深灰科学博物馆有两层。一层是前台，里面有化石翼龙和镰刀盔的骨架化石展出。二楼是太空展，包括有航天飞机以及月之石的展出。进入博物馆需要交付50元参观费。

在地图上使用秘传学习器01（居合斩）/袈裟斩以后，主角可以进入博物馆的后门，屋里有研究员赠送秘密琥珀给主角。在《宝可梦火红·叶绿》中，这里会教授地球上投。

在第二世代中，博物馆关闭。

在第四世代中，博物馆进入商业运营，但是因为主要展览不在这里，所以是免费进入的。只开放一层，有研究员可以复活主角的化石，因为使用碎岩时有一定几率发现化石。前丰缘地区的冠军大吾也会出现在这里，在这里见过他之后前往西尔佛公司的话，他会用他的铁哑铃换主角的佛烈托斯。