她是洛林公爵夏尔三世·德·洛林的孙女，亨利二世·德·洛林的侄女，她最初的被称为玛格丽特·德·洛林-沃代蒙（洛林-沃代蒙的玛格丽特），是沃代蒙伯爵弗朗索瓦·德·洛林和克里斯蒂娜·德·萨尔姆的女儿。

她是弗朗索瓦二世·德·洛林的孩子中最小的一个，她的兄弟姐妹有夏尔四世·德·洛林、红衣主教尼古拉-弗朗索瓦·德·洛林（后来的洛林公爵），还有亨利埃特，她是法国侵略者的激烈反对者。

玛格丽特在1627年失去了她的母亲克里斯蒂娜，并和她的姑姑勒米尔蒙修道院院长卡特琳·德·洛林一起长大，她很快就毫不奇怪地被选为她的共同代理人。勒米尔蒙修道院院长拥有特权的地位，并享有教皇和皇帝的直接保护。