1990年11月-1991年5月，在英国大英自然博物馆任高级访问学者。

1993年11月，当选中国科学院院士。

殷鸿福推动古生物学与地质学全面结合，系统介绍间断平衡论、新灾变论、事件地层学，提出地质演化突变观。发表中国首部生态地层学专著。他提出生物－有机质－有机流体生物成矿系统，在此基础上推动建立中国生物地质学学科体系。他发表化石描述论著近300种，图版80多幅。殷鸿福系统总结中国及东亚的三叠系，首次提出国际二叠－三叠系界线新定义、界线事件的火山成因说等，确立中国浙江长兴为全球二叠系－三叠系界线层型（金钉子）。

殷鸿福主持和参加过的几十个地质工作项目中，最重要的是“地球历史上二叠纪—三叠纪界线”的“金钉子”——浙江长兴煤山就是其中之一。全球曾有13条剖面专门研究二叠纪、三叠纪的界线，而“金钉子”最后“花落中国”，殷鸿福做了大量工作。

1978年，殷鸿福开始着手研究确定更科学的古生界和中生界划分标志。

1986年，殷鸿福提出，将浙江长兴槐坎发现的“牙形石化石”作为划分古生界和中生界的标准化石，以此确定古生界和中生界的分界线。当年在意大利召开的二叠纪—三叠纪国际学术会议上，殷鸿福提出了确定界线的新标准。新旧标准的选择引起了巨大反响。几年后，界线工作组的其他科学家纷纷转而支持殷鸿福的新标准。

1996年，“金钉子”海相选址基本定性，中、美、俄、德等九个委员联名推荐中国浙江长兴煤山。

2001年2月，国际地质科学联合会正式确认，将浙江煤山树为全球层型剖面和点位（金钉子）。

2001年，经过国际学术组织三轮投票，国际地学界正式将这颗“金钉子”定址浙江省长兴县，这是地质历史上分量最重的“金钉子”之一，被称作中国地学界“可载入史册”的标志性创新成果。该项成果获中国国家自然科学二等奖。煤山成为二叠系-三叠系界线地层唯一候选层型剖面，殷鸿福的观点也被国际主流学界认可，并奠定了中国在该研究领域的领先地位。

由此开拓了中国古-中生代转折和生物大灭绝的研究，推动该研究成为一个地学热点领域。古生物学是地球科学的一门传统古老学科，殷鸿福先后倡导和开创了古生物地理学、生态地层学、生物成矿学、生物地质学等一系列分支学科，提出了完整的地球生物学的新学科体系。

殷鸿福于1982年最早向中国国内介绍用古生物地理论证微板块和地体的活动，组织中国地史时期古生物地理的研究，并于1988年出版了《中国古生物地理学》专著，论证了中国各时代的古生物地理区划，为中国板块活动的研究提供了重要的依据。1994年《中国古生物地理学》英文版由牛津大学出版社出版。

20世纪80年代末，殷鸿福首先将地质微生物活动与矿床学结合起来，主持了微生物成矿的研究。经过多年来的实践，提出了生物-有机质-流体成矿系统的理论体系。

从1982年开始开展了生物地质学方面的研究。1994年，他发表《生物地质学》一文，明确提出要“走生命科学与地球科学学科交义的道路”，以地球环境与生物的协同演化为主攻方向。同一时期，国际上兴起了地球生物学，把它作为地球系统科学的一部分、是由地球科学与生命科学交叉结合形成的新学科。它与地球物理学和地球化学一起构成了研究地球系统三大物质运动（生命、物理和化学）的学科体系。殷鸿福的研究工作与国际接近同步。2008年，生物地质学研究项目启动26年后，获得国家自然科学二等奖。在此基础上，他又带领团队继续发展新兴的地球生物学，提出了地球生物学初步的学科体系。

由于他在生物地质学和地球生物学方面的先导工作，受中国国家自然科学基金委员会的委托，2005—2006年组织了两期“生物与地球环境协同演化”的双清论坛。他的团队相继入选基金委“国家创新研究群体”和“生物地质与环境地质”高等学校学科创新引智基地。殷鸿福巳完成了中科院地学部委托的“地球生物学”研究项目，进一步将进行“深部地下生物圈”和“极端环境地质微生物”的学科发展战略研究项目，继续发展新兴的地球生物学。目标是发展具中国特色的地球生物学，依据中国占优势的地层学和古生物学，以及新兴的地质微生物学，形成在国际上有创新特点的地球生物学学科理论和方法体系。

截至2018年12月，殷鸿福出版专著28部，发表论文240篇，代表作有《生物地质学》、《地质演化突变观》、《中国古生物地理学》和《扬子及其周缘东吴－印支期生态地层学》。

殷鸿福20世纪80年代初他从美国按期回国，作为教研室当时的副教授，至2012年他已指导了5名博士后、35名博士生和一批硕士生。他培养的博士生童金南、谢树成成为国家杰出青年基金获得者；张克信、龚一鸣、冯庆来、赖旭龙、杜远生等都独立承担起了科研任务。中国地质大学逸夫博物馆现任科普教育部主任陈晶博士也是殷鸿福的弟子，2008年博士毕业时在殷老师的建议下来到博物馆专门从事科普工作。

殷鸿福刚开始探索古生界和中生界的划分标志时，没有经费，也没有仪器，全靠艰苦奋斗。

20世纪80年代，古生物学图书很少，只有北京一两家图书馆有，而且不外借。殷鸿福和同事们就拿照相机去图书馆拍书，四页书摆放合成一个画面，拍下来，一卷胶卷35张胶片，一本厚的书，两卷胶卷可以拍完，没钱冲洗，就用一个胶片阅读器放大投射到墙上看书。

殷鸿福在美国研究期间，美国同行被他的学识和刻苦研究精神所折服，纽威尔教授赞誉他是“中国学者的一位优秀代表”。（化石网评）

殷鸿福一辈子从事地学科研工作，是中国地球古生物学的先驱者；他扎根讲坛58载，是教育的楷模、教师的标杆。“问道争朝夕，治学忌功利。风正一帆远，树直百年材。”这是84岁的中国科学院院士、地层古生物学家殷鸿福教授，对中国地质大学（武汉）中青年教师的寄语，也是他60余载地学科研生涯的真实写照。（《湖北日报》评）

2001年，中国地质大学（武汉）大学生俱乐部改建，殷鸿福把“光谷提议奖”2万元的奖金全部捐出。他还多次捐助过困难学生和经费少的校内团体。

2012年，在中国地质大学（武汉）校庆60周年之际，殷鸿福捐献奖学金共计39.5万元。这些奖学金分别来自原“金钉子项目”结题后结余的20万元项目款和殷鸿福个人获“何梁何利奖”的20万元港币奖金。