2011年12月14日，卓尔发展（武汉）有限公司、武汉中博置业有限公司、湖北省体育局足球运动管理中心正式签订《转让协议书》，卓尔签约后立即支付了转让费用。卓尔控股全面接手湖北武汉足球队，并将俱乐部更名为“武汉卓尔职业足球俱乐部有限公司”。2012年4月24日，俱乐部提前与主教练卡洛斯及体能教练卡洛解约。同日，俱乐部决定由原领队郑雄担任球队代理主教练，临时全面负责球队的训练和比赛工作。10月6日，武汉卓尔队提前三轮冲超成功，最终俱乐部获得2012赛季中国足球协会甲级联赛亚军。12月，武汉卓尔职业足球俱乐部在湖北省、武汉市体育部门的共同支持下成立U-15梯队。

2013年10月6日，武汉卓尔队提前3轮降入中国足球协会甲级联赛，最终获得2013赛季中国足球协会超级联赛第16名。

2014年，武汉卓尔队在中国足球协会甲级联赛获得第3名。

2015年，武汉卓尔队在中国足球协会甲级联赛获得第10名。

2016年1月11日，中国足球协会公示武汉卓尔职业足球俱乐部股权转至卓尔（武汉）控股有限公司，法人为崔锦峰。6月26日，主教练郑雄下课。7月5日，奇罗·费拉拉出任俱乐部主教练。7月10日，在奇罗·费拉拉执教俱乐部的首场比赛中，武汉卓尔职业足球俱乐部以1比0战胜大连超越足球俱乐部，取得开门红。10月15日，中国足球协会甲级联赛第29轮，武汉卓尔职业足球俱乐部以2比1击败浙江毅腾足球俱乐部，提前1轮保级成功。2016年，武汉卓尔队在中国足球协会甲级联赛获得第6名。

2017年10月10日，武汉卓尔队聘请李铁担任俱乐部总经理，同时兼任体育总监一职，王小松联赛、足协杯赛等各项赛事16场，取得了8胜、3平、5负的成绩。担任俱乐部董事长。3月20日，开局两连败的奇罗·费拉拉下课。随后，唐尧东出任俱乐部主教练，并在联赛、足协杯赛等各项赛事16场，取得了8胜、3平、5负的成绩。7月9日，唐尧东辞去主教练一职，原助理教练陈洋将担任主教练，马永康出任助理教练。7月16日，若热·萨米尔正式加盟并替换原前锋萨姆·约翰逊参赛。11月10日，主教练陈洋卸任。2017年，武汉卓尔队在中国足球协会甲级联赛中获得第5名。11月16日总经理兼体育总监李铁正式担任俱乐部主教练。

2018年2月3日，拉斐尔·席尔瓦正式加盟武汉卓尔队。2018年10月6日，中国足球协会甲级联赛第27轮，武汉卓尔队在主场2以2战平梅县铁汉足球俱乐部，提前3轮冲超成功并锁定中国足球协会甲级联赛冠军。

2019年11月27日，中国足球协会超级联赛第29轮，武汉卓尔职业足球俱乐部以1比0击败重庆力帆足球俱乐部，提前锁定中国足球协会超级联赛第6名的位置。另外，44分也超越2005年武汉光谷队在顶级联赛创造的最高分（42分）纪录。2019年12月1日，中国足球协会超级联赛第30轮，武汉卓尔职业足球俱乐部在主场以1比2不敌河北华夏幸福足球俱乐部，俱乐部作为升班马以第6名的成绩结束赛季。

2020年1月4日，何塞·冈萨雷斯接替李铁出任俱乐部主教练。中国足球协会超级联赛第13轮，武汉卓尔职业足球俱乐部以0比2负于河北华夏幸福足球俱乐部，无缘第二阶段争冠组。2020年12月27日，武汉卓尔职业足球俱乐部正式任命李霄鹏担任俱乐部主教练并兼任常务副经理。

武汉队（2021年）

2021年2月15日，武汉卓尔职业足球俱乐部根据中国足球协会《关于各级职业联赛实行俱乐部名称非企业化变更的通知》要求，正式更名为武汉足球俱乐部。12月4日，李金羽接替李霄鹏出任俱乐部主教练。

武汉长江（2022年至2023年）

2022年2月16日，武汉足球俱乐部发布《关于足球投入调整的说明与声明》，其中提及俱乐部拟申请更名为“武汉长江队”。同月，胡靖航、聂傲双、费利西奥·福布斯、阿斯米尔·卡耶维奇、布鲁诺·维亚纳等球员先后加盟武汉长江足球俱乐部。6月11日，武汉长江队在联赛前3轮先后击败上海海港足球俱乐部、河北足球俱乐部以及广州足球俱乐部。11月5日、23日，武汉长江足球俱乐部先后因未能按时落实偿还欠薪，被中国足球协会两次处以扣除联赛积分的处罚，其中第一次扣除3分、第二次扣除6分，因而落入降级区。12月27日，中国足球协会超级联赛第33轮，武汉长江足球俱乐部以1比3负于成都蓉城足球俱乐部，最终提前1轮降级。

2023年1月25日，武汉长江足球俱乐部宣布解散。

武汉长江足球俱乐部队徽外型由楚盾衍变而来，取凤舞楚天之意，也寓意湖北足球涅槃重生；标徽主色调沿用橙色，体现对球迷的尊重；标注WUHAN，表明卓尔人对大武汉的无限感激。

从2011年年底开始，卓尔集团正式接管俱乐部至今已超过11年时间，这段时间正好见证了中国足球金元时代的起点和终点，最终武汉长江足球俱乐部依然走到了退出的结局，不难看出，金元时代对中国足球的影响依然在持续。武汉长江绝不会是联赛准入前退出的唯一一家有资历的俱乐部，上海申花、北京国安和山东泰山这三家老牌劲旅因为有深厚底蕴，在股改问题上得到了当地管理部门的积极支持；然而像河北队、深圳队和广州城这样的俱乐部或许就没有那么好的运气了，因为一些历史遗留问题，上述球队能否参加2023年的联赛需要打上极大的问号。在中甲和中乙，可能退出的俱乐部就会更多。武汉长江俱乐部投资人阎志在退出的长文最后写道：“因为我们自身不够专业，因为中国职业足球环境太差，俱乐部经营、球队成绩不尽如人意。”俱乐部本身是否专业，职业联赛是否能有一个良好的环境，这依然是后金元时代中国职业联赛能否健康前进的两大关键因素。（凤凰网 评）

武汉长江足球俱乐部官方2023年1月25日18点发文宣布解散，经慎重考虑决定将不再注册参加由中国足协举办的男子职业足球比赛。这是令人惋惜的决定，因为球队是具备血性气质的，而且在11个赛季的征程中给球迷留下了很多珍贵和难忘的记忆，武汉长江是中超赛场上独树一帜的球队。这十几年的历程是很励志，也是国内足球世界中很浓重的一笔。（新浪网 评）

2024年1月9日晚间，央视反腐专题片《持续发力 纵深推进》第四集《一体推进“三不腐”》播出，有关中国足球领域反腐案的更多细节得以披露。李铁与卓尔俱乐部以总额6000万元的金额，签下了一纸所谓的“合同”，实际只是以此为幌子，来掩盖权钱交易的本质。随后，他很快将卓尔队四名球员选入了国家队大名单。根据当时武汉卓尔俱乐部通报，他们分别是明天、李行、刘云、董春雨。