嘉靖三十八年（1559），考中进士。

嘉靖四十一年（1562），授礼部仪制司主事。历任祠祭司署员外郎、祠祭司郎中。下诏建祠皇宫之内，令黄冠祝釐，沈节甫认为不可。因事得罪礼部尚书高拱，托病而归。起任光禄丞。逢高拱执管吏部，又托病避之。

万历初年，出补尚宝司丞，历任尚宝司少卿、南京尚宝司卿。张居正之母入都，取道南京，倾城送迎，独沈节甫置若未闻，致仕归乡。

万历十年（1582），张居正去世后，诏起南京通政司右参议，历任光禄卿、南京大理寺卿、南京刑部右侍郎。召为工部左侍郎，摄部事。御史高举提出沈节甫素负难进之节，一年内不宜三迁，礼部以沈节甫深孚众望而力排众议。沈节甫在位期间，多次上疏，对俭省浮费、核准虚冒、停止兴作、减江浙织造、停江西瓷器和治理黄河、淮河提出见解。丁父忧归。