嘉靖十六年（1537）举人，嘉靖二十年（1541）进士，授南京户部主事，称病归乡。

嘉靖二十八年（1549），补南京稽勋司、考功司。洪朝选与殷迈、何迁、刘起宗并称“南都四君子”。历任四川督学、广西参政，得罪权相严嵩，改任山西。严嵩事败，进佥都御史、操江提督。升任副都御史、山东巡抚。历任刑部左侍郎。

隆庆三年（1569），辽王案爆发，洪朝选负责审理，不附和张居正坐以“悖逆不轨”的私意，被张居正所忌恨。言官交相弹劾，洪朝选罢官归乡。

万历十年（1582），劳堪任福建巡抚，遵照张居正的意思，勾结同安知县金枝搜罗洪朝选的材料，劳堪飞章上奏。劳堪没有等到回复，就将洪朝选捕捉入狱，绝其饭食三日。正月二十四日，洪朝选去世，劳堪禁止收殓，尸体腐烂于狱中。