1954年，上海铁路卫生学校更名为铁道部上海卫生学校。

1958年6月，上海铁路管理局在原铁道部上海卫生学校基础上创办上海铁道医学院，院址共和新路1238号。设医学系、卫生系、药学系，有医疗、卫生、药学3个专业，本科5年制。

1960年3月，开办3年制的医疗专业专科班夜大学，学生为来自全市医疗机构中的中级医务人员。

1963年5月，举办全日制医疗专修班，学制3年，学员来自全路医务人员。6月，改由铁道部直接领导。

1966年2月，北京铁道医学院撤销，部分教师调来补充学院各教研室。后停止招生。1958年至“文化大革命”前，共招收8届本科学生，毕业7届（1962年级学生，因学院拟迁成都，全部转入南京铁道医学院）。

1971年冬，根据全国教育会议决定的高等院校调整方案，学院迁宁夏。部分教师留守在沪。

1972年，上海铁道医学院、宁夏大学医学院合并组建宁夏医学院。

1980年，铁道部决定恢复上海铁道医学院，宁夏医学院原上海铁道医学院教师返沪。7月，经国务院批准，在原址恢复上海铁道医学院，上海铁路卫生学校划为学院中专部（1983年改为附属卫生学校）。学院由铁道部与上海市双重领导，以铁道部为主。

1981年秋，招收复校后第一届临床医学专业本科生，学制5年。

1985年5月，增设5年制口腔医学专业。

1986年10月，国家教委批准学院为硕士学位授予单位，营养学与食品卫生、内科学（心血管）两个专业有硕士学位授予权，学制3年，1987年开始招收研究生。

1995年5月，上海铁道医学院与上海铁道学院合并组建上海铁道大学。上海铁道医学院建制撤销，改为上海铁道大学医学院。合并成立上海铁道大学时，铁道医学院有2所附属医院（上海铁路中心医院、甘泉医院），1所口腔专科医院，6所教学医院（闸北区中心医院、静安区中心医院、市精神卫生防治中心、市传染病总院等），7所实习医院（哈尔滨铁路中心医院、天津铁路中心医院、上海市普陀区中心医院、闸北区北站医院、市皮肤病防治所等）。另有附属卫生学校和牙科材料厂。

2000年4月，同济大学与上海铁道大学合并组建新的同济大学，在原上海铁道大学医学院的基础上成立了“同济大学医学院”，成为同济大学重点建设的学科；学校决定在原上海铁道大学医学院原址设立沪北校区。

2001年，医学院设立临床医学七年制专业。

2010年，获得临床医学博士专业学位授予权。

2011年，获得临床医学一级学科博士授予权，及生物医学工程一级学科博士授予权。

2012年，国家级临床综合实训中心建设项目教育部立项。获得进行“拔尖创新医学人才培养模式改革试点”，“五年制临床医学人才培养模式改革试点”。

2014年，成立中美合作的康复治疗学系，招生康复治疗学专业（物理治疗）。

2020年，同济大学作为全国首批学位授权自主审核高校，增列基础医学博士学位授权一级学科。11月12日，同济大学医学院呼吸病研究所揭牌成立。

2022年，同济大学获批教育部直属优质医学院校。

截至2021年6月，学院设有10个教学机构，开设3个本科专业，自2019年起，学院临床医学专业本科生（拔尖卓越培养）以“医学实验班”大类招生入学。

机构框架：基础医学院、十院临床医学院、同济临床医学院、东方临床医学院、肺科临床医学院、一妇婴临床医学院、附属杨浦医院、附属养志康复医院、附属皮肤病医院、附属上海市第四人民医院、附属浦东精神卫生中心、药学院(筹)、护理学院(筹)、公共卫生学院(筹)、康复医学院（筹）、生物工程与纳米科学研究院、实验动物中心、实验教学中心

本科专业：临床医学（拔尖卓越培养）、临床医学（5+3一体化）、临床医学

同济大学附属第十人民医院 (上海市第十人民医院)

同济大学附属同济医院 (上海市同济医院)

同济大学附属东方医院 (上海市东方医院)

同济大学附属上海市肺科医院 (上海市肺科医院)

同济大学附属妇产科医院 (上海市第一妇婴保健院)

同济大学附属杨浦医院 (上海市杨浦区中心医院)

同济大学附属养志康复医院 (上海市养志康复医院)

同济大学附属皮肤病医院 (上海市皮肤病医院)

同济大学附属上海市第四人民医院(上海市第四人民医院)

同济大学附属精神卫生中心 (上海市浦东新区精神卫生中心)

同济大学附属普陀人民医院(上海市普陀区人民医院)

截至2024年1月，学院拥有中科院院士3名，中国工程院外籍院士1名，英国皇家外科学院院士1人，俄罗斯工程院院士1人，欧洲科学与艺术院院士1人，国家重点研发计划（含重大科学研究计划、国家“973”和“863”计划）项目首席科学家28名，国家杰出青年基金获得者12名, “优秀青年科学基金获得者”等四类优秀青年人才42名，国家创新研究群体1个，教育部创新团队1个。

截至2021年6月，学院有上海市教委重点课程10门，上海市精品课程5门；20余家教学医院、社区卫生服务中心、实习基地，附属医院总床位数12000余张。

截至2024年1月，学院有国家级一流本科专业建设点2个。

国家级一流本科专业建设点：临床医学、康复物理治疗

截至2024年1月，学院学子先后获得全国高等医学院校大学生临床技能竞赛华东赛区特等奖，中国国际“互联网+”大学生创新创业大赛金奖、铜奖，“挑战杯”全国大学生课外学术科技作品竞赛一、二、三等奖，“挑战杯”中国大学生创业计划竞赛金奖、银奖，全国大学生基础医学创新论坛暨实验设计大赛一、二、三等奖，中国青少年科技创新奖，上海市青少年科技创新市长奖，上海大学生年度人物，宝钢教育基金优秀学生特等奖等奖项。

截至2024年1月，学院有2个一级学科博士学位授予权，1个专业学位博士授权类别，5个一级学科硕士学位授予权，2个专业学位硕士授权类别。

截至2021年6月，学院有1个博士后科研流动站，9个国家临床重点专科，6个上海市重中之重临床重点学科，1个上海市重点学科，1个上海市高峰学科（IV类高峰），1个上海高校一流学科（B类），临床医学学科在教育部全国第四轮学科评估中学位水平评估排名进入B+。

博士后科研流动站：临床医学

一级学科博士学位授予权：临床医学、基础医学

专业学位博士授权类别：临床医学

一级学科硕士学位授予权：临床医学、基础医学、公共卫生与预防医学、药学、生物医学工程

专业学位硕士授权类别：临床医学、护理

国家临床重点专科：胸外科、消化内科、产科、职业病科、呼吸科、中医科、急诊医学、临床护理、血液科

上海市重中之重临床重点学科：结核病学（上海市肺科医院）、骨外科学（上海市同济医院）、妇产科学（上海第一妇婴保健院）、重症医学（上海市东方医院）、精神病学（上海市同济医院）、护理学（上海市第十人民医院）

上海市重点学科：内科学（心血管疾病）

上海市高峰学科（IV类高峰）：干细胞与转化

上海高校一流学科（B类）：临床医学

截至2024年1月，学院建有全国重点实验室、国家基础科学中心、国家科技资源共享服务平台等6个国家科技平台，教育部前沿科学中心、教育部医药基础研究创新中心、教育部重点实验室(3个)、上海市重点实验室(3个)、上海市前沿科学研究基地等一批省部级科技平台。

2016年至2023年，学院获批国家自然基金项目数1743项，其中重点重大类项目68项，包括重大科研仪器研制、重点国合、重点专项等，占同济大学获批总数40%左右，牵头主持国家重点研发计划项目33项，承担子课题61项，获得国家科学技术奖进步奖二等奖6项，省部级一等奖17项、人物奖4项。自2000年以来，发表 CELL 4篇、NATURE 6篇、SCIENCE 2篇、 PNAS 14篇、JAMA 1篇、NEJM 3篇、BMJ 1篇。

《同济大学学报（医学版）》属中国科技核心期刊（中国科技论文统计源期刊），被美国《化学文摘》（CA）收录。中国科技评价研究中心（RCCSE）公布的《中国学术期刊评价研究报告》（2011—2012 年学术期刊分学科排行榜——医学综合）《同济大学学报（医学版）》被评为“中国权威学术期刊”。主要栏目有专家笔谈、基础研究、临床研究。

《外科研究与新技术》被中国期刊网全文数据库、万方数据数字化期刊群收录，内容涉及外科学领域，期刊栏目设有人物介绍、述评、专家论坛、临床和基础研究、综述、经验交流、个案、卫生教育与管理、医疗事件分析和新技术动态等，同时设有英文栏目。

截至2024年1月，学院已与美国、德国、澳大利亚、英国、瑞典等国的医学院开展了合作，引进师资与课程，搭建学生互换、教师互访、联合研究的国际合作平台。

截至2021年6月，学院与美国、德国、澳大利亚、英国、瑞士等国的医学院开展合作，搭建合作培养、学生交换、教师互访任教、转化医学研究的国际合作平台。每年20%~30%的学生赴海外合作学校进行为期1周~3个月的交换实习或临床轮转，学院为中国国内首家对标国际参与ACGME-I项目评估的高校。2019年8月12日，康复物理治疗专业以最高认证等级（五年认证期资格）正式通过世界物理治疗联盟（WCPT）的国际教育认证。

简洁、时尚、年轻化是新设计的主要努力方向，展现同济医学面向未来，开拓创新的精神面貌。因此：

1.大幅度简化盾牌的造型；

2.减少logo重复信息，减少冗余构图元素；

3.医学院中文字体选用华文细黑，突出同济大学舒同体；

4.西文选用可称是现代主义象征的Helvetica字体, 其中school of medicine用小写，进一步明确“现代”的取向；

5.整体色彩统一为明快的克莱因蓝。

根据2021年8月学院官网信息显示，学院举办“2021年优秀大学生暑期学校”活动、“友谊杯”辩论赛、寝室文化评比活动，开设尔雅中医文化社“中医小课堂”，开展同济大学医学院2019年大学生暑期社会实践活动。

梁伯强、贝时璋、沈其震、裘法祖、武忠弼、吴孟超、吴旻、侯云德、陆道培、李桓英