该中心是深刻领会胡锦涛总书记在清华大学百年校庆上的重要讲话精神，落实教育部、财政部《高等学校创新能力提升计划》（2011计划）要求的一项重要举措。中心拥有3个国家重点实验室、4个国家级工程中心、8个国家重点学科和20多个省部级重点实验室和工程中心，未来将组建以城镇水污染控制、工业水污染控制、面源污染控制、先进水处理装备基地的“三平台一基地”为核心的10个创新团队，在产学研深度合作、复合人才培养等方面探索高效运行与动态管理新机制，为提升我国水处理行业的整体水平及自主创新综合竞争力，引领国家水处理行业可持续发展发挥重要作用。

原国家环保局副局长、中国工程院院士金鉴明，环境保护部科技委委员、中国环保产业协会副会长祝兴祥，江苏省教育厅副厅长殷翔文，江苏省环保厅副厅长蒋巍，中国工程院院士蔡道基、曲久辉、王浩、王超、张全兴，南京大学校长陈骏，同济大学副校长蒋昌俊，浙江大学农业生命环境学部主任张国平，各协同单位负责人，南京大学各部处负责人以及环境学院师生出席启动仪式。仪式由南京大学常务副校长张荣主持。水污染已成为制约我国经济社会可持续发展的重要瓶颈之一，构建水污染控制与资源化协同创新的新模式与新机制具有重大意义，南京大学将为中心的发展提供强有力的人力、财力和条件支撑。他希望中心能推动各方密切协作，在科学研究和人才培养等各个方面取得更突出的成绩，为我国的环保事业做出卓越贡献。