建站初期只观测云、能、天、压、温、湿、蒸、日、风、雨、象、地温、冻土等能反映出永泰县气候特征的资料。建站初期属于闽侯专署领导；1957至1959年改属于晋江专署领导；1960年又归属于闽侯专署领导；在1971至1983年属于蒲田地区领导；自1983年4月1日起归属于福州市气象管理处管辖直至1988年5月改为福州市气象局领导至今。永泰县气象局建站以来，开始是气候站至1959年以后改为气象站一直沿用到1988年5月份止；随后气象站就改名为永泰县气象局续用至今，一直为气象观测国家一般站。

自建站至今，业务工作方面均以福建省气象局和地市气象局领导为主体。其中，1971年6月至1972年12月，永泰县气象站由人武部军管，成立永泰县气象站革命领导小组。1984年4月，全国实行机构改革，气象部门改为部门和地方双重管理的领导体制，由部门领导为主体，即垂直管理，这种管理体制一直延续至今。