（1）黄厝海区，即以下各点连线和海岸线所封闭的区域：

北纬24°27′35″，东经118°10′25″

北纬24°27′35″，东经118°11′00″

北纬24°26′15″，东经118°09′00″

北纬24°24′35″，东经118°09′00″

北纬24°24′35″，东经118°11′00″

（2）南线至十八线海区，即以下各点连线所封闭的区域：

北纬24°30′45″，东经118°14′00″

北纬24°31′45″，东经118°19′45″

北纬24°30′45″，东经118°20′00″

北纬24°28′25″，东经118°14′40″

（3）鳄鱼屿海区，即以下各点所封闭的区域：

北纬24°36′30″，东经118°09′40″

北纬24°36′30″，东经118°10′53″

北纬24°35′05″，东经118°09′40″

北纬24°35′05″，东经118°10′53″

（4）小嶝岛海区，即以下各点所封闭的区域：

北纬24°34′05″，东经118°24′10″

北纬24°33′10″，东经118°25′00″

北纬24°32′00″，东经118°21′30″

北纬24°31′20″，东经118°22′10″

福建厦门海洋珍稀物种自然保护区保护12种珍稀物种及其生境，分别是国家一级保护动物中华白海豚，国家二级保护动物文昌鱼、黄嘴白鹭和岩鹭，以及（小）白鹭、大白鹭、中白鹭、夜鹭、池鹭、中背鹭、苍鹭和小杓鹬等8种鸟。其中有6种是国际双边候鸟协定的物种；白鹭是厦门市鸟，也是原来的省级保护动物。福建厦门海洋珍稀物种自然保护区还是国家二级重点保护生动物文昌鱼的主要产地之一，此外，该保护区内大屿岛，鸡屿等岛屿上还分布有黄嘴白鹭、白鹭等10种滨海鸟类，种群数量近3万只，并为黄嘴白鹭的模式种产地。

福建厦门海洋珍稀物种自然保护区主要保护对象是黄嘴白鹭、岩鹭（均为国家2级保护）、白鹭、大白鹭、中白鹭、夜鹭、池鹭、苍鹭、牛背鹭等鹭科鸟类和它们的自然生存环境。

厦门自古以来被称为“鹭岛”，鹭鸟资源十分丰富。中国共有白鹭属鸟类5种：大白鹭、中白鹭、小白鹭、岩鹭、中国白鹭，厦门有齐全的这5个种类。鹭类的食物主要是鱼、蛙、水生软体动物和水生昆虫。

厦门市海洋与渔业局负责福建厦门海洋珍稀物种自然保护区的管理工作；制定福建厦门海洋珍稀物种自然保护区的总体建设规划并组织实施；监督各海洋类自然保护区管理机构履行各自职责。

厦门市海洋管理处是福建厦门海洋珍稀物种自然保护区的主管机关，该保护区管理机构是福建厦门海洋珍稀物种自然保护区的综合行政管理部门，负责日常工作。其主要职责是：贯彻执行国家有关海洋自然保护区的方针、政策；执行管理办法，根据管理办法制定保护区管理措施和规章制度并监督实施；制定保护区总体建设规划和年度计划，并组织实施；组织开展保护区的调查监测和科学研究；保护和恢复保护区生态环境，建立工作档案。

在福建厦门海洋珍稀物种自然保护区内的开发利用活动实行许可证制度（包括科学研究、教学、考察，以及从事生产经营的各种开发利用活动）。在该保护区从事科学和教学等活动的单位和个人，均应将取得的成果（包括图表、照片、录像、资料、论文等）副本或影印件交保护区管理机构存档，标本的采集应按保护区管理机构的规定进行。许可证由福建厦门海洋珍稀物种自然保护区管理机构颁发。

福建厦门海洋珍稀物种自然保护区实行核心区、实验区、缓冲区分级管理。核心区包括黄厝海区、南线至十八线海区和小嶝岛海区，实行封闭式保护。严禁任何危害文昌鱼资源及其栖息环境的开发利用活动。实验区为鳄鱼屿海区，进行有控制的开发和科学研究。缓冲区为保护区陆域部分。在该区内进行开发建设应先征得福建厦门海洋珍稀物种自然保护区管理机构及市政府主管机关同意。

在福建厦门海洋珍稀物种自然保护区内禁止任何单位和个人从事下列活动：

（一）兴建排污口，倾倒废物或排放有毒、有害物质；

（二）投掷爆炸物品；

（三）未经许可捕捞、采集文昌鱼；

（四）擅自移动、搬迁和损坏保护区设施和标志物；

（五）擅自设置建筑物及其他永久性设施；

（六）其他直接或间接破坏海洋生态环境，损害海洋生物资源的行为。

（七）凡破坏文昌鱼资源及其生态环境，损坏保护区设施，妨碍保护区执法管理人员执行公务者，保护区管理机构可根据情节轻重分别给予：警告、责令具结悔过、限期改正、没收工具、罚款、吊销许可证。构成犯罪的由司法机关追究刑事责任。

（八）对违法捕捞的单位和个人处以捕获物实际价值5－10倍的罚款；对污染保护区生态环境的单位和个人处1000－5000元罚款；对损坏保护区设施和标志物的单位和个人处500－5000元罚款。所罚款项上缴市财政。

通过该自然保护区的设立，有利于文昌鱼、鹭鸟、中华白海豚等海洋珍稀生物的保护、研究、管理和开发，尤其中华白海豚是一种珍稀动物，属国家野生动物重点保护对象。具备观赏价值。白鹭在3-5月繁殖季节头部有繁殖羽，十分美丽。

福建厦门海洋珍稀物种自然保护区具有较高科研价值，如可为回声定位水下通讯导航、水中运动减阻等仿生学研究，提供有益启示。作为鲨鱼的天敌，海域中有中华白海豚存在，人们在水里可免遭鲨鱼侵害之患。该保护区还是国家二级重点保护生动物文昌鱼的主要产地之一，文昌鱼是无脊椎动物和脊椎动物间的代表类群，在动物进化研究和动物学教学方面具有重要的意义。

2003至2005年， 福建厦门海洋珍稀物种自然保护区对生态安全及该保护区的珍稀物种中华白海豚、文昌鱼和鹭鸟的生态安全进行了评价研究。主要评价方法与步骤是：综合运用问卷调查、专家座谈、文献分析和专业分析等多种调查方法，选取种群数量及分布面积、外来种入侵、人均GDP、保护区管理水平、公众对保护区的了解态度、区域可持续发展战略规划情况等24个指标进行定量加权求和并赋值标准化。并按分值大小将生态安全划分为四个评价等级：优（安全状态）、良（较安全状态）、中（警戒状态）和差（重警状态）。

评价结果显示，福建厦门海洋珍稀物种自然保护区生态安全处于警戒状态。其中，处于不安全状态及重警状态的指标有：公众对福建厦门海洋珍稀物种自然保护区的了解程度、失业率、人口自然增长率、抵达福建厦门海洋珍稀物种自然保护区的难易程度以及种群的数量和分布面积。

调查发现，公众对该保护区情况的认知程度较低，使该保护区工作的有效顺利开展缺少有力基础。其次，厦门市人口增长率持续增长，根据厦门市第五次人口普查，厦门市总人口为2053051人，与第四次人口普查相比，经过10年4个月，厦门市人口共增加877497人，增长了74.65%，年平均增长率为5.73%，对生态环境产生了极大的压力。同时，厦门市民较容易抵达保护区，对于珍稀物种也造成较大影响。另外，种群的数量和种群分布面积直接反映了珍稀物种的生存状况，两者都是衡量物种安全状况的核心指标。福建厦门海洋珍稀物种自然保护区内的3种珍稀物种，中华白海豚、文昌鱼和鹭鸟，不论是种群数量还是分布面积，都呈现逐年递减的趋势。当前中华白海豚的种群数量在55只左右，已接近可存活最小种群数，比较上世纪60年代数量也是大大减少。2000年大屿岛的白鹭数量，从1996年的13786只骤减到572只。

生态安全程度不高直接影响了保护物种的健康水平。在对福建厦门海洋珍稀物种自然保护区中的3种珍稀物种的物种健康生态安全评价中，选取了种群数量、种群结构、种群分布面积和繁殖力四个指标进行评价。评价结果显示，鸡屿岛和大屿岛作为白鹭在厦门的繁殖栖息地的生态安全程度均处于安全等级，鸡屿岛的生态安全程度高于大屿岛。厦门白鹭的觅食生境总体来看处于较安全等级，但没有一处觅食地是属于安全等级。评价公式计算结果表明，保护区保护物种的生态健康处于亚健康状态。其中除了种群结构处于健康状态之外，其它3项指标都处于亚健康状态。而单就3种个体而言，中华白海豚处于不健康状态，文昌鱼处于亚健康状态，仅白鹭处于健康状态。

福建厦门海洋珍稀物种自然保护区是国家一级重点保护野生动物中华白海豚的两个主要分布区之一（另一个主要分布为珠江口海域），有种群数量约40头左右，但种群结构尚能保证其繁衍后代，具有极为重要的保护价值和研究价值。该保护区还是国家二级重点保护生动物文昌鱼的主要产地之一，文昌鱼是在动物进化研究和动物学教学方面具有重要的意义。

福建厦门海洋珍稀物种自然保护区内大屿岛，鸡屿等岛屿上还分布有黄嘴白鹭、岩鹭、白鹭等10种滨海鸟类，种群数量近3万只，并为黄嘴白鹭的模式种产地。由于位于沿海经济高度发达地区，建设和管理好福建厦门海洋珍稀物种自然保护区，对珍稀物种地保护具有重要意义，有助于保护厦门市的生态环境和促进厦门市的经济发展。