顺治七年（1650年），多尔衮去世后，顺治帝正式亲政，爱惜王辅臣的才干，任命他为御前一等侍卫，委以重任。

顺治十年（1653年），顺治帝命令洪承畴出征西南，并叫王辅臣随军出征，当洪承畴的贴身侍卫，当时去洪承畴军中的有两位御前侍卫，一个是张大元，一个是王辅臣，张大元自恃是大内派出的，所以不把洪承畴放在眼里，而王辅臣则尽心侍候洪承畴，让洪承畴很满意，战争结束后就保举王辅臣做了总兵官。

当时，平西王吴三桂极力笼络著名武将，王辅臣当然在他的视野之中，吴三桂请示了顺治帝后，授给王辅臣援剿右镇总兵官隶属于自己的部下。

顺治十八年（1661年），王辅臣跟随吴三桂入缅甸，擒获南明皇帝朱由榔，吴三桂对王辅臣像子侄那样重视。

王辅臣和吴三桂一直称兄道弟，一次喝酒时，吴三桂之子吴应麒说了重话，大抵是戏弄王辅臣，问王辅臣能不能把一碗带着苍蝇的饭菜吃下去，王辅臣好胜，就说我连死人都吃过还怕苍蝇，就是亲贵的脑髓我也敢吃 。

后来，此事传入了吴三桂的耳朵中，而且也走了样子，说王辅臣讲连老王爷的脑子都敢吃何况苍蝇。吴三桂很不高兴，就让人给王辅臣带话说，你们这些小孩子开玩笑可以，但是不要把老夫也扯进去，容易让外人看笑话。在王辅臣来看，这本来是个笑话，就是因为吴应麒是王爷的侄子所以王爷就要偏袒，因而很气愤，花钱走了辅政大臣的路子请调到甘肃固原做了提督。

不久，朝廷下旨将王辅臣调离云南，担任平凉提督。吴三桂怅然若失，说：“王辅臣这小子花了多少钱，胆子如何这么大呢？”临行前，吴三桂送了一程又一程，拉着他的手流着眼泪：“我知道你从不吃空饷，可是你家人口多，云南到平凉万里迢迢，何堪路途艰苦？”拿出白银二万两，送他以为川资。

王辅臣到京城陛见，康熙帝亲自让钦天监给王辅臣选日子，还让他一起过了上元节后再走，康熙把一把豹尾枪赠给王辅臣，康熙帝说：这把枪是先帝世祖章皇帝留下来的，一共是两只，朕每次出猎都一定把它们悬挂于马前，现在你远去平凉代表朝廷镇守边镇，为了宣扬你的威名和表示朕对你的信任，我把这把枪送给你，朕是先帝的儿子，你是先帝的臣子，其他的物品不足以表示珍贵，唯有这把枪可以让你经常想到先帝对你的托付和朕对你期望 。”王辅臣伏地谢恩称：“臣怎么敢不尽忠贞之节、竭犬马之力，粉身碎骨报答陛下的大恩。”哭拜而出。

王辅臣就此告别寄人篱下的境遇，开始成为专镇一方的大将了。

康熙十二年（1673年），三藩之乱兵起，吴三桂派汪士荣给王辅臣送信，请他出任总管大将军，当时康熙帝嘱咐王辅臣和张勇统领陕西军务，王辅臣没有和张勇打招呼，就让儿子王吉贞把汪士荣和吴三桂的招降书送给了康熙，康熙帝见信后大喜，将汪士荣处于极刑，封王吉贞为太仆卿。张勇的军功本来在王辅臣之上，就此和王辅臣心生嫌隙。四川提督郑蛟麟因为响应吴三桂的叛乱，康熙遣重臣莫洛出京担任大学士管理经略事宜，莫洛是原来的鳌拜一党，康熙赋予他全权调动山西和陕西的兵马，王辅臣之前和莫洛有过节，而莫洛和张勇关系又好，莫洛一开始对王辅臣就很不友好，处处掣肘。

康熙十三年（1674年）十二月，因为粮饷马匹分配不公，王辅臣的副将邵苓芝怨气冲天，领兵冲击八旗军营，仓促中莫洛咽喉中箭身亡。而《八旗通志·莫洛传》的记载是，王辅臣亲自鼓噪上阵，攻击莫洛军营。萧一山的《清代通史》也沿用这种说法。

莫洛死后，其部为王辅臣所并，王辅臣旋派使持书往见吴三桂，表示愿随反清，接着引兵北返，至沔县，闻洞鄂率满营骑兵至，估势孤难敌，便与总兵蔡元、副将白光勇等率部进入陇右，洞鄂闻莫洛死，不知其详，亦不敢战，率部北返西安。

王辅臣率部自沔县，经略阳，进入陇南，阶州、徽县及所属成县、文县等皆依附。后来在北达秦州后，知州巴山刚也归附，王辅臣决定以位处陕甘要冲的平凉为根据地，北控宁夏，南接巴蜀，东拒清军。于是又率部北抵平凉，驻平凉游击李师膺开城迎降。不久，庆阳、平凉各州尽附于王辅臣。当时吴三桂已封王辅臣为平远大将军、陕西东路总管，并助饷银二十万两，还令王屏藩、吴之茂率部北进，援助王辅臣攻取整个陇右。

康熙十四年（1675年）正月，王辅臣派部将白光勇克清水，秦州知州巴山刚率秦州守军克巩昌。陇西其余府、州、县，包括伏羌、宁远皆为王辅臣攻据。

康熙帝让王吉贞回去，告诉父亲：朝廷既往不咎，希望王辅臣迷途知返。王辅臣先后攻破兰州等地，陕甘危急。豫亲王多铎之子董额用兵无方，攻平凉八个月不下，康熙后请图海出前往陕西平叛。

康熙十五年（1676年），康熙帝正式任命图海为抚远大将军，率兵急赴陕西。三月，图海抵达平凉，诸将请乘势攻城，图海说：“仁义之师，先招降然后才攻打。我凭借皇上的天威，讨伐这些凶残的逆贼，不用担心无法攻克。顾念到城中数十万生灵，他们没有一个不是朝廷的赤子，如今惨遭叛贼劫掠到这种地步，覆巢之下，杀戮一定很多。等待他们主动投降归诚，用来体现圣主好生之德，不是更好吗？”城中军民听说后，莫不感泣，多有自相出城者，因此人心动摇。

不久，平凉孤城断了粮草，杀马为食，人心惊惶。清军又占据城北山墩，居高临下以红衣大炮轰击，守军骇然气夺。图海曾经对王辅臣有提携之恩，此刻攻心为上，反复传达康熙既往不咎的政策。于是，王辅臣再次降清，康熙帝仍命王辅臣为平凉提督，加太子太保头衔。

康熙帝命令王辅臣和图海一起镇守汉中，王辅臣内不自安，曾经自杀了一次。康熙严令图海看护王辅臣。

康熙二十年（1681年）七月，王辅臣突然将新娶的夫人叫来，无故一顿拳脚，将她鼻青脸肿地逐出家门。随后数日不问军务，率同部属痛饮高歌。某日，饮酒正酣，突然掷杯于地，吩咐道：“你们多年来随我东西南北奔走，犯霜露，冒矢石，惭愧我没能给过什么。今天我和大家作最后之诀别，且请一醉方休！酒醒后各奔前程，自此永无相见之日。以后休要提起曾在王辅臣麾下，以免受到牵连！”说罢，遣散家财，分发给部下。

酒醒后，部属已遵照他的话洒泪星散，只有一个亲兵还在帐下，给他倒了碗水。他抚摩着这只碗沉吟：“我发放财产，忘记给你留一份，你伺候我多年，也没有家。以后谁会管你呢？这个银碗重达数斤，你拿了它去，安个家室好生过日子吧！”

入夜，王辅臣吩咐亲兵在他睡熟后，用桑皮纸喷酒，一层一层蒙住口鼻。笑道：“斧钺加身，砍头落地，不过忍片时之痛，大丈夫何所惧哉！不过图海军门是我恩人，蒙他在皇上面前为我担保。我如死于兵械，必以畏罪自杀故连累图海。这般窒息而死了无痕迹，你明天上报，只说我路途中患病暴毙。”是夜，王辅臣饮毒酒自尽。

康熙帝听到王辅臣死讯，默然良久。后来，果然没有株连他的家人、部属，仅仅将王吉贞革职了事。

一次，王辅臣出征云南镇雄一带的乌撒蛮族，众将领在一马姓总兵军营中聚餐，酒酣耳热之际，辅臣忽见自己饭碗里有一只死苍蝇。那做主人的马总兵驭下酷虐，部下有过，动辄用一根木棍杖责，曾以细微的过失，棍下打死过人，得了个诨号“马一棍”。王辅臣不想伙夫因之受到责打，放下饭碗作罢。不料有个王总兵眼睛很尖，尖叫着指向王辅臣饭碗，王辅臣哈哈一笑：“我等从枪林箭雨走出来，九死一生。便是有苍蝇，我也吃得下去。”

王辅臣意在一语掩过此事，但这个王总兵生性不解人意，非要打赌看他是否真的能咽苍蝇，王辅臣因话已出口，居然强撑着连蝇带饭一口下肚。

一旁的吴应麒笑说：“别人与兄长赌食死苍蝇，兄长便食之；如果与兄长赌食粪便，兄长也将食粪么？”王辅臣勃然大怒，起身斥骂：“你自恃是平西王的子侄，敢当众羞辱我！人家惧怕你们吴家子子孙孙，我却不怕！且看我如何掏出你吴家子孙的脑髓，嚼其心肝，挖其眼睛！”随手一拍，桌上酒杯饭碗应声而碎。再一拳砸在酒桌上，啪嚓一声，桌子四足齐折，其神勇可畏。左右侍从的兵丁和将校多达百人，包括东道主马一棍和惹祸根芽王总兵在内，皆骇然辟易。再寻事主吴应麒，早已先众人之溜而溜。

次日酒醒，王辅臣就同吴应麒进行了和解。但此事却辗转传进平西王吴三桂耳中，话经多人之口，往往就会走样，吴三桂听到的版本是：王辅臣使酒骂座，扬言吴三桂算个什么东西，早晚有一天要啃平西王的脑子，嚼平西王的心肝，挖出平西王的眼睛！由是吴三桂对辅臣有所疑忌，冷淡了下来。一次，借一个军需官之口传话：“你王辅臣跟吴应麒少年兄弟间喝酒吵闹是寻常之事，便厮打起来也无妨，谁又不是妇女有了私情怀孕，怕被打掉了胎不成？只是何必牵扯上老夫？别人岂非要背后掩口笑话我说‘吴三桂这个老头，平时对王辅臣爱如掌上珍宝。王辅臣却恨得要吃他脑髓呢’！这岂不是使人寒心？”

王辅臣闻之闷闷不乐。明里埋怨平西王毕竟偏向自家侄子，私下里明白，吴三桂对人外示宽厚豪迈，内心阴毒忌刻。

义父：王进朝

子：王吉贞

2001年电视剧《康熙王朝》：崔岱饰演王辅臣。