中心前身为1993年12月成立的住房基金管理中心。

2002年11月根据国务院及省、市对住房公积金管理机构调整的要求，在原基金中心的基础上组建成立泉州市住房公积金管理中心，管理中心下设市区、洛江区、泉港区、台商投资区、石狮市、晋江市、南安市、惠安县、安溪县、永春县、德化县等11个管理部，鲤城区、丰泽区的住房公积金业务归入市区管理部统一管理，各管理部根据管理中心的授权，负责所在县（市、区）范围内住房公积金的归集、支付、使用等具体管理工作。

2002年9月13日，市政府根据国务院《住房公积金管理条例》和省政府关于加强住房公积金管理的指示精神，依法设立泉州市住房公积金管理委员会作为住房公积金管理的决策机构，管委会（第一届）由26名委员组成，委员由市政府聘任，周焜民副市长任管委会主任，市建设局局长吴共湖、市财政局局长颜伟劲、市人民银行副行长俞敏任副主任。几年来，市住房公积金管理中心严格遵循“住房公积金管理委员会决策，管理中心运作，银行专户存储，财政监督”的原则，认真贯彻落实国务院、省、市有关住房公积金管理的政策规定，以住房公积金缴存者为中心，以维护住房公积金所有者的合法权益为重点，以改善住房公积金缴存者居住条件为目标，加强内部管理，完善监督机制，规范发展业务，改进工作作风，努力提高住房公积金管理工作水平，大大改善了城镇居民的居住条件，促进了我市住房制度改革和经济的发展，其业务总量位居全省9地市前列。