2012年，学校被评为中国全国首批卓越医生教育培训计划项目试点高校。

2013年，学校获得硕士学位授予权。

2015年，被授予“全国文明单位”称号，在教育部临床医学专业认证中获得了10年的有效期。

2018年2月，学校入选黑龙江省高水平大学和优势特色学科建设高校及建设学科。

2020年，被遴选为黑龙江省特色应用型本科示范高校首批建设单位。

2023年6月15日，黑龙江省教育厅发布公示，拟同意牡丹江医学院更名为牡丹江医科大学。

2024年5月，教育部同意牡丹江医学院更名为牡丹江医科大学。

截至2024年6月，学校设有直属附属医院2所、非直属附属医院6所，开办23个本科专业。据2024年8月学校官网数据，学校设有13个教学机构。

截至2024年6月，学校拥有一级学科硕士授权点3个，硕士专业学位授权点4个，硕士授权二级学科35个；有黑龙江省“双一流”优势特色学科建设项目2个，省级重点学科4个，省级重点培育学科2个。

截至2024年6月，学校有教职员工2935人（含两所直属附属医院），博士生、硕士生导师273人，具有博士学位的教师167人。在职教职员工中，享受国家级和黑龙江省政府特殊津贴专家7人，全国“五一”劳动奖章获得者1人，“龙江学者”特聘教授3人，省级领军人才梯队带头人4人，省级领军人才梯队后备带头人8人，省级教学名师6人，省卫生健康系统有突出贡献中青年专家3人，省、市优秀中青年专家6人。两所直属附属医院入选“龙江名医”27人，“龙江青年名中医”2人。

截至2023年12月，学校建有国家级一流本科课程2门、省级一流本科课程14门。截至2024年6月，学校有10个省级一流本科专业建设点，1个国家级第一类特色专业建设点，1个省级第一类特色专业，1个省人才培养模式创新实验区。

截至2024年6月，学校教师主编、参编人民卫生出版社、科学出版社和高等教育出版社教材100多部。近五年，学校教师获得全国医学影像技术专业教师混合教学设计比赛特等奖等国家级奖励28项。

截至2024年6月，学校学生近五年获全国医学影像技术专业（本科）大学生实践技能大赛、全国医学检验技术专业大学生形态大赛、全国大学生制药工程设计大赛等国家级奖励100余项。

截至2024年6月，学校设有中俄医科大学联盟“慢病与药物研究中心”；建有省重点实验室5个、省新型研发机构1个、省级协同创新中心1个，博士后创新实践基地2个；拥有省生物制药技术创新服务平台以及省科技厅、牡丹江市人民政府和牡丹江医科大学三方共建医药研发平台。

截至2024年6月，学校先后获得国家技术发明奖二等奖1项和省部级科学技术奖一等奖2项。近五年，获省部级科学技术奖26项，两名双聘教授获国家自然科学奖二等奖、科技进步奖二等奖和何梁何利基金科学与技术进步奖各1项；获得科研项目1306项，其中国家自然科学基金、国家重点研发计划、省重点研发、省自然科学基金重点项目等科研立项87项；在中国国内外学术刊物发表论文4221篇，在Cell Research、Cancer Cell等国际高水平期刊发表了多篇论著。

截至2023年12月，学校图书馆总面积14787.76平方米，阅览室座位数1987个。图书馆馆藏纸质图书109.20万册，电子期刊11.85万册，学位论文712.84万册，音视频72259.51小时。

《牡丹江医科大学学报》（原名《牡丹江医学院学报》）于1980年创刊，双月刊；是综合性医药卫生类学术期刊，是中国核心期刊（遴选）数据库、中国期刊全文数据库（CJFD）等数据库的来源期刊，被CNKI、万方数据库、维普数据库等全文收录；设有基础医学论著、临床医学论著、经验交流、个案报道、技术与方法、调查、综述、护理医学、高教研究与高校管理等栏目。

截至2024年6月，学校先后与俄罗斯太平洋国立医科大学、美国田纳西大学、菲律宾法蒂玛大学等中国之外院校建立了交流与合作关系。

校徽中间为绿色的M，两个M为牡丹江和Medical的英文缩写，下面的U为英文大学的缩写，两个蓝U表示学校越办越大，越来越强。同时又为水纹造型象征镜泊湖，1958年为学校创办年份。校徽外围上方为学校中文名称，校名为历史学家郭沫若先生题写；下方为学校英文名称。

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