（3）进化论

（4）生命的本质

（5）生物模型

（6）生物学中的因果律

（7）生物学的复杂性

2、各生物学分支的哲学理论

（1）发育生物学的哲学理论

（2）生态环境科学的哲学理论

（3）遗传和分子生物学的哲学理论

（4）系统生物学的哲学理论

3、与生物相关的交叉科学的哲学讨论

（1）人工生命

（2）生物信息

（3）生物学史

关于生物的社会学内涵的讨论

1、生物伦理

（1）医学伦理以及生物医药伦理（Biomedical Ethics）

（2）环境伦理

2、进化论有关的社会科学领域议题

3、社会是否可用还原为生物现象

生物理论的结构

Ruse、Hull、Rosenberg、Sober等基于普特南的观点提出生物学和其他科学一样，也符合公理化演绎结构以及对应规则（即理论陈述与观察相一致）。 公理化演绎系统由少量的原子理论组成，其他此系统的理论皆是以原子理论推演而来。理论中的大多数术语都有经验性的意义，与观察的现象有关，于此同时皆有已知的术语定义，这就形成了由术语组成的术语链。这一术语链的重要特性便是“牵一发而动全身”。但于此同时，很多现代科学家、哲学家都开始挑战这种观点。

C.Smart于1963年挑起了一场生物是否有类似物理一样的定律的争论，他认为生物学的理论只能在特定的领域内发生作用。概括之，其主要理由有二：1、已证明的物理学的定律也有一定的适应范围，如牛顿力学只适用于宏观低速的情形；2、生物学领域内也有很多理论（譬如温代哈勃格定律、自然选择学说、孟德尔定律），它们似乎是无法互相蕴含的。

因果预测还是解释这一难题在生物学之中也同样存在。Hempel 和Oppenheim将解释定义为：在情况C之中x可以产生y。但因果预测和解释之间的差异则是C和x是否已经发生，如果是因果预测，x中所蕴含的理论是这一解释之中的关键，因为C和y此时并未发生；而对于一般的解释而言，这三者往往已经发生，我们基于这些事实给予一些解释。Hempel和Oppenheim的理论提出后，就引发了哲学家对于各个特殊领域科学的大讨论，其中就包括生物学。

还原论

还原论在科学研究之中往往不可或缺，但其关键的问题在于科学之中的高层次的现象可以还原到哪一水平。总结来说，分子生物学的诞生给予生物学家以一个很强的分析工具，在这种分析过程之中实际就蕴含着一个生物学是否可以还原为物理学或者化学的观点。

其中最为特殊的是关注群体遗传学（PG）是否能还原为分子遗传学（MG），如果可以还原，则：

1、所有PG中的命题都可毫无损失地转译为MG中的命题。

2、所有描述PG中实体行为的定律都可以还原为MG中的定律（或者，至少MG有相同的能力解释PG中的现象）。

3、MG中的定律和概念都可以被PG中的其他生物学内容替代。

这三个任务都是很难完成的，这也是为什么群体遗传学至今依旧兴盛的原因。

语义概念下的生物理论的结构

主要是采用数学的方法描述生物学理论，如果这个模型和现象时同构的，则可以用与之相关的同构的拓扑结构和数学方法来深入研究生物学理论。

复杂系统

复杂系统是从系统论角度从整体研究某个生物层次的研究分支，代表作是Stuart Kauffman的《Originsof Order: Self Organization and Selection in Evolution》。

人工生命

人工生命是一门模仿有机体的学科，这种模仿可能运用到机械装置、计算机模型、概念数学模型或者是碳结构的实体。唯一的区别在于这类生命的创造者和维系者是人类而非自然。这种研究的好处就是能提供更为丰富的理论工具研究理论生物学，相较于复杂的有机体而言，研究人工生命相对来说简单，且可以使用的理论工具更加丰富。

人工生命的构建基于以下几个假设：

1、“生命”是由物质组成的，而不是物质本身；

2、各种行为是在不同组织水平上产生的，而不是单一一个水平；

3、对于生命系统的控制不是全局水平上的，而是地方性的；

4、复杂的行为是由一些基本的规则在较低组织水平上知道行为的发生以及实体间的交互。

前三条就是与之前的尝试的不同之处，强调生物不仅仅是物质本身，而是其在不同水平上的组织形式。