清代档案经过清末和“中华民国”时期的政权更迭、战乱破坏、盗窃倒卖，加上外国侵略者的劫掠和焚毁，损失严重。保存下来的虽仍为数浩巨,但不完整,只是清代全部档案文献的少部分。现存最早的是清入关前1607年形成的档案。入关后形成的档案，包括顺治元年(1644)至宣统三年(1911)以及末代皇帝溥仪退位后住在紫禁城和寄居天津时期(1912～1934)的档案。其所属机构有:辅佐皇帝的中枢机构，包括内阁、军机处、责任内阁、弼德院、资政院、会议政务处、宪政编查馆以及宫中各处等;中央各部院衙门,包括吏部、户部、礼部、兵部、刑部、工部、外务部、学部、农工商部、民政部、巡警部、邮传部、理藩部、乐部、都察院、大理院、翰林院、清理财政处、税务处、督办盐政处、会考府、大清银行、修订法律馆、国史馆、方略馆、京城善后协巡总局、禁烟总局、国子监、钦天监、太常寺、光禄寺、鸿胪寺等;军事机构,包括太仆寺、八旗都统衙门、步军统领衙门、管理前锋护军等营事务大臣处、健锐营、火器营、神机营、总理练兵处、京城巡防处、京防营务处、近畿陆军各镇督练公所、禁卫军训练处、军咨府等；掌管皇族和宫廷事务的机构,包括宗人府、内务府、銮仪卫、侍卫处、尚虞备用处等；地方机构，包括山东巡抚衙门、黑龙江将军衙门、宁古塔副都统衙门、阿拉楚喀副都统衙门、珲春副都统衙门、长芦盐运使司、顺天府、京师高等审判厅、检察厅、北洋督练处等；个人及王府,包括溥仪、端方、赵尔巽、醇亲王府等。