2016年5月25日，温州轨道交通S1线一期工程的重难点部分—涉铁段工程正式完成转体，铁路两侧“T”型桥梁实现合龙。同年11月18日，温州轨道交通控制中心主体结构正式结顶。

2017年9月7日，温州轨道交通S1线首个车站—惠民路站样板段完工。12月1日，试验站惠民路站风水电及公共区装修工程完工。

2018年5月，温州轨道交通S1线除机场段外轨道铺设及长轨焊接工作全部完成。至此，奥体以西所有土建工程全面完工，S1线机电安装进入无障碍施工阶段。同年7月2日晚，桐岭至奥体区间接触网低速冷滑试验顺利完成。7月3日下午，温州轨道交通S1线一期接触网送电，实现电通。7月15日，桐岭车辆段至奥体中心区间热滑试验顺利完成。8月1日，惠民路站装修完成并开始作为样板车站进行对外形象展示。10月1日，温州轨道交通S1线开始试运行。12月14日，温州市发改委印发关于制定《温州市域铁路S线票价的通知》(温发改费〔2018〕272号)。

2019年1月23日，温州轨道交通S1线西段开通试运营。9月28日，温州轨道交通S1线全线开通运营。12月31日，浙江幸福轨道公司正式接管温州S1线运营权。

2023年3月27日，温州市域铁路S3线一期工程正式开工。4月15日上午9点半，温州轨道交通S2线列车驶出永兴站。这标志着市域铁路S2线正式启动空载试运行，也意味着全线开通初期运营进入倒计时。8月26日，浙江温州举行温州轨道交通S2线开通仪式。随着一列采用复兴号同款红色色带的S2线列车缓缓驶出永兴站，温州轨道交通S2线全线正式载客运营。与此同时，温州轨道交通S2线“亚运专列”首发亮相。

2019年1月23日-2月28日，温州轨道交通S1线投入14列上线车，单向运力5412人次/小时，运营总里程22.2448万列千米；开行总列次数6491列，完成客运输送73.5353万人次，日均1.9874万人次，其中，2月6日达到最大值3.6万人次，运行图兑现率99.7%，正点率99.6%，列车服务可靠度2.78次/万列千米。2019年国庆期间，S1线日均客流量突破12万人次，10月2日客流量突破15万人次。

2024年国庆期间温州轨道交通总客流超110万人次，单日最大客运量18.92万人次(创2024年新高)。

《温州市城市轨道交通管理办法（试行）》已经2018年11月6日市人民政府第28次常务会议审议通过，现予公布，自2019年1月1日起施行。

温州轨道交通S1线采用温州市域铁路S1线市域动车组列车。动车组最高时速140千米/小时，引入了舒适性设计理念，采用高标准的减振降噪和气密性设计，客室噪声低；通过隧道或交会时车内压力波动小。车体宽度达到3.3米，旅客的乘坐空间更宽敞。空调采用“孔板送风”模式，车厢温度更均匀。座椅纵向横向混合布置，最大程度满足乘坐舒适性需求。车辆采用轻量化高强度车体，安全可靠、节能环保。车体重量轻、强度高、承载能力强。

通勤列车车头造型借鉴海豚的特征曲线，而非“子弹头”模样。车厢延伸波纹特征，采用河流、近海、远海的不同蓝色，意在体现温州由近海走向深海、走向世界的美好愿景。列车采用4辆编组，最大载客量达1328人。每节车每侧设有4对1.3米大开度气密性双向塞拉门，在超员情况下，可以在29秒以内快速完成乘降，适应停站时间短的运营要求。

温州轨道交通S1线全线有桐岭车辆段和灵昆车辆段。其中，占地220多亩的桐岭车辆段已随着温州轨道交通S1线西段率先启用。桐岭车辆段有检修库、工程车库、临修库、司机公寓等生产生活设施，主要承担S1线配属市域动车组的一级修、二级修及整备、停放任务，工程车停放及维保等工作。

温州轨道交通车站周围及出入口附近设有导向标识，找到正确的路线和方向，依次进入车站。

温州轨道交通起步价2元可乘坐4千米(含4千米)，4至28千米(含28千米)每1元可乘4千米，28至64千米(含64千米)每1元可乘6千米，64千米以上每1元可乘8千米。

1.离休干部、现役军人、残疾军人、因公致残人民警察、烈士遗属、因公牺牲军人遗属、病故军人遗属、荣获国家无偿献血奉献奖的献血者、重度残疾人、温州市户籍持证残疾人、消防救援人员凭本人有效证件免费乘车。

2.70周岁及以上老年人，凭本人有效证件免费乘车；60-70周岁（不含70周岁）老年人，凭本人有效证件享受票价的8折优惠。

3.一名成年乘客可免费携带一名身高不足1.2米（含1.2米） 的儿童乘车；超过一名的，按超过人数购买全票。

4.乘客持市民卡乘车享受票价的9折优惠。

温州轨道交通可使用单程票、纪念票、市民卡（实体卡，不含异形卡）、带“闪付”标识的银联IC卡、温州轨道APP二维码等进站乘车。在购买单程票时，请仔细查看自动售票机上的购票指引，先选择目的地和票价，再选择购票张数，然后投入硬币和纸币，在取票口成功拿取车票。

2019年12月25日，长三角将在全国轨道交通二维码范围内率先实现区域城轨二维码“互联互通”服务的全覆盖。“沪杭甬温合宁苏锡徐常”10城居民去对方城市时，只需打开自己所在城市的地铁官方APP使用二维码，在另外9城也能扫码坐车。

截至2023年8月26日，温州轨道交通共设2座换乘车站。

温州轨道交通标志以轨道为主体造型元素，同时以”WZ”2个字母相融合，代表温州轨道，充分体现了地铁的名称和行业特征。左边圆弧和右边圆 弧交，形如双手捧着轨道，暗喻温州轨道真诚服务百姓；同时像2个鹿角交叉，和温州”白鹿携花而过”的传说相吻合，同时给人一种运动感，充分体现了温州轨道”热情、服务、安全、快捷、顺畅、方便、舒适”的特点。标志为大红色，表达了活力、进取、热情与希望，有着其他色彩所不具备的视觉冲击力。

嗨皮的名字取自英文Happy的谐音，寓意幸福、吉祥、快乐，表达对所有温州轨道交通乘客的真诚祝福。它的主体形象是一只白鹿，象征温州的别称“鹿城”。

美丽可爱的嗨皮，以炯炯有神的目光注视前方，神情稚气、可爱，洋溢着活力、朝气和纯真，喻意温州轨道交通的发展给城市带来活力、吉祥、文明和幸福，同时体现智能化、信息化、现代化的科技特征和城市发展愿景。

嗨皮脚上驾驭的飞轮，体现快速、精准、可控的科技内涵，既彰显出市域动车组的特点，又表达了乘务服务安全、温馨的理念。

潘桥站以山水的跌宕起伏为设计灵感。玻璃幕墙与铝板材料形成虚实对比，衬映出山水相连的构思。温州南站造型力求现代新颖，简单的建筑形体，与立面竖向肌理形成有机整体，加上轨道的引入，使站房具有了延展性。

根据《温州市城市轨道交通线网规划（修编）》，温州城市轨道交通2020年线网由3条通勤快线、3条轨道交通线组成，线网总规模235.29千米，其中市域快线总长度155.26千米，轨道交通线总长度80.03千米。远景线网在2020年线网的基础上延伸形成，由3条市域快线、4条轨道交通线组成，线网总规模381.51千米。其中，市域快线总长度257.48千米，轨道交通线总长度124.03千米。

线网规划修编采用“市域系统S线+大运量系统M线”的双层次网络。其中，市域系统S线为都市区城镇间快速联系线路；大运量系统M线为中心城内各组团间常规线路。

温州轨道交通连接现有城市组团，有利于温州形成网络型的城市格局。轨道交通紧密结合“1650”大都市战略，将每一个站点建成为新区域的核心，周边集聚建设，形成城市综合体等。温州轨道交通的建设带动了公共交通出行量，拉大了城市框架，提高了城市竞争力，实现温州轨道交通滚动发展。同时，轨道交通大大提高了出行效率，缩短出行时间，缓解高峰时段出交通压力。（温州日报 评）