但是博物馆的扩建依然引发了怎样描述犹太历史的争论，批评家们反对把犹太人的成就融入德国历史。有人甚至提出这样是否会避开“和解”，永远地对柏林人伸出谴责的手指。新的争论再次拖延了方案的实施。1992年初，有关方面才基本同意将犹太厅放在地下层，别的历史性主题放在上面的楼层，但是其基本设计还是保留了，11月举行了奠基典礼。

1993年，阿·巴茨德被选为犹太展厅负责人，他认为应突出犹太人的主题，并请求扩建一个单独的犹太博物馆。但直到1996年，他的意见不仅未被采纳，反而因坚持其不妥协态度而卸任。与此同时，扩建工程一直在进行，但进度缓慢。统一后的各种财政问题影响了政府资金的到位，对设计方案的争论也从未间断。

1997年，德国犹太人历史学家米歇尔·布吕芒塔尔（也被译为米歇尔·布鲁门塔尔）受聘管理博物馆。他担任这一职务有特殊的意味，因为在1939年他的全家曾被驱逐出柏林。

1999年，该博物馆正式独立成为单一的机构，其行政管理与柏林博物馆分离。2001年，博物馆的管理权由柏林州政府移交给联邦政府，并举行了正式的开馆仪式，并丰富了展品。在其后的5年中，犹太博物馆共接待了350万参观者。

里柏斯金为出生于波兰的犹太裔建筑师，从6岁起学弹钢琴，后来移居以色列，成为精通钢琴的音乐名人。曾经赢得美国——以色列文化基金会举办的著名的音乐竞赛，后来其音乐天才移向了建筑设计。耗时七年完工的柏林犹太博物馆，公认是他生涯的转折点和代表作品，其他作品还有丹麦犹太博物馆、洛杉矶当代犹太博物馆、加拿大皇家安大略湖博物馆、曼彻斯特帝国战争博物馆等。

激发里柏斯金构思的是犹太人与柏林互相交织在一起的历史。柏林市政府给他送去了两大捆档案，里面有柏林犹太人的名字、出生日期、驱逐日期及地址。他亲自考察了这些历史遗迹，并在城市图上描绘出来，相互之间还连上线，得到了他称之为“一个非理性的原型”：一系列三角形，看上去有点像纳粹时期强迫犹太人带上的六角的大卫之星的标志。他的另一灵感来源于现代音乐史上一位著名作曲家阿·舜勒贝格。当年，由于希特勒的上台，他未能完成自己创作的一部歌剧。他的前两个乐章“华丽辉煌”，第三乐章只是重复演奏，然后是持续的停顿。这部歌剧的魅力就在于它的“未完成”，里柏斯金深深地为这种“空缺”所打动。

里柏斯金越来越强烈地感到，柏林犹太人的悲惨历史远非艺术所能容纳，这激发了他的创作激情，他决心将这些令人沉重的东西转变成一座历史性的建筑。

建筑平面呈曲折蜿蜒状，走势则极具爆炸性，墙体倾斜，就像是把“六角星”立体化后又破开的样子，将犹太人在柏林所受的痛苦、曲折，表现于以六角的大卫之星切割后、解构后再重组的结果，展现在建筑上，使建筑形体呈现极度乖张、扭曲而卷伏的线条。但是建筑中依然潜伏着与思想、组织关系有关的二条脉络，即充满无数的破碎断片的直线脉络和无限连续的曲折脉络。建筑折叠多次、连贯的锯齿形平面线条被一组排列成直线的空白空间打断，航空俯视照片让人清楚地看到锯齿状的建筑平面和与之交切的、由空白空间组成的直线，这些空白空间代表了真空，不仅仅是在隐喻大屠杀中消失的不计其数的犹太生命，也意喻犹太人民及文化在德国和欧洲被摧残后留下的、永远无法消亡的空白。陈列着犹太人档案的展廊沿着像锯齿型的建筑展开下去，而穿过展廊的空空的、混凝土原色的空间没有任何装饰，只是从裂缝似的窗户和天窗透出模糊的光亮。

博物馆外墙以镀锌铁皮构成不规则的形状，带有棱角尖的透光缝，由表及里，所有的线条、面和空间都是破碎而不规则的，人一走进去，便不由自主地被卷入了一个扭曲的时空，馆内几乎找不到任何水平和垂直的结构，所有通道、墙壁、窗户都带有一定的角度，可以说没有一处是平直的。设计者以此隐喻出犹太人在德国不同寻常的历史和所遭受的苦难，展品中虽然没有直观的犹太人遭受迫害的展品或场景，但馆内曲折的通道、沉重的色调和灯光无不给人以精神上的震撼和心灵上的撞击。

当然，那些穿过展廊的裂缝似的玻璃窗、狭窄的通道及锐角的房间，都增加了陈列上的复杂性。但该馆馆长布鲁门塔尔认为，“这个建筑本身对一个新博物馆来说，就是一笔巨大的财富。许多博物馆要费很多功夫发展参观者，我们却立马有了很多。因为这座建筑是那样的不同寻常，没有一天人们不是恳求着要进来看一眼。”

虽然从外来看，普通的旧门庭似乎与一边的新现代派建筑毫无关联，事实上，两者通过设计巧妙的通道相连。里柏斯金让观众只有通过建于1735年，前身为柏林博物馆旧馆的地下室方可进入。在地下一层中参观者将在岔口处做出选择，三条走廊将通往不同的场所，也隐喻犹太人最初的选择，通往死难、逃亡或者艰难共存，而在做出选择的时候尚前途未卜。

其中，一条走廊通向一个沉重的金属门，打开后是一个黑暗的、有回声的塔的基层，里柏斯金为塔取名“大屠杀塔”，以纪念成千上万被屠杀的人，沉重铁门，阴冷黑暗的狭长空间，微弱的光线，使参观者无不感受大屠杀受害者临终前的绝望与无助，藉由此混乱的图形表达出欧洲集体意识中最痛苦回忆之可怖。

另一条走廊通向霍夫曼公园，也称“逃亡者之园”，位于外院的一块倾斜的平面上，由49根高低不等的混凝土柱体构成，表现犹太人流亡到海外谋生的艰苦历程，由于斜坡地面及不垂直的空间感觉，使人感到头昏目眩，步履艰难，使人联想到犹太人流离失所、漂泊不定的沉重经历。每根混凝土排柱顶上均植有树木，表示犹太人生根于国外，充满着新生的希望。最后一条走廊末端是在一个高高的陡峭的楼梯旁，从那里可以去一般展厅。

参观者最后转回地下室，从那儿离开。“没有最后的空间来结束这段历史或告诉观众什么结论”，里柏斯金说，正是这种“空缺”，将使“一切在他们的头脑中持续下去。”

该博物馆的开放时间为周二至周日10点－20点，周一10点－22点，9月30日、10月1日，9月10日和12月24日闭馆（注：该开放时间有可能会发生变动，以上为翻译自其官方网站的当前时间，请参见参考资料一，该网站主要语言为德语）。其基本展览主要叙述了两百年来德国与犹太人的历史，以及德国犹太人与非犹太人之间最紧密地联系。

除了平常的展览外还有一些其他的展示交替更换，另外也会有特展，如2008年9月18日“掠夺与归还”（Raub und Restitution）的特别展览，展出1933年以来纳粹分子从犹太人手中夺走的艺术品，介绍这些艺术品从1933年到今天流落辗转于多人之手的命运。展览一直持续到2009年1月。

博物馆里还设置了拉斐尔-罗斯学习中心以及研究部门，其学习中心采用多媒体形式，除办有展览之外，还对德国犹太人的文化及历史做有详细介绍。参观者可以单人或团组的形式通过计算机在这里了解和研究德国犹太人的历史及文化，举办的多媒体展览如《逃亡犹太人在上海》，通过历史照片、录象、录音及动态地图和文字说明等向观众生动地展示了当时在上海的犹太人艰难、绝望同时又抱有希望的逃亡生活。

柏林第五大道和92街交界处

周二至周日10点－20点， 周一10点－22点， 9月30日、10月1日，9月10日和12月24日闭馆