对继发性肾病包括狼疮性肾炎、干燥综合征肾炎、糖尿病肾病的诊断和治疗，以及肾移植等内科问题均进行了不少临床和研究工作。

于1981年合作成功研发肾用氨基酸，联合配置中药方剂（大黄牡蛎公英汤）开展结肠透析治疗慢性肾功能衰竭，获中国医学科学院科研成果奖。1981年率先探索小剂量皮下注射促红素治疗肾性贫血，1990年开始研发基于电阻率的透析患者干体重测量仪，1995年参加“八五”攻关课题“国产腹膜透析装置研究”，是我国肾脏病领域开展转化研究的先行者。他还带领团队在国内首批开展肾活检，并最早报道IgA肾病。

1980年，毕增祺与同道共同创建中华医学会肾脏病学分会，并任首届秘书及第二、三、四届副主任委员。1994年起先后担任中华医学会理事、名誉理事，主编《慢性肾功能衰竭临床防治和理论基础》，担任《现代内科学》编委，该书获得全国优秀图书一等奖及国家科技进步奖二等奖，曾任Geriatric Nephrology and Urology等多家国际杂志编委及《临床肾脏病杂志》名誉主编。曾获中国科学技术协会“先进工作者”称号，并多次获中央保健委员会奖励。2007年获中华医学会肾脏病学分会卓越贡献奖。2009年获北京协和医院杰出贡献奖。2020年获中华医学会肾脏病学分会终身成就奖。

1984年，在我国最早报告IgA肾病。最早倡导对慢性肾衰竭进行早期防治，提出非透析的综合治疗。对防止慢性肾功能进行性恶化，在早、中期防治做了系列性研究，其中对中药大黄等治疗作用，作了临床严谨观察和效果的肯定，并证明中西医结合治疗有延缓慢性肾功能衰竭恶化作用。曾用中、外文发表论著多篇，有较大影响。对慢性肾衰竭患者营养问题，首先研究和应用我国自制的多种必需氨基酸治疗肾功能衰竭，配合低蛋白饮食为该病营养治疗奠定了基础。还研究证明了中西医结合治疗老年慢性肾功能衰竭，对部分老年病人能延缓恶化甚至部分病人可以好转（中华老年杂医学杂志，1995，21：89）。此外，对各种继发性肾病包括狼疮性肾炎、干躁综合症肾炎、糖尿病肾病，老年肾脏病的诊治等均进行了不少临床和研究工作。曾先后三次受国家政府派遣，带领中西医治疗小组为国外政要人士治病。

曾发表论文、著作百余篇。曾参加编写中国大百科全书医学部分等。

2003年主编“慢性肾功能衰竭—临床防治和理论基础”一书，由中国协和医科大学出版社出版。

毕增祺教授是我国肾脏病学奠基人之一（获得中华医学会肾脏病分会杰出贡献金奖），数十年如一日，工作在肾脏病防治的第一线，参与并指导协和医院肾脏内科的临床、教学、科研及高干保健工作。

在我国，1986年，由国家直接指定成立了博士点，率先开展了慢性肾功能衰竭的非透析治疗，首先研制了必需氨基酸制剂和肾衰竭的营养疗法，探索了中西医结合在慢性肾衰非透析治疗中的意义；首批开展经皮肾活检，在我国最早报告了IgA肾病（中华内科1984年），开展了相差镜下尿红细胞形态的研究。近年来，对老年肾脏病做了一些研究。

曾发表文章百余篇，主编“慢性肾功能衰竭防治和理论基础”。作为医学教育家，毕增祺教授于1986年被国务院首批直接授予为博士生导师。

1994年参加方圻教授主编的现代内科学编写，任编委，该书已获国家级二等奖。

科研成果在上世纪80年代获中国医学科学院科研成果奖。1952年在上海立二等功、1991年获国务院政府特殊津贴。

1999年中央保健委员会授予荣誉证书。

1996年，被中国科协评为为“中国科学技术协会先进工作者”。

2007年，中华肾脏病学会授予卓越贡献奖，2009年北京协和医院杰出贡献奖。