顺治九年（1652），考中翻译进士，充王府教习，授佐领，兼刑部员外郎。升任钦天监监正。

康熙八年（1669），江宁巡抚出缺，康熙帝命议政大臣等会推满洲郎中以上、学士以下通汉文且有才能者以备擢用，举奏皆不合上意，于是选择玛祜出任。

康熙九年（1670）夏，淮安、扬州二府久雨，田庐多淹，下诏赈灾。玛祜上疏请求减免桃源等县积欠赋银，及康熙六、七两年未完漕米，部议漕米无减免的先例，康熙帝特别允许他的请求，并减免苏州、松江、常州三府被灾岁赋。

康熙十年（1671），上疏进言：“苏州、松江二府额赋最重，由明朝洪武初年以张士诚窃据其地，迁怒于民，取豪户收租籍，付有司定赋额，较宋朝多七倍、元朝多三倍，是以民力困竭，积逋遂多。自康熙元年至八年，民欠二百余万，催征稍急，逃亡接踵，旧欠仍悬，新逋复积。请敕部覈减二府浮粮，以期岁赋清完。”疏下部议，以科则久定，没有得到同意。布政使慕天颜请求修濬吴淞江、刘河，玛祜与总督麻勒吉请求以漕折十四万充费。给事中柯耸上疏进言，东南水利宜乘此兴工，尽疏各支河。下发玛祜覆勘。玛祜进言各州县支河皆已疏通，吴江县长桥乃太湖泄水要道，应令开濬。不久，因京口将军李显贵、镇江知府刘元辅等贪污军饷被揭发，坐不先举发，部议降调，命留任。