成化八年（1472），以左佥都御史身份，巡抚山东。当年年成不好，牟俸请求打开济南仓库储备的粮食，降价卖给百姓，又让临清收关税时收米和麦子来救济百姓。他的意见都被采纳。当时发生了大饥荒，百姓们虽然得到赈济，可是饥民太多，辗转迁移的人越来越多。牟俸请求朝廷下令邻近的巡抚和巡按根据灾民所到的地方加以安置，秋天收成的时候发路费给他们回家恢复从事的职业。他又请求全部免除州县欠交的赋税。朝廷下诏同意了他的请求，又下令移用临清仓库储备的十万石粟米赈济灾民。到当年七月，牟俸又进言说，公家和百姓都已陷入困境，救灾没有办法，请求放开私人捐粟买官的旧例，让小吏能被选为官员，富人能被授予没有具体事务的散官，并且截留漕运的粮食以备赈灾。十月又进言：“现在救灾只解救贫民的饥饿，没有考虑他们受冻。贫民们即使得到了食物，最终免不了倒地而死，请借给他们布匹和棉花来御寒。”皇帝都赞许并采纳了他的意见。牟俸又发文书散发东昌、济宁的仓库十万石粟米作为军士每月的口粮，用德州、临清寄存的库银买米赈济灾民，他上书承认自己犯了擅自行事的罪行。皇帝特别宽恕了他。不久，移用河南交纳的边粮救济山东，另外拨给银两作为边饷，山东应该交纳的租粮二十万石留给本地赈灾用。成化十年又发生饥荒，他请求打开仓库借出粮食。他担任山东巡抚五年，为赈灾之策尽心尽力，救活的饥民不计其数。