珠芽百合平均高度为20～90厘米（7.9～35.4英寸），最高可达120厘米（47英寸）。其球茎为卵形，白色鳞片大且尖锐，直径可达约1.5厘米1.5厘米（0.59英寸）。茎直立，叶子披针形，长达10厘米。花序为一到五朵短毛花。它们是雌雄同体且没有味道，有六个花被片，外侧比内侧稍窄。这些花长度可达4-6厘米，为明亮的黄橙色，上面有红褐色小点。雄蕊是直立的，大约只有花被片一半长，花药红色。花期从五月延伸到七月。

珠芽百合有两种变体Lilium bulbiferumvar.croceum(Chaix) Baker生长在分布区域西部，Lilium bulbiferumvar.bulbiferum生长在东部。只有后一种会在上部的叶子中的叶腋长出第二个空中的球茎。本种是亚洲百合杂交系的重要基因来源之一。