2021年7月27日，玉溪市教育投资有限责任公司注册成立云南玉昆钢铁足球俱乐部，云南玉昆钢铁集团有限公司赞助。7月31日，俱乐部在玉溪科教创新城高原足球训练基地正式成立。

2022年3月26日，云南玉溪玉昆钢铁集团有限公司、云南高原足球产业发展有限公司、玉溪科教创新投资有限公司签订战略合作协议，重组俱乐部，更名玉溪玉昆钢铁足球俱乐部。同年，俱乐部获得中国足球协会会员协会冠军联赛冠军，进而取得中国足球协会乙级联赛的参赛资格。

2023年2月24日，俱乐部更名云南玉昆足球俱乐部。在2023赛季中国足球协会乙级联赛预赛阶段中，俱乐部取得8胜3平3负的成绩，其中在主场保持不败，最终位列南区第三名，进入冲甲组决赛阶段。在冲甲组前3轮比赛中，俱乐部连平3场，一度排名冲甲组第五名。9月7日，李金羽接替石俊成为俱乐部新任主教练。换帅之后，俱乐部连胜4场。10月22日，在2023年中国足球协会乙级联赛冲甲组第8轮比赛开始前，俱乐部以12胜6平3负的成绩位列冲甲组第三名。虽然俱乐部在主场以3比1战胜北京理工队，但大连智行队在主场击败重庆铜梁龙队，最终，俱乐部位列联赛第3名，未能获得直接升入中国足球协会甲级联赛的资格。