穆萨出生于新疆拜城县赛拉姆乡阿娜克孜村。

其父毛拉·艾沙和卓是宗教学者，在其父任教的经文学堂接受伊斯兰初级教育之后，于1847年考入库车“萨克萨克”经学堂。以优异成绩学完《古兰经》、圣训等经典和历史、文学、天文、历法、地理、阿拉伯语、波斯语等课程。

1864年，穆萨在老师奥斯曼和同窗买合木丁的带动下参加了新疆各地反抗清政府暴政的农民起义，买合木丁被委派为乌什县执政官，穆萨遂被买合木丁聘为乌什清真大寺的伊玛目和该县粮库管理人。

1877年清军平定新疆后，他潜心从事著述。穆萨属逊尼派，亦受到苏菲派戛迪林耶神秘主义的影响。他熟读贾米所著的《人类的馨香》，并在其历史著作《伊米德史》中引述该书关于四千天仙的论述。他十分敬重1864年前后在新疆进行传教活动的戛迪林耶大师，故在《伊米德史》中多次赞扬他们。他还十分崇敬麻札，相信麻札能给人以福佑。他曾游历新疆各地搜集资料。先写成《安宁史》，后经修改、补充，于1908年写成《伊米德史》。该书除简述新疆古代史和着重记述1864年新疆各地农民起义以及阿古柏入侵新疆直至灭亡的历史外，还以专章介绍1864年前后新疆著名伊斯兰教界人士的简况，是研究新疆近代伊斯兰教史的重要资料。还有《圣贤传》、《艾苏哈卜·凯赫夫》(关于山洞人的传说)和《致敬书》等著作。