毛继祖出生在毛氏丰见城殿内家族，为丰见城殿内五世当主。原授东风平间切比嘉地头。1592年，首里西侧谢名一族发动叛乱，尚宁王派毛继祖与毛凤仪（池城亲方安赖）、金应照（摩文仁亲云上安恒）围攻其宅。平叛后，因功升紫冠。1602年，毛继祖奉命为王舅，与长史蔡朝信一起赴中国朝贡，同时庆祝明朝册立东宫、并送还漂流到琉球的人口。翌年继领其父盛章的丰见城总地头职。

1606年，夏子阳、王士桢率册封船队到达琉球，册封尚宁王。当时倭寇猖獗，骚扰琉球沿岸。为保障册封大典的正常进行，尚宁王遣毛继祖率一千余人前往北山，防御倭寇。

1609年，萨琉战争之际，三司官马良弼奉命前往北山，被萨摩军队俘虏。毛继祖被任命为代理三司官，同郑迵（谢名亲方利山）一起镇守那霸港；他也参与了于亲见世举行的和谈。在萨摩军队围攻首里城期间，毛继祖的府邸遭萨摩足轻众的焚毁。尚宁王被掳往鹿儿岛时，毛继祖同马良弼、金应照一起被留下镇守首里城。