殷顗性情通达率直，有才能，从小与堂弟殷仲堪都很有名声。太元年间（376年―396年），殷顗以中书郎之职升任为南蛮校尉，任职期间清廉有法度，政绩严整有成就。

隆安元年（397年），殷仲堪收到王恭的书信，准备举兵讨伐朝廷中的乱政之臣，殷仲堪告诉殷顗，想要让殷顗与他一同行动。殷顗不同意，并说：“人臣的职责，是谨慎保全自己的守地。朝廷中的是非，是宰辅大臣的责任，哪里是屏藩之臣可图谋的呢？晋阳之事，最好不要参与。”殷仲堪的要求更加急迫，殷顗生气地说：“我不敢跟你一同行动，也不敢有异议。”殷仲堪非常怨恨。但殷顗还是暗中劝谏殷仲堪，言辞很切直尽理。殷仲堪地位很高，平常的情趣也不相同，而心愿总难满足，他认为殷顗劝谏自己的这番话不对。殷顗看到江绩也因正直受到殷仲堪的排斥，知道殷仲堪将要逐去异己之人，安插亲信的人，于是殷顗服用五石散，以出门散发药性为名（魏晋南北朝时期士大夫好服五石散，服后须行走以散发药性），托病不回。殷仲堪听说殷顗患病，便出来看望他，对他说：“兄长的病很让人担心。”殷顗说：“我的病不过是身死，可是你的病却要灭门，希望你深思熟虑，不要以我为念。”殷仲堪不听，便与杨佺期、桓玄同行。于是殷顗因忧虑而死，殷仲堪也最终为桓玄逼迫自杀。