得圆满成功，沙恩霍斯特号和格奈森瑙号却在下午和晚上先后触雷，后来不得不进坞修理。而欧根亲王号舰却是毫发无伤，甚至连一颗炮弹也没挨。之后它又吃过各种鱼雷、炸弹和炮弹，但就是不沉。

1942年2月13日8时，德国舰队抵达易北河口。

“海峡突破”获得成功还只完成了希特勒命令的一半，接下来德国海军水面舰队的主力将前往挪威，在那里迎击希特勒“直觉”中的盟军进攻。

由于沙恩霍斯特号和格奈森瑙号都触雷受伤，需要进坞维修。奥托·西里亚克斯中将把自己的旗舰搬到欧根亲王号上，继续指挥向挪威的转移，舍尔海军上将号袖珍战列舰加入了转移的行列。为掩护转移，德国人进行了一系列欺敌行动。2月21日12时10分，两舰在5艘驱逐舰的掩护下驶离威廉港，向北进发。

德军的欺敌措施见效，加上2月份北海风雪交加天气的掩护，德国舰队“消失”在英军的视野里。直到22日下午，英国侦察机才重新找到德舰，但随后的攻击同样毫无成果。

23日7时，当目的地特隆赫姆已经在望的时候，欧根亲王号重巡洋舰受到四艘埋伏在特隆赫姆外海的英国潜艇的攻击，其中的三叉戟号向欧根亲王号来了一次鱼雷齐射，一条鱼雷击中舰尾。巨大的震动把12台锅炉的安全阀全部震开，舰尾几乎折断，垂入水中，方向舵也被卡死在左舷10度的位置，幸运的是轮机和螺旋桨没有受伤。

1942年3月，被英国潜艇击伤的欧根亲王号进入挪威的峡湾。

西里亚克斯中将在两周内第四次转移旗舰，早已在特隆赫姆恭候的提尔比茨号战列舰成为新的旗舰。欧根亲王号展开紧急抢修，驱逐舰则在周围提防英国潜艇新的攻击。2小时后，欧根亲王号终于能再次航行，布林克曼上校施展了出色的控制能力，通过调整两侧螺旋桨的转速保持航向，欧根亲王号歪歪扭扭地驶入特隆赫姆。

在港口里检查发现，欧根亲王号受到两处重要损伤：舰尾受损下垂，舵被卡死。此外，舷侧和舰底的部分装甲也有不同程度的损坏。战舰的紧急修理一直持续到5月初。

5月初，欧根亲王号开始准备试航。第一次试航就表现出战舰的一些问题：航速降低了不少，操纵性能也有下降，转弯半径是原来的两倍，而且在航速低于18节时，舰体会侧向一边。这次试航中还进行了人力操舵试验，20名水兵拼尽全力推动绞盘，使军舰转向。试验表明，即使用人力操舵，军舰也可以保持28节的航速。

5月17日，危机来临，英军发现了正在斯卡格拉克海峡航行的德国战舰，24架轰炸机攻击了这支小小的编队，随后又来了27架鱼雷攻击机。德国水兵疯狂对空射击，但英国飞机仍努力投下炸弹和鱼雷，海面上顿时布满了冲天的水柱和无处不在的鱼雷尾迹。欧根亲王号重巡洋舰靠着不断的转舵和躲闪，使炸弹和鱼雷居然无一命中，据统计，它至少躲过了12条鱼雷和更多数量的炸弹。在空军战斗机的帮助下，欧根亲王号的小编队躲过这一劫，于18日傍晚安然抵达基尔港。

1942年5月到10月，欧根亲王号再次上了干船坞维修。10月20日，欧根亲王号修理完毕，在11天前上任的新舰长汉斯·埃里希·沃上校的指挥下开往波罗的海，并在那里试航到12月。

1943年1月，该舰再次得到前往挪威的命令，同行的是沙恩霍斯特号战列巡洋舰。9日，两舰在三艘驱逐舰护卫下离开格丁尼亚，试图再次穿越卡特加特海峡和斯卡格拉克海峡，前往挪威北部的纳尔维克。英国飞机于11日发现德国人的企图，并派出潜艇、巡洋舰和驱逐舰在挪威海严阵以待，德舰被迫返航。

1943年1月，海军总司令雷德尔海军元帅提出辞职，接替他的是卡尔·邓尼茨。欧根亲王号迎来了其第三位舰长：韦尔纳·艾尔哈特海军上校。

前往挪威的尝试失败后，欧根亲王号转而在波罗的海从事训练任务。在邓尼茨对水面舰队的调整中，欧根亲王号被编入训练舰队，并担任旗舰，直到战争结束。

1943年至1944年上半年，欧根亲王号都在波罗的海执行训练任务。其间可以称得上重大的事件只有两件：1943年秋天测试新的武器装备；1944年1月6日迎来了新一任舰长，也是最后一任德国舰长汉斯·约尔根·莱尼克海军上校。

1944年6月，随着德军在苏德战场节节失利。于是，隶属于训练舰队的欧根亲王号重巡洋舰、吕佐夫号袖珍战列舰和第六驱逐舰队被抽调出来，组成第二特遣舰队，由海军中将提尔指挥，负责支援波罗的海沿岸德国陆军的作战。

6月19日，欧根亲王号和两艘鱼雷艇一道前往芬兰湾，支援芬兰前线的防御，同时也对芬兰施加压力，确保它不会因为苏军的强大攻势而退出轴心国集团。但由于一直没有合适的参战机会，德舰一炮未发，又于27日返回格丁尼亚。

8月19日，欧根亲王号沉寂了2年多的主炮终于又一次打响。该舰突入里加湾，在此后两天里炮击海湾南岸的图库姆镇，协助“北方”集团军群恢复了一度被苏军攻势切断的与后方的陆上联系。

战事发展，欧根亲王号不断地出现在波罗的海北部和东部的各个地方：9月13日，由于芬兰退出轴心国集团，掩护陆军在芬兰湾内的霍格岛登陆；9月20日，与第二特遣舰队其他各舰一起前往奥兰海，保证六艘运载“拉普兰”集团军重装备的货船撤出波的尼亚湾；随后直至25日，又掩护油船和货船从芬兰与爱沙尼亚撤回德国。

10月，苏联红军向梅梅尔（今克莱佩达）附近发动猛烈进攻，试图截断库尔兰半岛德军的后路。欧根亲王号奉命前往支援左右支拙的陆军，保住位于库尔兰的“北方”集团军群的最后一条陆上通道。从10日至15日，欧根亲王号和吕佐夫号以及三艘驱逐舰、四艘鱼雷艇用舰炮猛轰已冲到梅梅尔附近的苏军，德国军舰在这几天里发射了自服役以来最多的炮弹：11日和12日，欧根亲王号共发射633发炮弹；其后两天的数字是14日246发、15日368发。然而德国海军近乎疯狂的炮火支援并没能挽救失败的命运，库尔兰半岛的德军最终不得不接受被切断与本土陆上联系的现实。

10月15日，“提尔特遣队”撤往格丁尼亚。弥漫在海上的大雾影响了军舰的视线，欧根亲王号的舰首撞进进了莱比锡号轻巡洋舰的舰体中部，几乎把对方截成两半。两艘军舰就这么卡在一起飘浮在波罗的海的水面上，损管人员紧急出动，14个小时后才成功地把它们分开，幸运的是在此期间始终没有遭到敌人的攻击。

11月下旬，困守瑟尔韦半岛（位于萨列马岛南端）的德军战线吃紧，“提尔特遣队”再次奉命救火。20至21日，离开船厂还不到半个月的欧根亲王号带领三艘驱逐舰和四艘鱼雷艇又一次满负荷使用了他们的主炮，两天之内，欧根亲王号发射了514发203毫米炮弹。但这几百发炮弹却无法阻止失败的命运，23日，苏军攻克瑟尔韦半岛。

由于德国空军被迅速削弱，已经无力为陆军和海军提供空中掩护，德国军舰不得不面临严峻的空中威胁。趁着12月份波罗的海沿岸战场的平静，欧根亲王号进厂改装，加装28门40毫米和20毫米高炮，大大增强了防空能力。

由于纳粹德国战败投降，欧根亲王号重巡洋舰在丹麦被扣留。

1945年5月7日，欧根亲王号与在哥本哈根的其他德国舰只一起向英军投降。第二天，德国正式投降，英军也于当天接管了这些德国军舰。

5月27日，欧根亲王号接到命令，其和纽伦堡号一起，在英国防空巡洋舰狄多号和重巡洋舰德文郡号的护送下移泊威廉港。

半年之后，根据战胜国对缴获的轴心国舰艇抽签分割的结果，欧根亲王号重巡洋舰成为美国海军的财产，并于12月13日驶往威瑟蒙德。美国海军接手该舰后，按惯例将其划分为“未定名的辅助舰”（IX编号系列），重新将其编号为为IX-300，正式的舰名是USS Prinz Eugen（美国海军欧根亲王号）。

美国海军上校亚瑟·哈里森·格劳巴特成为欧根亲王号最后一任舰长。

1946年1月13日，美国海军的欧根亲王号在德美混合舰员操纵下从威瑟蒙德起航，9天之后抵达目的地——美国波士顿港。该舰的最终命运被媒体揭晓：做为在太平洋进行的新式武器——原子弹实验的靶舰。

随后，欧根亲王号被送到费城，在那里为最后试验做准备。

1946年3月，欧根亲王号起程驶往其最后的归宿——马绍尔群岛的比基尼环礁。在巴拿马的巴尔博亚附近海域，美国海军对其声纳系统（和雷达系统不一样，美国人对该舰的声纳系统一直兴趣浓厚）进行了测试。扮演攻击方的美国潜艇一共发射了34枚练习鱼雷，全部被欧根亲王号的声纳系统所发现，并被准确定位。

1946年7月1日，欧根亲王号在比基尼环礁的靶场准备就绪。早上7时，A实验（原子弹空爆实验）开始。9时，一架B-29向靶舰舰队投下一枚原子弹，原子弹在水面上518英尺引爆，一些效应船沉没，但距爆心仅1194码的欧根亲王号却只受了点轻伤，依然在水面上飘荡。

7月25日，欧根亲王号又参加了第二次试验：B实验（原子弹水中爆炸实验）。上午8时35分，这枚原子弹在水中90英尺深处爆炸，大量效应船只沉没，但距爆心仅1990码的欧根亲王号仍然浮在水面上，甚至从外表上看不出来有什么明显的损坏。

9月初欧根亲王号被拖往夸贾林环礁。基本完好但沾染了核辐射的退役战舰锚泊在夸贾林环礁附近。3个多月后的12月21日，欧根亲王号因风暴损坏了舰尾，并严重进水，侧倾达35度。第二天，在被拖往夸贾林环礁埃努布吉礁的途中，欧根亲王号倾覆在一片珊瑚礁中，地点是东经167度41分，北纬8度44分。

1978年，美国终于允许人们对欧根亲王号舰做一次搜寻，人们从该舰残骸上打捞起12吨重的左侧螺旋桨，并陈列在基尔港作为德国海军的纪念。

欧根亲王号重巡洋舰在当时的世界各国同级别舰艇中，处于较为先进的水平。该舰的火力、装甲和航速都是比较出色的，特别是其主炮口径和数量在同级别的战列舰中较为突出，并且还配备了雷达和火控系统，使其在战斗中具备了一定的作战优势。

同时欧根亲王号也存在一些问题，其燃料搭载量较少，限制了其续航能力；装甲布局存在一些缺陷等。

综合而言，欧根亲王号重巡洋舰在战争期间，由于多种原因导致其作战表现并不出色。（《国际展望》《舰船知识》评）