14点左右，“玉兴8”号船舶业务员从泰国警方了解到：“华平”号和“玉兴8号”船停靠在金三角吊车码头，两艘船上已没有船员，“玉兴8”号船上有一具尸体，尸体已面目全非，难于辨认，尸体旁放有枪支。“玉兴8”号的驾驶室到处血迹，有多处弹孔，两艘船上共搜出八、九十万颗毒品麻黄素，两艘船上的船员去向不明。

事后几天

2011年10月7日，在泰国清盛码头先后发现了两具遗体，经证实为“华平号”船长黄勇和“玉兴8号”船长杨德毅的儿子。遗体双手被手铐铐住，头、腹部中弹两枪死亡；另外一个的眼睛、嘴巴被胶带封住，颈部有致命刀伤，胸腹部中弹死亡。

2011年10月8日，泰国警方从湄公河打捞起9具中国船员尸体，另有2人下落不明。打捞出来的遗体双手被手铐铐住，头上缠满胶带，背上有无数的枪眼。

2011年10月10日，泰国清莱府清盛县县长色萨·西讪在接受新华社电话采访时说：在湄公河遭袭的两艘货船上13名中国船员全部遇难，搜救人员当天早些时候在清莱府清孔县境内湄公河水域发现一具中国船员遗体。由云南省外事、公安、交通、民政等部门组成的工作组抵达事件发生地泰国清盛县开展工作。经工作组确认，截至11日17时，遇难中国船员总数为12名，仍有一名失踪者。

事件发生后，中国外交部立即启动应急机制，指示驻泰国使领馆迅速查明情况，全力搜寻失踪中国公民下落，做好善后等后续工作，同时要求相关国家采取切实有效措施，加强对在湄公河相关水域航行的中国船舶船员的保护。驻清迈总领事已在第一时间率员赴事发现场开展工作。西双版纳傣族自治州人民政府外事侨务办公室与老挝南塔和波桥外事厅取得了联系，让其提供信息。要求妥善处置善后事宜，尽快让滞留在清莱的中国货船和船员安全返回国内。

2011年10月13日，在湄公河金三角水域遭袭遇难船员的29名家属代表离开云南省西双版纳傣族自治州景洪市从中国磨憨口岸出境，前往泰国清盛县辨认遇难亲人遗体并在事发地湄公河边举行追思会吊唁死难者。

针对2011年10月10日泰国军方和警方称：由缅甸佤邦毒枭诺坎指挥的贩毒集团被认为是在湄公河枪杀中国船员的幕后黑手，缅甸佤邦政府发言人当天声明，佤邦方面与事件无关。缅甸佤邦发言人李祖烈表示，媒体上公布了这个事情跟佤邦有染以后，佤邦也进行了调查，找到了当时在泰国清盛码头的一个目击者，根据这个目击者的说法，当发现这个船只下来时候，泰国警察曾经从岸上对船只鸣枪示警，中国货船停了，随后泰警登船，发现了一具船员的尸体和五名船员，片刻之后，目击者证人看见泰警枪击这五名船员，并将六具尸体推入江中。

2011年10月6日，对于之后发生的交火，泰国《曼谷邮报》报道称，泰国军方5日接到毒品走私入境线索，在当天下午发现事发船只，并与船上5名武装分子交火，其中1名武装分子被击毙，其余逃离。被击毙武装分子不是中国籍。随后几天内，泰国警方从湄公河相继捞起了11具中国船员尸体。泰国中文报纸《世界新闻》报道，清莱府警方近期接到报案，称邻国有一大批毒品准备运往金三角，可能会通过水路运输，警方遂加强巡逻和检查力度，争取将这批毒品拦下。警方的巡逻艇5日在清闲镇的湄公河上，发现两艘从上游驶来的货船，分别名叫“玉兴8号”和“华平”号，两艘船均是300吨级的货船。警方发现，船上装的货物是苹果、雪梨等水果，与普通货船无异，但货物旁有人在看守，样子却不像是水手，警方发现异常遂示意货船停船接受检查。可是两艘货船并未停下，反而加速逃跑，并利用体型庞大强行逼退警方的巡逻艇。巡逻警方立即用无线电请求支持，边境警方立即派出武装快艇追逐。货船上的人看到快艇追到，竟然向快艇上的警员射击，警方立即开火还击，并成功击毙一名毒贩，毒贩们看到此情景纷纷跳下水逃跑，警方将两艘货船拦下。通过检查，警方在货船内搜到95万粒麻黄素药丸（另有一说为918000粒）和1支AK47自动步枪。

2011年10月10日，泰国《曼谷邮报》报道称，经初步调查，泰国警方认为这起劫杀案的凶手是来自缅甸佤邦的诺坎贩毒集团，劫匪的动机可能是索要保护费，也可能想劫持船只运毒，遭到中国船员拒绝后，便对他们痛下毒手。泰国军方和警方称，华平号”和“玉兴8号”的遇袭情况和诺坎的作案手法很像。由缅甸佤邦毒枭诺坎指挥的贩毒集团被认为是在湄公河枪杀中国船员的幕后黑手。

2011年10月13日，中国外交部召见泰国、老挝及缅甸驻华使节，提出紧急交涉。遇难船员家属抵达泰国认领亲人遗体。

2011年10月14日，遇难船员遗体告别仪式举行。中国公安领航船带领滞留泰国的28艘中国货船启程回国。

2011年10月16日上午，由云南省外事、公安、交通、民政等部门组成的工作组与泰国方面开始对遇袭船只进行首次共同现场勘查。下午，中国政府联合工作组在泰国清莱府与泰国警察副总监班西里·巴帕瓦举行会谈。

2011年10月23日，受国务院委托，国务委员、公安部部长孟建柱在云南西双版纳召开会议，专题研究处理“10·5”案件有关事宜，并提出建立中老缅泰四国维护澜沧江—湄公河国际航运安全执法合作机制。滞留泰国的全部中方船只平安返回中国国内。

2011年10月24日，中国派出以公安部副部长张新枫为团长的高级代表团赶赴泰国，了解相关案情，督促泰方尽快破案。

2011年10月26日，中国公安代表团调查案发现场。

2011年10月28日，警方锁定9名嫌疑人，嫌犯是隶属于泰国第三军区“帕莽”军营的9名士兵。

2011年10月29日，国务院总理温家宝与泰国总理英拉通电话，要求泰方加紧审理，依法严惩凶手，希望中、老、缅、泰四国协商建立联合执法安全合作机制，共同维护湄公河航运秩序。

2011年10月31日，在中国政府倡导下，中、老、缅、泰四国在北京决定建立湄公河流域安全执法合作机制，该机制的建立为协作侦办专案奠定重要基础。随后，专案组分别向老缅泰三国派驻工作组，专案组领导先后10余次出访老缅泰，与老缅军警和泰国警方高层会谈会晤数十次。

2011年11月3日，公安部、云南省公安厅、西双版纳州公安局以及中国国内相关执法部门组成了“10·5”案件联合专案组，公安部禁毒局局长刘跃进任组长，抽调200余名精兵强将全力破案。经过大量的调查摸排，专案组判明两艘中国商船是在湄公河孟喜岛附近河段被非法武装力量劫持的，现场发现的毒品、枪支，极可能为栽赃陷害。结合2008年以来发生在湄公河上的28起针对中国公民的劫持伤人案，经过大量分析和研判，专案组把“金三角”地区特大武装贩毒集团糯康组织纳入视线。

案发后，泰国第五证据鉴定中心制作了《事发地点命案证据调查报告》，泰国中央证据鉴定局生物学与DNA鉴定组制作了《调查报告》。

“10·5”案件联合专案组通过地方警务合作机制与泰国进行证据交换，获取泰方现场勘验报告、尸检报告等证据材料17份、480余页和200余张照片。同时，中方也向其他国提供600多页的证据材料。

根据现场勘查笔录、证物清单、枪弹鉴定、弹道调查报告，华平号、玉兴8号上的中国船员在被捆绑后遭到枪击，有的枪支分别射击过不同的被害人，有的同一被害人被不同的枪支射击过，尸检结果显示，13名中国船员均系枪弹伤致死。射击中国船只和船员的共有13支枪、5种枪型，每名中国船员中枪的情况并不一样，最多的达8处枪痕。

根据泰国方面提供的现场勘查笔录，岸边的公路上发现1片7.62毫米北约制式枪支的子弹链甲碎片、土坎上发现2枚5.56毫米步枪子弹弹壳。

弹道调查报告指出，华平号遭到了来自岸边的枪击；枪弹鉴定显示，一支使用5.56毫米子弹的步枪既在岸边射击过又在玉兴8号上射击过，使用北约制式7.62毫米子弹的枪支击中过被害人。根据泰国中央证据鉴定局生物学与DNA鉴定组的鉴定，在华平号上提取的烟蒂的DNA与一名泰国军人的DNA较接近，佐证泰国军人登船的事实。

经勘查，在“玉兴8号”驾驶室发现了杨德毅的尸体。2011年10月7日至11日，在泰国清盛港附近，又陆续找到12具船员尸体。在“玉兴8号”和“华平号”上共查获919600粒毒品可疑物，经鉴定，毒品可疑物为甲基苯丙胺（即冰毒）。

泰国4号证人证言显示，10月4日，有泰国军人致电湄公河艇队，说5日会有两艘中国船到达，船上有走私品，让他们做好准备。

泰国2号证人声称，2011年10月5日早上11时左右，他和清盛警察局几个人来到一棵鸡素果树下，看到停泊的中国船只。有几个人跳上边上的4艘快艇，飞速向金三角方向逃去。这名警察开车前行200米左右，看到泰国军人向两艘中国船射击。一股浓烟过后，岸上只剩下了2名军人，其余7人上船后继续开枪。

2011年10月30日下午4时，泰国警察总署副署长帕奴彭上将在清莱府警察局召开记者会，公布了9名涉案泰国现役军人在其上级军官的带领下，到泰国清莱府警察局自首消息，警方控告9人犯有杀人罪、抛尸罪（《曼谷邮报》的说法是被控谋杀与毁坏证物罪），但涉案9名泰军人并未认罪。警方对他们进行初步审讯，之后9人便回到军营。警方称，因为军人的身份较为特殊，之后他们将被移送到泰国的军事法庭进行裁决。不过警方的审讯还要持续一段时间，相信一些案件的细节将进一步揭开。泰国军方的表态和警方则不同。泰国陆军发言人讪森上校称，根据泰国第三军区的报告，10月5日的事件是“突发事件，执勤军人是按照职责行事”。泰国陆军司令巴育上将30日命令陆军参谋长调查此事，并由第三军区成立两个小组调查这9名嫌犯。

2011年11月底，专案组抓获一名在中国贩毒的缅甸籍犯罪嫌疑人。据交待，向他收取保护费的是糯康组织的一个小头目，也是糯康组织旗下一条船的船长。缅甸人岩相宰很快被专案组抓获。经过突审，岩相宰陆续交待了糯康组织的组成人员和组织分工。岩相宰交待，“10·5”惨案发生后，他曾听顶头上司依莱（糯康组织3号人物）讲过，“10·5”案件是糯康组织干的。

2011年12月，糯康集团骨干分子依莱被抓获后，陆续交代了集团内部组织架构，并交代了和泰国个别不法军人勾结，策划实施“10·5”案件的情况。依莱被捕后，糯康犯罪集团主要成员转移至深山老林中躲藏。

2011年12月6日，糯康出现在老挝波乔省内安村（一说希拉米村），按计划警方准备在这个村的重点村民家里进行搜查，却因手续不全被村长阻止，糯康趁机逃走。

2011年12月至2012年4月间，缅甸、老挝军警多次对糯康犯罪集团开展清剿行动，收缴了大量枪支弹药、爆炸物、毒品及现金，抓获多名集团成员，进一步挤压了糯康犯罪集团的生存空间。期间专案组对糯康施行了3次抓捕行动。

2012年4月13日，糯康的一名情人在老挝的敦蓬县被捕。警方起获了100万片毒品甲基苯丙胺片，1000克黄金和7400万泰铢（约合1500万元人民币）的现金。

2012年4月20日，糯康组织2号人物桑康被抓获。

2012年4月25日，专案组获知糯康由缅甸潜入老挝波乔省孟莫县活动，立即通报老挝军警在湄公河沿岸加强戒备盘查。当天下午，糯康刚在老挝波桥省的码头下船，就被警察发现，警察鸣枪示警，引来附近警察增援，最终将3人抓获。随后，专案组加强与老、缅军警高层协调力度，先后在中缅边境成功抓获糯康犯罪集团成员扎西卡、扎波、扎拖波等人。

2012年5月10日上午11点，中老警方在老挝万象机场举行了移交仪式。当日，糯康被押送抵京。中国公安机关在机场向糯康宣读了对其的逮捕令。据糯康交代，负责案件具体实施的是四号人物翁蔑。随后，专案组继续组织抓捕，走投无路的翁蔑和手下五六十人向缅甸政府投降。

2012年7月2日，泰国向9名涉案军人发逮捕令，对涉案泰国军人和糯康手下牵线搭桥的中间人沃兰（又称甲穆拉，或者糯颂蓬潘）发出逮捕令。

2012年8月22日，缅甸军警联合工作组在昆明提审“金三角”特大武装贩毒集团及“10·5”案件主犯糯康等犯罪嫌疑人。

2012年8月28日，经过艰苦谈判和具体交涉，根据中缅协商结果，翁蔑被移交给中国，以协助中方调查。

2012年11月21日，泰国毒品控制委员会和当地警方组成的联合行动组突袭了泰国北部清莱市的五处可疑地点，在其中一处抓获了糯康的关键助手沃兰，行动组还查获了总价值大约5亿泰铢，约合超过1亿元人民币的毒品和毒资。

2012年8月12日，昆明市人民检察院对“10·5”湄公河惨案的糯康、桑康·乍萨、依莱、扎西卡、扎波、扎拖波6名被告人分别以故意杀人罪、运输毒品罪、绑架罪、劫持船只罪依法向昆明市中级人民法院提起公诉。

2012年9月20日上午9时30分，昆明市中级人民法院公开开庭审理湄公河“10·5”惨案，根据昆明市人民检察院的指控，6名“金三角”地区特大武装贩毒集团成员涉嫌故意杀人、运输毒品、绑架、劫持船只等罪名。根据相关司法协定，泰国、老挝13名证人出庭作证，证实了糯康犯罪集团的相关犯罪事实。

2012年9月21日20时35分左右，“10·5”湄公河惨案庭审在昆明市中级人民法院顺利结束。面对公诉机关出示的证据，糯康等6名被告人表示认罪。

2012年11月6日下午两点，糯康、桑康·乍萨、依莱、扎西卡、扎波、扎拖波等6名被告人，于昆明市中级人民法院一审宣判。以故意杀人罪、运输毒品罪、绑架罪、劫持船只罪数罪并罚，判处糯康、桑康·乍萨、依莱死刑；以故意杀人罪、绑架罪、劫持船只罪数罪并罚，判处扎西卡死刑，判处扎波死刑，缓期两年执行；以劫持船只罪判处扎拖波有期徒刑八年。法院当庭判决，糯康等6名被告人，连带赔偿各附带民事诉讼原告人共计人民币600万元。

2012年12月20日9时，云南省高级人民法院对湄公河中国船员遇害一案进行二审公开开庭审理。上诉人糯康及其委托辩护人，桑康·乍萨及其委托辩护人，依莱、扎西卡、扎波、扎拖波及其指定辩护人到庭参加诉讼，云南省人民检察院4名检察员出庭履行职务。庭审经过法庭调查、法庭辩论阶段，糯康等6名上诉人作了最后陈述。二审法庭依旧采取现场翻译与同声传译相结合的方式，保障糯康等人在庭审中使用其通晓的语言参与诉讼。鉴于本案案情重大，审判长宣布休庭后合议庭进行评议，案件将择期宣判。庭审中，该案主犯糯康拒不承认一审犯罪供述事实，自称无罪。

2012年12月26日，云南省高级人民法院对湄公河中国船员遇害案进行二审宣判，即对糯康等6名上诉人故意杀人、运输毒品、绑架、劫持船只案的上诉作出裁定：驳回上诉，维持对糯康、桑康·乍萨、依莱、扎西卡的死刑判决，维持并核准对扎波死刑、缓期二年执行的判决，维持对扎拖波有期徒刑八年的判决。

2017年12月21日，从云南省高级人民法院减刑假释工作新闻发布会上获悉，“湄公河惨案”罪犯扎拖波服刑期间申请减刑，法院裁定不予减刑。

2013年2月27日，经最高人民法院核准，湄公河“10·5”案四名罪犯糯康、桑康·乍萨、依莱、扎西卡，将于3月1日在云南昆明被依法执行死刑。

2013年2月28日，央视公布主犯糯康等在执行死刑前最后24小时的画面。

2013年3月1日，糯康、桑康·乍萨、依莱、扎西卡4名罪犯在云南昆明执行死刑。