1966年7月31日法肯豪森在莱茵兰-普法尔茨州的拿骚去世。

1935年，塞克特返德，推荐法肯豪森继任总顾问，对塞克特信任有加的蒋介石当即表示接受。从此，法肯豪森积极参与中国的最高机密筹划与各项战争准备工作，并长达四年之久。

法肯豪森接任总顾问时，红军正要抵达陕北。按当时的预测，彻底消灭红军被认为只是时间上的问题，同时中日战争也渐渐演变成为不可避免的局面。此时，他的工作主要是：1，迅速组织可以作战的机动部队。2，尽可能保全长江以南地区（江防和东南沿海的海防列为首要任务）。3，发展自给自足的军火工业。

1935年8月20日，根据其以前多年驻日经验，以及对日本陆军的深切研究，法肯豪森拟就的《关于应付时局对策之建议书》对二年后爆发的中日战争大致走向，有相当准确的判断，并起了相当大的指导作用。节录如下：

“目前威胁中国最严重而最迫切者，当数日本。日本对中国之情，知之极细。其利害适与中国相反，故心用尽各种方法破坏中国内部之团结与图强，至少设法迟延其实现……设想则政府有坚忍意志，断无不抵抗而即承认敌方要求，沉默接受。鄙意民气即是千百万抵抗，故不容轻视。苟领袖无此种意志，则人民亦不肯出而抵抗。抵抗意志必须有实力之兵力，方有固定之基础，目前中国陆军，故不能担任新式战争，但示若不可用持久抗敌，迫使其增加兵力，一切重要莫过于成立虽小而极端样式之国防军。”

“一旦军事上发生冲突，华北即直受威胁，若不战而放弃河北，则陇海路及其重大城市，即陷于最前战区，对黄河防线，不难由山东方面，取席卷之势。对海正面有重大意义者，首推长江。倘苟能控制中国最重要之中心点，直至武汉一线，则中国之防力已失一最重要之根据。于是至内地，中国一分这二。”“目前国军主力，俱集中于南部、本部，宜速抽调可以节省之兵力，分驻各区，使能应作战之用。凡作战所用部队，宜集中于徐州－郑州－南昌－南京区间。北方则掩护陇海路及沿路有关生存之设备，故最初抵抗区务必向北推进，是以沧县、保定之线宜绝对防御……最后战线为黄河，宜作有计划之人工泛滥，增厚其防御力。东部有两事极关重要一个封锁长江，一为警卫首都，两者有密切之联带关系。次之为武汉、南昌，可做支撑点，宜用力固守，以维持通广州之联络。终之四川，为最后防地。”

《关于应付时局对策之建议书》对二年后爆发的抗战的大致走向，有相当准确的判断，并起了相当大的指导作用。他主持了长江江阴要塞的布防，凇沪线、吴福线、澄阴线的构筑。在中德军工间的合作也起了积极的作用，尽量使买卖双方互惠互利，各持所需。“极力介绍于中国最有利益而适合中国实际情况的物品及列定公平的价格，而不顾虑到原产地的情形和商号。”

法肯豪森在任前期，中德经济军事合作达到了最高潮，一项以1亿马克为基础的物物交换协定终于于1936年4月间达成，协定期限为5年，中国每年可用2千万马克在德国购买军火，但每年需要以1千万马克价值的矿砂及其他原料偿还，偿还期限为10年，等于每年德国给中国1千万马克的信用贷款。法肯豪森极力介绍于中国最有利益而适合中国实际情况的物品及列定公平的价格，而不顾虑到原产地的情形和商号。抗战前两年，中德进入合作高潮期，中央军渐趋德式化。日本人深知中国战斗力日增，日本政府屡次劝说德国当局解散驻华顾问团，终止对华武器贸易均未能成功。

七七事变爆发后，蒋介石似乎深知全面抗战已无法避免，立派法肯豪森北上赴保定协助华北军事当局筹划有效的抵抗，加上日军在华北已经占据有利形势，不久平津陷落，华北战局已无法挽回，法肯豪森很快返回南方。

八一·三抗战中，德式样板师第87、88、36师，全部投入战斗，有些德籍顾问所指导的国军部队训练有素，火力之强为国军之冠。结果重创日军。在“庙行大捷”中日军的精锐受挫，遗尸三四千具。日本断定他们遇到了德国顾问训练的样板师，称上海保卫战为“德国战争”。虽然当时希特勒严令禁止德籍顾问参加前线工作，但法肯豪森认为责无旁贷，也赴上海协助部属防卫。淞沪抗战充分证明德籍顾问团所训练指导的中央军可与世界一流的陆军作正面的持久战。虽然很多新型武器尚未运到或还没有使用成熟，国军仍可在敌军优势火力，有利地形与海空军掩护下相持3个月之久。可惜德械师经因淞沪抗战后未休整便参加了南京保卫战，损失惨重，从此不能成建制作战，尤为可惜。

在徐州抗战中也出现过法肯豪森的身影，著名的台儿庄大捷后，各国驻华武官纷纷前往战地参观，当时身为驻华武官的史迪威会见法肯豪森讨论战果，法肯豪森激动的说蒋介石没有按照自己原来的计划，乘胜追击，日军定会卷土重来进攻徐州。果不出所料，徐州不久陷于敌手。

除了法肯豪森外，也有其他德籍军事顾问投身抗战。施太秋中将在山东协助韩复榘布防，后在1938年韩复榘一退再退而被枪决，估计也和施太秋的汇报有关。斯达克少将与史培曼少将在山西协助阎锡山抵御日军，对太原战事有着详细的分析报告认为：虽然中国士兵的士气优于日军，然而作战指挥不当，武器装备补给常出问题，造成士兵无谓牺牲。山西作战部队有晋军、中央军、八路军，相互之间缺乏协调，没有统一指挥，无法有效的共同作战。有些杂牌部队军纪败坏，强行征粮，拉夫，甚至抢劫，导致民众对战争漠不关心。

抗战爆发后，日本因与德国签有盟约，再度要求柏林政府召回中国的德籍顾问，禁止运输军火来华。德国政府起初认为战争仅是地方冲突，不久即会和解，前往中国的德籍顾问纯属私人性质，与政府无关，所以避免作肯定的答复。南京失守后，战争已经明显演变为国与国之间生死斗争，德国处境更加尴尬，对华态度日益冷淡。如此如此，德国政府还是履行合约，战争开始后美英商船不敢再替中国运送军火，唯有德国轮船将已经定购好的武器陆续输送来华，但希特勒命令以后不允许再接新的订单。

1938年，亲华的德国国防部长施伦堡因为再婚问题引起风波，被希特勒免职，由希特勒自兼部长。不久希特勒决定召回在华所有顾问。驻中国大使陶德曼在5月21日正式通知中国政府，德国政府希望立即解除顾问的合同，并准他们全部返国。德国政府将负责顾问回程的旅费和补偿未来的薪水损失。蒋介石不愿德籍顾问这时离去，一方面是由于中国当时正在最艰难的阶段，这时让德籍顾问团离去，对民心士气是一种大影响打击；另一方面，德籍顾问多是蒋介石的亲信与负责机密性的工作者，回到了德国，恐怕会泄密给日本。但是德国政府严令顾问团回国。个别顾问如果违抗元首命令将视为叛国，本人失去公民权，在中国的全部财产充公，家人也要受到牵连。最后中国还是让所有的顾问离开。7月5日，准备了专车一节护送他们由汉口沿粤汉铁路至广州，再取道香港返德。

以法肯豪森为首的德国顾问团成员不愿在中国需要他们的时候离开中国。法肯豪森曾经有想法放弃德国公民权，要留在中国。但受到纳粹德国的压力，1938年7月8日，冯.法肯豪森等顾问在广州挥泪登船。并许诺绝不会向日本方面透露任何有关中国的军事机密。

回国后起初拒绝接受任何工作，免费当起了中国的抗战宣传员，直到希特勒命令德国预备役军人复役为止。1940年法肯豪森被任命为比利时总督，在担任总督期间，他曾救下因反纳粹被通缉的前北洋政府总理陆徵祥神父。1944年7月20日刺杀希特勒事件失败后，法肯豪森受到牵连被逮捕入狱。二战结束后法肯豪森被盟军逮捕移交比利时政府被判12年徒刑，但因为不是纳粹分子，不久释放回国，曾出任中（中华民国）德文化经济协会名誉会长。1966年去世，享年88岁。

2002年3月17日上午，由中央电视台、中国妇女发展基金会、潇湘电影制片厂联合摄制的16集电视连续剧《盖世太保枪口下的中国女人》首映式暨新闻发布会在人民大会堂举行。

这片描绘和塑造了一个“女辛德勒”式的巾帼英雄形象，同时也成功地刻画了一个德国驻比利时军政总督冯·霍夫曼将军的人物，而这个人物就是以亚力山大·冯·法肯豪森的原型刻画的，掌管比利时期间保护了大量的比利时人。