宦官王敬携同妖人千户王臣南行收罗药物、珍玩，所到之处骚扰不安，县令很多被侮辱。王敬一行到了苏州，召诸生写妖书，诸生群情激奋。王敬奏告诸生违抗命令。王恕急忙上疏说：“正值灾年，应该遣使赈济，王敬反而横蛮地索取珍玩。以前唐太宗暗示梁州献名鹰，唐明皇命令益州织半臂褙子的异服，献琵琶杆拨子、镂牙合子这些东西，李大亮、苏颋拒不奉诏。臣尽管比不上他们，却敬慕李大亮这样的人。”接着把王敬等的罪状全都一一列出。王敬也诬奏王恕，并牵涉逮捕了常州知府孙仁。王恕上书直言救孙仁，三次上疏弹劾王敬。正碰上宦官尚铭也揭发王敬的罪状，宪宗于是将王敬等逮捕下狱，罚其党徒十九人戍边充军，而在街市将王敬斩首示众，将其首级送到南京。

成化二十年（1484年），宪宗又改任王恕为南京兵部尚书。此时钱能也守备南京，对人说：“王公，是天界之人，我恭敬侍奉而已。”王恕坦诚待他，钱能终于收敛了许多。当时林俊被下狱，王恕上疏说：“天地只有一坛，祖宗只有一庙，而佛却有千余座寺。修建一寺，移民有数百家，花费国库几十万两银子，这是很不应当的。林俊说的对，不应该判罪。”宪宗见到奏疏后不高兴。

王恕对事情从容陈述毫不回避。先后应诏陈述政事二十一次，提出建议三十九次，都极力阻止权贵宠臣的胡作非为，天下人倾心敬仰他，每当政事遇到不合理的情况，必定有人说：“王公怎么不说呢？”要不就说：“王公的奏疏马上到了。”事毕后，王恕的疏文果然到了。当时歌谣说：“两京十二部（指北京、南京的六部），独有一王恕。”权贵宠臣都对他十分嫌恨，宪宗也对他颇感厌烦。

成化二十二年（1486年），宪宗起用传奉官，王恕进谏更加深切，宪宗愈加不高兴。王恕之前已加职太子少保，时逢南京兵部侍郎马显上疏请求辞官，宪宗忽然在批文上附上王恕以太子少保退休，朝野群臣得知后大为惊骇。王恕多次任巡抚，从侍郎到尚书，都在留都南京。由于喜欢直言以对，终于无法呆在朝廷。

他回到家乡后，名望更高，廷臣不断向上推荐他，工部主事王纯把王恕比作西汉的汲黯，以至受到杖责，被降为思南府推官。

直到明孝宗朱祐樘即位后，才采纳廷臣的举荐，召王恕入朝任吏部尚书，不久加职太子太保。先前，朝内外弹劾内阁大学士刘吉的官员，必定举荐王恕，刘吉因此大为怨恨王恕。凡是王恕所推举的，他必定暗中阻挠。

弘治元年（1488年）闰正月，言官弹劾两广总督宋旻、漕运总督丘鼐等三十七人应该降职免职，这其中有很多向来有名望的官员。刘吉竟然直接领旨予以批准，奏章不下到吏部。王恕因为不能行使其职权，上疏请求离去，孝宗不批准。陕西缺巡抚，王恕推荐河南布政使萧祯。孝宗下诏另外推选，王恕坚持上奏说：“陛下不因为臣不成器，任臣就职吏部。如果臣所举荐无效，是臣的罪过。现在陛下怎么知道萧祯不才而回绝？想必是左右近臣意有所属。臣不能指望以顺风倒来保住官位。陛下既认为萧祯不值任用，则是认为臣不值任用，希望放臣回乡以保全臣这把老骨头。”孝宗终于任用萧祯。

当时言官多称王恕辛苦并且年老，不适合担任繁重的职务，应该安置在内阁参予一些大政要事，最后，南京御史吴泰等又说这件事。孝宗说：“朕采用蹇义、王直先例，任王恕在吏部为官，王恕有建议，未曾不听，何必入阁呢？”王恕曾经侍奉孝宗开御前讲席，见孝宗苦于暑热，请求依照旧例在寒冬酷暑期间暂停御前讲席，仍然将讲义呈进宫中。进士董杰、御史汤鼐、给事中韩重等于是交错上奏章驳斥，王恕以有罪请求解职，孝宗好言劝阻。王恕上言道：“臣承蒙国家厚恩，日夜思报。人们见陛下委任臣职位过重，就期望臣更甚，希望臣要尽取朝政重新安排，像宋代司马光那样。且不说臣的才能远不及司马光，即按当今时势而言也不是元祐年间。况且六卿分职，各有所辖，臣岂敢越权行事。但是董杰等责备臣，臣无法逃罪，只请求允准返乡。”孝宗又好言慰留。王恕感激孝宗对他的器重，更加全身心投入处理国事。王恕正要因病休假，听说孝宗提升很多宦官，甚至赐蟒衣、庄田，王恕全在疏中恳切地劝谏。宦官黄顺要求起复匠官潘俊以供役使。王恕说不能因小臣破坏制度。黄顺坚持再上奏章，竟获孝宗批准。

刘吉已对王恕怀恨在心，刘吉又陷害知寿州刘概以及言官周纮、张籨、汤鼐、姜绾等，王恕直言上疏极力相救，刘吉因此更加恨他，就伙同与其关系密切的魏璋等一起排挤王恕。王恕先后举荐罗明、熊怀、强珍、陈寿、丘鼐、白思明等，刘吉都暗示魏璋等阻挠。王恕知道其志不能实行，接连上奏章要求离去。孝宗总是安慰挽留他，并且因他年老特批准免去午朝，遇到大风雪，早朝也免。

徽王朱见沛求归德州的田土，已得孝宗批准。王恕说皇室宗亲不应为争夺尺寸土地，而使百姓失业，孝宗婉转地予以答复。卢沟桥修成，宦官李兴要求提升文思院副使潘俊等官员。王恕说：“营造是日常工作，怎能记功？成化末年才有此事，陛下初政时所幸已革除裁汰，为什么又实行？况且修建皇陵大工程也未听说升职，其他的人援此例也求升职，将以何词回绝呢？”孝宗采纳王恕的意见。事后，修京城河的桥，孝宗又批准李兴请求授给四人官职，答应赐五人帽子和腰带。王恕上疏劝谏，孝宗不听，王恕第二次上疏规劝说：“臣主管考察任免官员，理当尽言。而再次上疏不能改变陛下的视听，陛下认为既然已批准的不能改变。事情要求恰当，如果不恰当，就是改变十次又有何害？否则流弊就不可挽救。”孝宗回答已知道了。王恕先后因为灾异分列七件事，由于星象异变陈述二十件事，都切中时弊。外戚、寿宁伯张峦要求赐勋号、诰敕。王恕说：“钱、王两太后在宫中为皇后数十年，钱承宗、王源才求得爵位。现在皇后才立三年，张峦已经封伯爵，陡然有这个请求，对陛下圣德有影响，不应批准。”通政经历高禄是张峦的妹夫，越级升为本司参议。王恕说：“天下之官位是留给天下才学之士，勿徇私情封贵戚，造成不良影响。”宫中传旨让御医徐生超依次递补为院判，王恕请求从考绩最上等的官员中选拔。其意见不被接受。文华殿中书舍人杜昌等凭借关系增加俸禄，御医王玉自己要求晋升官职，王恕都极力争辩而作罢。

当时，刘吉已被罢免，在内阁的是与王恕不合的丘濬。丘濬任礼部尚书掌管詹事府，与王恕同为太子太保。王恕为六卿之首，位在丘濬上。到丘濬入阁，王恕以吏部尚书身份不谦让，丘濬因此不悦。王恕考察天下众官，被他贬退而丘濬调来圣旨又留用的有九十多人。王恕屡次争辩达不到目的，他就力请罢免自己，未得孝宗批准。太医院判刘文泰曾经到丘濬家求取升任官职，后被王恕所阻止，刘文泰对王恕恨之入骨。王恕辞官居乡时期，曾托人为他写传记，雕版印行。丘濬对刘文泰说王恕为自己沽名钓誉诽谤君王，皇帝知道了罪名不小。刘文泰听了心动，于是自己起草奏章，让被除名的都御史吴祯润色，攻击王恕扰乱选官法则，并且在传记中自比伊尹、周公，将官员奏疏扣留下来，一概说宫中不回复，以此造成先帝拒谏的影响，无做人臣的礼节，想从中制造奇祸。王恕认为此奏出于丘濬旨意就上奏章分辩道：“臣请人写传是成化二十年、二十二年辞官在家时，并非对先帝有意见。况且传中所载都是以显示先帝纳谏的美德，何名彰扬过失？刘文泰是无赖小人，此必是善写文章心怀阴谋的人幕后策划。”孝宗将刘文泰下到锦衣狱，经审讯得到实情，有关部门请求逮捕丘濬，王恕及吴祯公堂对质。孝宗内心不满意王恕，就将刘文泰贬为御医，责备王恕沽名钓誉，焚毁雕板，不问丘濬的罪。王恕第二次上疏要求处理，得不到同意，就极力要求离职。孝宗听凭他乘驿车归乡，不赐敕书，月粮、岁役也减少很多。朝臣因此看不起丘濬。等到丘濬去世，刘文泰前往吊丧，丘濬的妻子大声呵斥他出去，她说：“由于你的缘故，使相公与王公关系不好，背上不义的名声，还吊什么丧！”

明武宗朱厚照即位后，派官员送敕书慰问王恕，赏赐他羊、酒，增加粮食役奴，并且告诉王恕无所隐瞒地直话直说。王恕陈述多件重要的政事，武宗优诏回报。

正德三年（1508年）四月，王恕去世，享年九十三岁。王恕平日饭量超过一般人，等到他去世的那天时少吃了一些。王恕闭户独坐，突然有像雷一样的声音，白气弥漫，家人上前看后，发现他已经瞑目了。讣告传到宫中，武宗为王恕辍朝一日，追赠他为特进、左柱国、太师，赐谥号“端毅”。

王恕弹劾权贵、宠臣，从不避讳，毫无畏惧。巡抚云南时，敢于弹劾镇守太监钱能；在南京任职时，反对给皇帝贡献珍奇，维护地方利益；执掌吏部，力主限制皇权，健全监察制度和政治制度。晚年回归故里，致力于理学研究，成为“三原学派”的创始人；支持幼子王承裕首创宏道书院，为西北诸省培养了众多人才。

他在朝廷内外为官四十多年，刚正清廉，始终如一。他所引荐的耿裕、彭韶、何乔新、周经、李敏、张悦、倪岳、刘大夏、戴珊、章懋等都是当时的名臣。他尊重那些在野未仕的贤人，生怕提拔慢了。孝宗在位弘治近二十年间，朝廷有许多正派的官员，各司其职、很有条理，号称“弘治中兴”，这都是王恕的功劳。

关学大概宗于薛瑄，而王恕的三原学派又属其中的别派。三原学派大抵推之事为之际，重在自得，不尚空谈，并注重气节。王恕认为，古之学者皆以言行为学，故无求饱求安者，志在敏事慎言；就有道而正之，正其所言、所行之是非，是者行之，非者改之。将学与行紧密结合为一体。

在自然观方面，王怒倾向于有神论、泛神论，认为“鬼神之谓德”能生长万物，福善祸淫，其感无以复加。鬼神视而弗见，听而弗闻，无形无声，但其以物为体，无物不有，如门有门神，灶有灶神，木主为鬼神之所栖。鬼神有感必应，故使人敬畏而致祭祀。但他又指出，所谓对鬼神祭之“如在”，“言非实有也”，其言前后矛盾。

关于心性问题，王怒认为，性乃天之所命，人之所受，性即天理之流行，因而性是善的，顺理而善者为性之本，不顺理而恶者非性之本。他不同意“已然之迹便是性”的说法，认为已然之迹已经有善有恶，故不能称为性。王氏言性，似乎排除了“气质之性”，而将其归结为纯善的天理之性。王恕认为性之理“甚微”，故当“尽心而穷究之”。“尽心”在“知性”之前，为“知性”的途径，所以他提出朱熹《四书集注》称“知性乃能尽心”为“不无颠倒”。

关于“天理”“人欲”关系，王怒持对立论，认为天理人欲相为消长，有天理即无人欲，有人欲即无天理。在经济思想方面，王怨批驳了企图恢复井田制的主张，认为井田之法令不可行。王怨于儒家经典及传注，每有新解。认为《论语·子罕》篇颜渊唱然叹曰：“仰之弥高，钻之弥坚，瞻之在前，忽焉在后”，系颜渊“言己不定见，非圣道之有高坚前后也”。谓朱熹《四书集注》以为系颜渊深知孔子之道无穷尽、无方体而叹之为“非是”。认为《春秋》系孔子根据左丘明所作鲁史而撰写，非左丘明据孔子所修《春秋》而作传。

时为谣曰：两京十二部，独有一王恕。

怀恩：天下忠义，斯人而已。

耿裕：恕俭如是，吾愧之。

钱能：王公，天人也，吾敬事而已。

姜洪：切见兵部致仕尚书王恕、王竑，吏部尚书李秉，俱才德高茂，志节忠贞。

邹智：①南京兵部尚书致仕王恕，素志忠贞，可任大事。（《弘治丁未应诏封事》）②恭惟明公学本六经，志在三代。德足以镇山岳，量足以涵河海，忠足以贯金石，气足以凌雪霜，威足以镇华夷。可谓天下第一人矣。（《上吏部王尚书》）③如兵部尚书王恕，元勋硕德，撑拄天地，顾削其爵而投之于桑梓之墟。（《弘治庚申拾遗》）

汪宣：先任吏部之臣，廉介端贞不如王翱，公忠直亮不如王恕，坦夷无物不如耿裕。

唐枢：①奇器玮环，直任当世事。一征湖湘，三出巡抚，两赞留务。凡言无不当，知无不行，威略足以平寇难，贞廉足以激贪墨，仁惠足以苏困穷。蓍蔡缙绅，典型攸寓，所在立石建祠。时王敬乘传取宝钱，能进贡禽鸟，郭璟私市外夷，公皆劾而罪之。及执奏无验，驾帖救留林俊、李兴、周纮处，增五府劝米，并奏却贡献，禁擅杀流民。晚登铨府，一时人望，悉引而置之政事之地，以毗孝皇之治。②群公者惕警之遗，自幼而老，砥砺之风自子而孙，浑厚英发之气自家而国，而天下刷翎鼓翮，尚延昔日之所及。如人身病苦于药石，而豢梁肉反克，然气腴矣。

项笃寿：端毅公以忠诚受知宪庙，诸所论奏，不惮贵近，无复讳避，悉见优纳。及秉衡鉴，抑躁奖恬，黜幽陟明，援荐群贤，布列三事，迹其贞纯直谅，希文君实不足多也。

王世贞：①孝庙时，最多名臣……要未有如三原王端毅公恕、钧阳马端肃公文升、华容刘忠宣公大夏，三君子之灼灼者也。端毅直谏动天下，然不难于孝宗而难于宪宗。孝宗，仁主也；然而颇以龃龉终，岂非所谓事君数斯辱也耶？端肃数更中外，历权寄不屈不脞，盖以才力胜者。忠宣仁心为质，道揆法守，晚际鱼水，密勿都俞，庶几有三代风哉。造膝之语，罕有传者。觉主圣而臣微不及也。人谓三原似魏玄成、韩稚圭，钧阳合姚、宋而少逊之，华容似李太初、司马君实。②恕张差近名，大夏弱差近实，文升练差用术，其然岂其然乎？③大臣者，吾必以王端毅为巨擘焉，次则刘忠宣。孜孜为国、知无不言者，王端毅也；孜孜为国、知无不为者，刘忠宣也。虽然，吾不难二公，难时之容二公者也。④王端毅之在铨（吏部）也，其犹麟凤乎？于肃愍（于谦）之在枢也，庶几蛟龙矣！麟凤，天下望而知其瑞；蛟龙，天下望而思其泽。

徐咸：国朝名臣，久任享耆寿者，魏文靖公骥九十八，王端毅公恕九十三，胡忠安公濙八十九，马端肃公文升、韩忠定公文、吴文恪公讷、章文懿公懋，俱八十六。王文端公直、王忠肃公翱、王忠毅公骥、林文安公瀚、刘忠宣公大夏、谢文正公迁，俱八十四。兹数公者，名位禄寿兼而有之，岂易得哉？

谈迁：夫以端毅之贤，言动不苟，台抨风闻，断不足信。

何乔远：王公立朝，身系安危治乱者五十年，退以耆宿高天下者，又几二十年，王公没名在士大夫闲不衰，以拟韩、范两司马，然在当时犹有渔之讥，用是知士行之难也。

张岱：王端毅任朝，事无大小，辄肆口直言，所谓事君数者非乎？疏辱亦所不免，乃孝宗无不霁颜受之，始终敬礼不少衰，殆千古一主矣。使端毅具探骊之手，而辄遇逆鳞，其何能逞臆若此哉！

张燧：成化间，三原、河州、覃县、封丘，居则岳屹，动则雷击，大事斧断，小细海蓄，帷幄佞幸，请剑必殛，使见之者畏，闻之者慑，斯其人死生富贵足动之哉！

查继佐：端毅之素能使人重，能使不便端毅者亦不能不重。得君言行，章数千上，亦可谓数矣。所云忧世之志如范希文，济世之才如司马君实，直谏如汲长孺，惠爱如郑子产，诚非溢美。

谷应泰：当是时，冰鉴则有王恕、彭韶。

张廷玉：王恕砥砺风节，马文升练达政体，刘大夏笃棐自将，皆具经国之远猷，蕴畜君之正志。绸缪庶务，数进谠言，迹其居心行己，磊落光明，刚方鲠亮，有古大臣节概。历事累朝，享有眉寿，朝野属望，名重远方。《诗》颂老成，《书》称黄发，三臣者近之矣。恕昧远名之戒，以作传见疏。

纪昀等：《明史》恕本传称其扬历中外五十馀年，刚正清严，始终一致。《集》中所载，如参奏镇守太监及论中使扰人等疏，皆剀切直陈，无所回护。又如处置地方及拨船事宜诸状，皆筹画详尽，具有经略。其他亦多有关一时朝政，可资史传之参证。

王恕有《王端毅公奏议》15卷、《历代名臣谏议录》124卷、《玩易意见》2卷、《介庵秦稿》等，年八十四时著《石渠意见》4卷、年八十六时著《拾遗》2卷、年八十八时著《补阙》2卷，又有《河漕通志》，这些作品至今多已佚失。

《皇明经世文编》亦收录有《王端毅公文集》一卷。

王恕有五个儿子、十三个孙子，大多德才兼备，官位显赫。

王恕的小儿子王承裕，字天宇，官至南京户部尚书，卒赠太子少保，谥康僖。著有《太极动静图说》。

王恕墓位于陕西省咸阳市三原县城关镇从仁堡村，于1991年8月被公布为县（区）级重点文物保护单位。

《国琛集·下卷》

《今献备遗·卷二十四》

《名山藏·卷六十七》

《玉堂丛语》

《国朝献徵录》

《明史·卷一百八十二·列传第七十》