清算机构是负责管理和执行清算的机构，各国规定不同。西方国家及部分发展中国家多指定中央银行为主管协定的银行，再由中央银行授权商业银行办理具体结算业务。中央银行主管支付协定中有关记账外汇的收支平衡，确定记账货币，开立清算账户和规定账户摆动额等，商业银行则办理协定项下的具体结算方式，如信用证的开证、付款、来证通知、审单议付、结汇转账、汇款及非贸易收付结算等。东欧国家及多数发展中国家，一般指定外汇专业银行为清算机构，既主管支付协定的执行，又兼办具体清算业务。中国的清算机构为中国人民银行。