弘治十一年（1498），考中举人。弘治十五年（1502），考中进士，授浙江绍兴府诸暨县知县。历任大理寺左评事、左寺副、左寺正。

正德年间，历官山东按察佥事，分巡兖州。刘六、刘七农民起义军猝至城下，攻打东门，看到有准备而不敢攻，撤军，劫掠曲阜。潘珍上奏迁徙县治而筑城，曲阜始宁。历任辽东按察副使，分巡海道。丁父忧，服阕，改任福建按察副使，分巡海道。升任山东按察使，人称“潘青天”。历任湖广右布政使、湖广左布政使。

嘉靖七年（1528），任右副都御史、辽东巡抚，筑边墙，缮城堡，濬壕堑，清屯田，广积蓄，利器械，内修大备。丁母忧，改任南京右副都御史、操江提督，教造蜈蚣船及八浆船，擒斩番贼徐勋。升任南京兵部右侍郎，历任兵部左侍郎。时议进谏讨伐安南，潘珍上疏进谏：“陈暠、莫登庸皆杀逆之贼，黎宁（黎维宁）与其父黎譓（黎椅）不请封入贡亦二十年，揆以大义，皆所当讨，何独包庇黎宁请为左右？且其地不足郡县置，叛服无与中国。今北敌曰蕃，联帐万里，烽警屡闻，顾释门庭防，远事瘴蛮，非计之得。宜遣大臣有文武才者，声言进讨。檄数莫登庸的罪行，赦其胁从，且令黎宁合剿。贼父子不擒则降，何必劳师？”明世宗训斥潘珍阻扰成命，罢官归乡。后以恩诏复官，致仕。先后有十余次推荐，明世宗皆没有答复。