琼·博福特的父亲第一代萨默塞特伯爵约翰·博福特是第一代兰开斯特公爵冈特的约翰和其情妇凯瑟琳·斯温福德的私生子（凯瑟琳后被冈特的约翰娶为妻）。琼的母亲玛格丽特·霍兰则是肯特的琼安和第一代肯特侯爵托马斯·霍兰的孙女。琼也是英格兰国王亨利四世的侄女、理查二世的堂侄女和爱德华三世的曾孙女。她的叔父亨利·博福特是英格兰枢机兼大法官。

苏格兰国王詹姆斯一世在被囚于英格兰期间与琼相识，这两人至少从1420年起就见过面。据说，身为囚徒的詹姆斯一世透过窗户看见了在花园中的琼，一下有了灵感，写下了长篇诗歌《The Kingis Quair》。琼与詹姆斯的婚事带有些许政治色彩，因为释放詹姆斯的协议中就包括詹姆斯要娶琼为妻这一条。站在英格兰人的角度上看，詹姆斯与博福特家族的成员结婚就意味着苏格兰将与英格兰结盟，而非法国。经过反复协商，双方最终确定詹姆斯的巨额赎金中可减去琼的嫁妆一万苏格兰银币。1424年2月12日，琼·博福特和詹姆斯国王在萨瑟克座堂结婚。同年，琼的叔父枢机亨利·博福特在温切斯特宫宴请了这对夫妇。随后，琼陪同丈夫从关押地英格兰返回苏格兰，并在司康修道院和丈夫一同加冕为苏格兰王后和国王。身为王后，琼常为那些可能会被处死的囚犯向国王求情。这对夫妇育有八名子女，其中包括未来的苏格兰国王詹姆斯二世和未来的法国王太子妃玛格丽特·斯图亚特（法王路易十一的妻子）。