中医学最早关于病因及分类的解释即是运用阴阳五行学说。如秦国名医医和所提出的“六气病源”说，谓“六气，曰阴、阳、风、雨、晦、明也。分为四时，序为五节，过则为灾。阴淫寒疾，阳淫热疾，风淫末疾，雨淫腹疾，晦淫惑疾，明淫心疾”（《左传·昭公元年》）。天有六气，淫生六疾，。淫者，过也，即邪气。六气以阴阳为纲，淫之六疾统于阴阳。“六气病源”说被称为病因理论之创始。《内经》更以阴阳为纲领，对病因进行阐释和分类。《素问·调经论》说：“夫邪之生也，或生于阴，或生于阳。其生于阳者，得之风雨寒暑：其生于阴者，得之饮食居处，阴阳喜怒”。将邪气分为阴阳两大类，开后世病因分类之先导，并运用阴阳学说对属于阴或属于阳的邪气作了进一步深入说明。对生于阴者，《素问·阴阳应象大论》有：“暴怒伤阴，暴喜伤阳”之分；生于阳者，在《灵枢·百病始生》有：“风雨则伤上，清湿则伤下”之别。即天之气伤于上部肌表属阳，地之气袭人下部属阴。后人在《内经》的基础上对病因的阴阳分类又作进一步阐发。如王士雄在论述外感六气发病时，提出暑统风火均为阳，寒统燥湿均为阴（《温热经纬·外感温热篇》）；张介宾承《内经》“喜怒不节则伤脏，脏伤则病起于阴”之说，提出：“凡伤脏者，皆病起于阴”，但亦有“伤心者，病在阳”，“伤肾者，病在阴”的不同。可见阴阳学说被用于说明病因的属性，病因分类的纲领，据此分析各种邪气所引起的阴阳失调的病理变化。

整体观念为指导

《内经》在论述人体生命活动规律时强调，人是一个有机联系的整体，人体脏腑组织器官在组织结构上不可分割，生理功能上相互协调，病理上相互影响；人生活在自然界，与自然界有着密切的关系。由此形成人体局部与整体统一，人与自然统一的天人内外统一体，并以阴阳五行学说说明人体内外的联系：人体以五脏为中心，概属六腑、奇恒之腑及五体、五官、五志等外应自然界；以四时五行阴阳为中心，概属五方、五季、五气、五味等，形成四时五脏相通应的整体联系法则。这一观点反映在病因学方面，是从人与自然统一关系的破坏、机体本身整体联系失调两方面来认识致病因素。因而，在《内经》中，自然界气候变化，地域方土失宜，情志失调，饮食劳倦都作为致病因素来研究，并认为致病因素作用于人体所伤五脏及其所属，临床证候表现皆是以整体联系为基础的。

外邪致病的整体观。外邪是指自然界气候变化而生之淫邪。人生活在自然界，自然界的气候变化是导致疾病的主要外因，疾病的发生无不受自然规律的影响和制约，即《金匮要略》所谓：“夫人禀五常，因风气而生长，风气虽能生万物，亦能害万物。如水能浮舟，亦能覆舟”。外邪致病的整体观表现在：

①外邪致病有明显的季节性。《素问·生气通天论》有“春伤于风”“夏伤于暑”“秋伤于湿”“冬伤于寒”之说。《素问·金匮真言论》曰：“春善病鼽衄，仲夏善病胸胁，长夏善病洞泄寒中，秋善病风疟，冬善病痹厥”，都体现了六淫发病的整体观。

②外邪致病各随其脏气所应。外邪发病，内通五脏。《素问·阴阳应象大论》曰：“天之邪气，感则害人五脏”。吴昆注云：“风寒暑湿燥热，不当其位，是天之邪气也。风气入肝，寒气入肾，暑热之气入心，湿气入脾，燥气入肺，是害人之五脏也”。肝与春季相应，风气通于肝，风邪伤肝，春多肝病；肝开窍于目，主筋，故其病又多有目、筋的证候表现。故《素问·生气通天论》说：“风客淫气，精乃亡，邪伤肝也”，《素问·阴阳应象大论》说：“风伤筋”。

③外邪之生因地而异。地域有高下，气候有差异，邪因地而异。《素问·异法方宜论》有：东方者“鱼盐之地，海滨傍水，西方者“其民陵居而多风”，北方者“其地高陵居，风寒冰冽”，南方者“阳之所盛处也”，中央者”其地平以湿”。《素问·阴阳应象大论》谓“东方生风”、“南方生热”、“中央生湿”、“西方生燥”、“北方生寒”，都含有邪气因地域方位之不同而异的特点，故《内经》在研究外感邪气致病的规律时，地域方土是不可忽视的因素。

内伤七情与五脏相应的整体观。情志与五脏相应，病则首伤五脏。《素问·阴阳应象大论》说：“人有五脏化五气，以生喜怒悲忧恐”。情志活动归属五脏而称五志，脏腑气血是产生情志活动的基础，情志活动又是脏腑气血功能活动的一种表现形式。情志过用则会伤及五脏，如《灵枢·百病始生》说：“喜怒不节则伤脏”。根据情志与五脏的相应关系，而有“怒伤肝”、“喜伤心”、“悲伤肺”、“思伤脾”、“恐伤肾”之不同。又因心主神明，为“五脏六腑之大主，精神之所舍”，故情志所伤，五脏各有所属，总由于心。此外，《内经》对人的体质状态、自然界的变化、社会环境等因素在情志发病过程中的作用亦非常重视，这种将内外环境相结合研究情志发病的整体观，对现代生物——心理——社会医学模式具有启迪作用。

辨证求因为认识病因的方法

中医学认识病因，是采用由果析因的认识方法探求引起证候的原因，并由此认识疾病的病理过程，为治疗用药提供依据，即辨证求因。这种认识病因的方法亦源自《内经》。《灵枢·本藏》说：“视其外应，以知其内脏，则知所病矣”。《灵枢·外揣》更明确指出：“内外相袭，若鼓之应桴，响之应声，影之似形”，辨证求因的机理由是彰之。病因作用于人体，致机体产生病理变化，临床必出现相应的证候表现，证候表现是果，由机体病变所产生，病因是病机变化之缘由，三者之间有着必然性的联系。通过分析证候，就可认识和掌握疾病的本质和原因。病因不同，所致疾病的证候表现亦不同，故可根据证候表现推求其因。此外，运用辨证求因还应结合时令气候、情志变化和体质因素进行全面分析，有一些较为复杂的疾病会出现本质与征象不相一致的表现，此时更应详细诊察辨证，识别虚实真假，才能求得真实的病机和病因所在。