1955年，改为广东省海南黎族苗族自治州师范学校。

1977年，开始设置大专班。

1982年，大专班停办。

1988年，更名海南民族师范学校。

1992年，海南省人民政府向国家教委申请正式建立琼州大学。

1993年7月，国家教委正式批准在海南通什师范专科学校和海南通什教育学院合并组建为琼州大学（专科）。

1994年4月，琼州大学在通什市（现五指山市）挂牌成立。

1999年，试办本科，首批招收汉语言文学、数学与应用数学2个专业。

2006年2月，中华人民共和国教育部同意在琼州大学的基础上正式设立琼州学院（本科），并撤销琼州大学建制；同年4月，海南民族师范学校并入琼州学院。

2008年1月，琼州学院三亚校区正式开工建设；同年4月，经中华人民共和国教育部批准，学校为教育部“教育援外基地”；9月，学校外语系、计算机系、物理系、旅游系、数学系等共3500多名学生进驻三亚新校区上课，学校办学主体逐步由五指山向三亚转移。

2009年9月，学校所有新生在三亚校区报到入学；同年，学校获得学士学位授予权单位。

2010年12月，海南省人民政府和三亚市人民政府签署共建琼州学院协议，琼州学院成为省市共建高校。

2011年，申报成为“服务国家特殊需求人才培养项目”——培养旅游管理硕士专业学位研究生试点单位。

2012年，成为上海合作组织大学中方成员院校。

2013年，通过教育部本科教学工作合格评估；同年，成为民政部首批国家社会工作专业人才培训基地。

2014年，学校大学科技园被认定成为国家级大学科技园。

2015年，成为中国-东盟教育培训中心；同年9月，“琼州学院”更名为“海南热带海洋学院”。

2018年12月，海南省海洋与渔业科学院转隶归属学校管理。

2020年9月，成为全国高校海洋类学术期刊联盟理事单位；同年12月，被国家卫生健康委等授予“无偿献血促进奖”。

2021年9月，海南热带海洋学院崖州湾创新研究院揭牌成立。

2023年6月15日，海南热带海洋学院成为南亚东南亚大学联盟的正式成员；同年12月8日，海南省种业实验室增选海南热带海洋学院（海南省海洋与渔业科学院）为成员单位；同月，学校被评为海南省高校“三全育人”综合改革试点工作立项单位。

2024年8月，海南热带海洋学院“海南省铸牢中华民族共同体意识研究基地”获海南省社会科学界联合会批为海南省哲学社会科学研究基地。

2024年9月1日，海南热带海洋学院崖州湾创新研究院成功获批设立海南省博士后创新实践基地。

截至2024年4月，学校设有20个二级学院，57个本科专业（其中2个中外合作办学专业）、专科专业7个。

截至2024年4月，学校有教职工1598人，专任教师984人，其中博士、硕士学位教师占82.8%，副高级以上职称教师占49.4%。拥有“双聘”院士4人，欧洲自然科学院院士1人，国务院政府特殊津贴获得者2人、海南省委联系服务重点专家4人、海南省教学名师4人、海南省优秀教师3人、海南省优秀教育工作者1人、海南省有突出贡献优秀专家3人、海南省“515人才工程人选”11人、海南省“南海名家”3人、海南省“南海工匠”2人、海南省“南海名家”青年项目8人；海南省领军人才23人、拔尖人才65人、其他类高层次人才443人，6个海南省“双百”人才团队。

截至2024年4月，学校有一级学科硕士学位授权点2个、专业硕士学位授权类别9个、省级重点学科8个。

截至2024年4月，学校有海洋科学、海洋技术等7个海洋类专业和旅游管理等11个涉海类专业（方向），确定了海洋科学与技术、海洋生命、海洋生态环境、海洋旅游、民族与人文等五大特色学科方向和领域，初步形成了以海洋、旅游、民族、生态等为特色的学科专业体系。学校现有国家级一流本科专业1个，省级一流本科专业11个，省级应用型转型试点专业13个，应用型海洋特色逐渐彰显。

2022至2023学年，学校申报大学生创新创业计划项目共97项，入选国家项目立项16项，省级立项团队32项；参与学生有431人，参与教师有94人，获支持经费64万元；其中，在2023年第九届中国国际“互联网+”大学生创新创业大赛中，2023年互联网+比赛省级赛铜奖2项；学校在2023年海南自贸港创业大赛院校学生专项赛省级决赛中获优秀奖1项、获自贸港创业之星1项，在创就蔚蓝·首届全国海洋类大学创业大赛总决赛中海洋创业综合赛三等奖、海洋智造专项赛优胜奖，在2023年中美创客大赛海口分赛区竞赛获得二等奖1名，三等奖3名。在各级各类学科竞赛中，学校学生共获奖811项，其中国际级奖11项，国家级奖262项，省部级奖538项；学生发表学术论文247篇，以“第一作者”身份发表论文120篇。

截至2023年10月，近年来，学校学生在学科、创新创业等竞赛中获得国际级奖励23项，国家级奖励480项，省部级奖励1159项。其中在全国海洋航行器设计与制作大赛中获特等奖2项、一等奖6项；在2023年MATE国际水下机器人大赛Eeplore级别中国大陆区域赛中获二等奖；在全国大学生海洋知识竞赛中荣获大洋奖1项；在“挑战杯”全国大学生课外学术科技作品竞赛中获三等奖2项；在“创青春”全国大学生创业大赛中获银奖1项、铜奖3项；在中国青年志愿服务项目大赛中获银奖1项、铜奖2项。

截至2021年3月，学校获省级教学成果奖13项。2022至2023学年，学校教师获2022年教育部产学合作协同育人项目批准立项8项，获省级教育教学改革研究项目33项（重点项目6项、一般项目17项、自筹项目10项）。

截至2024年4月，学校拥有部省级科研平台30个，其中院士工作站（院士团队创新中心）4个，省部级水产试验场6个，省部级重点实验室6个，省级工程研究中心（工程技术研究中心）4个；拥有科技部、教育部批准设立的国家大学科技园1个；此外还有外交部、教育部、文旅部等国家部委及海南省批准设立的省部级研究基地（交流平台）9个，省级重点培育智库1个。

截至2024年4月，学校共承担各类科研课题1087项，其中国家级项目36项，省级重大科技项目8项（含子课题），省部级以上项目总计285项。学校“海洋测绘保障应用项目”获得资助7991万元，“中国东盟海上人文合作与交流平台项目”获批经费2355万元，“三亚崖州湾海南热带海洋学院海洋牧场教学科研示范基地项目”获得资助2000万元。

2021年，学校获批立项科研项目139项，其中自然科学类88项，人文社科类51项；新增国家基金项目2项，获横向经费865万元；以学校署名单位教师为第一作者或通讯作者发表期刊论文共计336篇，其中cssci、csscd、中文核心期刊共50篇；发表著作共计18部；获国内授权专利共109项，其中发明专利9项，国际专利8项。

截至2024年4月，海南热带海洋学院图书馆有纸质文献188.63万册，电子图书为193.30万册，电子期刊110.04万册，学位论文1223.03万册，音视频11.17万小时；数据库39个；纸质期刊1558种。

《海南热带海洋学院学报》是由中华人民共和国海南省教育厅主管，海南热带海洋学院主办的一份综合性学术期刊；学报主要设有黎学研究、天涯文化论坛、政治经与济、高教研究、文学与艺术、文化研究、理论及应用研究、教育与教学等栏目；学报被“中国学术期刊网络出版总库”“CNKI系列数据库”“万方数据数字化期刊群”“中国核心期刊（遴选）数据库”“维普系列数据库”“超星域出版平台”等全文收录。

截至2023年10月，学校与三亚市崖州湾科技城、中央商务区、互联网双创中心、海南生态软件园等海南重点产业园区的多家企业及孵化器合作，组织大学生到企业进行实地实践。

截至2024年4月，学校先后与65个国家和地区的135所高校和教育机构开展合作与交流，签署合作协议173份，其中与“一带一路”国家和地区的协议96项。派出1000多名学生做交换生、汉语志愿者、共同培养硕士生、游学生、海外实习生，涉及20多个国家和地区，接收来华留学生320名，涉及15个国家。交流合作项目数十个，其中包括教育部批准的海南省第一个中外合作本科项目：中国-奥地利旅游管理项目。招聘来自美国、加拿大、英国、俄罗斯、澳大利亚等15个国家的38名外籍教师到学校工作。近年来，学校组织承办的国际论坛、国际研讨会30余场，接待和参加国际国内合作交流会议320多次。

明德、博学、励志、笃行

释义：学会做人，勤奋好学，立志成才，善于做事。它体现了一个人成功之道：“明德”是做人之本，“博学”是成事之基，“励志”是成才之力，“笃行”是成功之途。

截至2020年3月，学校思想政治类、学术科技类、文化体育类、志愿公益类、创新创业类、其他类学生社团76个。开展了海南热带海洋学院社联游园会活动、海南热带海洋学院达人秀活动、“社团之夜”晚会、四六级模拟测试活动、疯狂英语嘉年华、“海上清道夫”环境保护活动、“青春杯”羽毛球比赛等社团活动。

学校拥有三亚、五指山两个校区，校园总面积2188亩（含三亚东北侧340亩、西侧341亩及崖州湾20亩，共计在征土地701亩），海域使用面积1600亩，在海口曲口、琼海长坡、文昌潭牛、三亚崖州湾科技城等地设有规模型科研试验及教学实训基地。现有校园总建筑面积75.05万㎡，其中在建项目面积12.28万㎡。

三亚校区为主校区，位于海南省三亚市吉阳区育才路1号。

五指山校区为民族学院专科专业校区，位于海南省五指山市泰翡路。