武夷山站建于1997年。原线路为横南铁路（浙赣线横峰站——外福线南平南站）。在中国铁路第六次大提速过程中，铁道部决定将部分铁路老线进行更名，并于2006年12月31日18时起实行统一贯通里程，横南铁路、外福铁路福州-南平南段正式更名为峰福铁路，原外福铁路南平南-外洋段改称外南铁路。

武夷山站建成后，属上海铁路局福州铁路分局管辖。2004年5月，福州铁路分局整建制划入南昌铁路局，改属南昌铁路局福州铁路分局管辖，2005年全路裁撤铁路分局后，改属南昌铁路局南平车务段管辖，现为三等站。

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