海坛镇，原为镇东卫，康熙十七年(1686年)改称援剿镇，设中、左、右3营，每营步兵400名，守兵400名，共2400名，驻扎在海口镇东城。

康熙十九年(1688年)二月，清兵占领海坛岛后，改名为福建水师海坛镇。

康熙二十二年(1691年)六月移驻海坛岛。总镇署设在原周鹤芝衙署，首任镇守总兵官林贤。

康熙二十七年(1696年)，裁中营，将额兵拨入左、右两营。左营设游击、守备、千总各1名，把总4名，外委千总3名，外委把总6名，兵员1152人(其中步兵552人，守兵600人)，配备大中小船只19艘，坐马40匹；右营设游击、守备各1名，千总2名，把总4名，外委千总3名，外委把总6名，兵员与左营同，配备船只19艘，坐马22匹。

左营陆汛为东庠、流水、青湾、苏澳、大练、鼓屿、韩厝寮、君山顶，水汛为盐埕、磁澳(长乐市属)、鼓屿和福清的万安、门扇后；